SRA toolkit下载数据

1.sra toolkit 的安装

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#添加环境变量
 echo 'export export PATH=$PATH:/yourpath/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc           

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2.查看prefetch是否成功安装

prefetch -h           

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3.数据下载

#单个数据
prefetch SRR000001           

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#多个数据：Run in the list of Runs:

prefetch --option-file SraAccList.txt           

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SraAccList.txt looks like this:

SRR11192680

SRR11192681

SRR11192682

SRR11192683

SRR11192684

4.SRA format to fastq

fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra
fasterq-dump --split-files SRR11180057           

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#直接下载原始的fastq
prefetch --type fastq SRR11180057           

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参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/