从头配置一台电脑 Ubuntu20.04

创建时间：2021-08-16，更新时间：2021-08-31

环境：Ubuntu 20.04

文章目录

- 从头配置一台电脑：
- 需要注意的坑们：
- - 1. 安装wine
  - 2. wine下安装WeChat
  - - 2.1 安装
  - 2.2 可能遇到的问题
  - 3. .run文件运行不了
  - 4. Anaconda安装和使用
  - - 4.1 安装
    - 4.2 使用
    - 4.3 可能出现的问题：
  - 5 配置electron-ssr
  - 6. 桌面上的.Desktop文件双击运行不了
  - 7. 为应用创建桌面快捷方式
  - 8. FileZilla的安装和使用
  - 9. 安装医学处理软件的其他环境如mrtrix，dipy等
  - 10. FSL的安装和使用
  - - 10.1 安装
    - 10.2 使用
  - 11. ANTs的安装和使用
  - - 11.1 相关资料
    - 11.2 使用
    - 11.3 可能遇到的问题：
  - 12. ITK-Snap的安装和使用
  - - 12.1 安装
    - 12.2 使用
    - 12.3 可能遇到的问题：
  - 13. python中torchbiomed库
  - 14. AFNI的安装和使用
  - 15. FreeSurfer的安装和使用
  - 16. MatLab的安装（使用见另一个文件“Matlab")
  - 17. R语言的安装和使用
  - - 17.1 安装
    - 17.2 使用

从头配置一台电脑：

环境：Ubuntu 20.04

代码编辑器：PyCharm，Visual Studio Code
虚拟环境，包管理器：Anaconda 或 Miniconda
Linux下的Windows平台：Wine
- PDF阅读器：福昕或 Acrobat Reader
- 聊天工具：WeChat，TIM
- 办公编辑软件：office (word, ppt, excel) 或WPS
终端管理：tmux
科学上网工具：electron-ssr，以及proxychans4。可选monocloud，蜂巢等
文件传输工具：FileZilla
医学图像处理工具：FSL、ANTs（配准分割等都很好用）、ITK-Snap、AFNI（以及要用到的R语言）、FreeSurfer、mrtrix3
团队协作工具（网页版）：trello、bitbucket、confluence、GitHub
代码管理软件（桌面版，仅支持Windows和mac OS）：sourcetree
编程/数据处理软件：Matlab（以及其上的SPM）

需要注意的坑们：

安装wine
wine下安装WeChat
.run文件运行不了
Anaconda安装和使用
配置electron-ssr
桌面上的.Desktop文件双击运行不了
为应用创建桌面快捷方式
FileZilla的安装
安装医学处理软件的其他环境如mrtrix，dipy等
FSL的安装和使用
ANTs的安装和使用
ITK-Snap的安装和使用
python中torchbiomed库
AFNI的安装和使用
FreeSurfer的安装和使用
MatLab的安装（使用见另一个文件“Matlab")
R语言的安装和使用

1. 安装wine

搜索wine的官网，有说怎么安装。
然后安装winetricks

2. wine下安装WeChat

2.1 安装

到微信官网下载windows下的.exe文件
把这个文件放到 /home/username/wine/ 文件夹下（方便管理，其他的也行），其中 username 是当前用户的名字。
进入命令行，直接 wine xxxx.exe ，其中 xxxx.exe 就是待安装的安装包。
完了之后直接运行就可以了。
或者按win徽标键，然后搜索 wechat ，回车运行即可。

2.2 可能遇到的问题

问题1：显示不了中文
安装好之后运行：
- 方法1：在 /home/username/Desktop/ 文件夹下有 WeChat.desktop
  - 修改该文件，给“env”后面加上“LC_ALL=

3. .run文件运行不了

因为下载的福昕阅读器是arm架构适用的，但是我的电脑是x86。所以需要重新下载对应的合适的安装包。

4. Anaconda安装和使用

Anaconda是包管理器，创建虚拟环境什么的也很实用。

4.1 安装

首先，到Anaconda官网下载对应系统的最新版本的安装包：https://www.anaconda.com/products/individual#
默认是下载到 /home/username/Downloads/ 下面，我为了管理方便，把它mv（move）到了 /home/username/ProgramFile/ 下。
然后，命令行进入安装包所在位置， bash ./Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh ，其中后面是安装包的名称。
根据提示进行安装即可，中间需要确认安装的位置，我选择的是 /home/username/ProgramFile/anaconda3/ 。
不出意外的话会安装成功。
然后更新环境变量： source ~/.bashrc

4.2 使用

查看版本（以及是否安装成功）： conda --version
新建虚拟环境： conda create --name new_env package=2.1
- 其中 --name 可以用 -n 代替， new_env 是新的虚拟环境的名字， package 是导入的包，不指定的话就先不导入， =2.1 是可以指定包的版本。
复制虚拟环境： conda create --name new_env --clone old_env
- 其中 new_env 是新的虚拟环境的名称， old_env 是被复制的虚拟环境的名称。
进入虚拟环境： conda activate env_name
- 其中 env_name 是要进入的虚拟环境的名称
退出虚拟环境： conda deactivate
查看已安装的包： conda list
查找包： conda search pkg_name
- 其中 pkg_name 为查找的包的名字
安装包： conda install pkg_name
- 其中 pkg_name 为查找的包的名字
- 安装不上的话可以用 pip install pkg_name
更新conda： conda update conda
查看已创建的虚拟环境： conda env list
删除某个虚拟环境： conda remove -n <env_name> --all
- 其中 <env_name> 是要被删除的虚拟环境的名称。
创建指定路径下的虚拟环境： conda create --prefix=/public/home/username/env/py38 python=3.8
- 其中 --prefix 后面的路径是目标保存的路径，最后是指定的包的版本。
- 激活该虚拟环境时也要指定完整的路径名，如： conda activate /public/home/username/env/py38
- 退出和以前一样： conda deactivate

4.3 可能出现的问题：

问题：安装成功后 conda --version 显示找不到 conda 命令。

解决：需要更新一下环境变量： source ~/.bashrc
重新打开terminal，即可看到前面多了"(base)"字样，也可以正常使用conda命令了。

问题：不想要默认进入(base)环境

解决： conda config --set auto_activate_base false

5 配置electron-ssr

打开 配置 -> 选项设置 -> 通用设置 ，选择 ssr Python目录
打开 配置 -> 选项设置 -> 订阅管理 ，添加订阅地址并更新

安装一些东西：

sudo apt-get install libcanberra-gtk-module libcanberra-gtk3-module gconf2 gconf-service libappindicator1 
sudo apt-get install libssl-dev 
sudo apt-get install libsodium-dev 
sudo apt-get install python2 
sudo apt-get install python3
sudo apt-get install python-is-python3

其中最后一行下载“python-is-python3“是因为，ssr找的是python，但是系统里表示的是python2或python3，所以要告诉ssr，你要的python就是我已经提供给你的pyhton3啦！
- 这一步也可以替换成一个软链接： sudo ln -s /usr/bin/python3 /usr/bin/python
更新也完成后就可以开始愉快冲浪了。

6. 桌面上的.Desktop文件双击运行不了

对该图标 右键 -> Allow Launching
就可以双击打开啦。

7. 为应用创建桌面快捷方式

到本地电脑的 ~/.local/share/application/ 下找到对应的 .desktop 文件（可能在其下的子目录中）
复制该文件到 ~/Desktop/ 下，或直接拖到/复制到桌面，就好了。
然后对桌面上的.desktop文件 右键 -> Allow Launching 。

8. FileZilla的安装和使用

安装： sudo apt-get install filezilla
安装对应的语言包： sudo apt-get install filezilla-locales
使用：
- 在命令行： filezilla 即可调出主界面。

9. 安装医学处理软件的其他环境如mrtrix，dipy等

首先进入虚拟环境，比如创建并进入一个名为“mri”的虚拟环境：
- conda create -n mri
- conda activate mri
安装一些常用的包：
- conda install -c mrtrix3 mrtrix3
- conda install -c conda-forge dipy

10. FSL的安装和使用

FSL是常用的医学处理软件。

10.1 安装

下载：需要先注册，再下载使用。官网：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation
下载安装比较费时，这个软件比较大。

10.2 使用

查看MRI图像： mrview
- 例如： mrview T1.nii.gz
调出FSL主界面： fsl
去脑壳、抠脑子： bet
- 例如： bet T1.nii.gz T1_r20_f015.nii.gz -r 20 -f 0.15 -B -S -m -R -o
配准： flirt
缩放视野： robustfov
应用变换矩阵： convert_xhm
transformconvert ：把flirt_import或itk_import的transformation变换成mrtrix库可以认识的形式
从功能像中挑出一张来： fslroi

11. ANTs的安装和使用

11.1 相关资料

Advanced Normalization Tools，基于Insight ToolKit（ITK）

官方教程中推荐从source code下载：https://brianavants.wordpress.com/2012/04/13/updated-ants-compile-instructions-april-12-2012/

即：

> git clone git://github.com/stnava/ANTs.git
> mkdir antsbin
> cd antsbin
> ccmake ../ANTs
按 “c” 进行configuration
按 “q” 进入advanced mode，将SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOC设置为OFF从而关闭firewall
按 “g” 进行genration
> make -j 4

如果编译结束后

antsbin

目录下没有

bin

的话，那就创建一个

bin

目录，然后把一些文件复制进去：

> mkdir bin 
> cp -r ./ANTS-build/Examples/* ./bin 
> cp -r ./staging/bin/* ./bin 
> cp -r ../ANTs/Scripts/* ./bin

然后把路径加到环境变量 ~/.bashrc
文件中。比如：

编辑文件：
> vim ~/.bashrc 加入路径：
```
# ANTs
export ANTSPATH=/home/username/ProgramFile/ants/antsbin/bin
export PATH=$ANTSPATH:$PATH
           
```
保存退出，然后更新： > source ~/.bashrc
后面如果要更新ANTs的话，就进入 ANTs 文件夹下，然后： git pull origin master

安装可以参考这个PDF文件：http://learning-archive.org/wp-content/uploads/2017/09/%E4%BD%BF%E7%94%A8ANTs%E8%BF%9B%E8%A1%8CMRI%E5%9B%BE%E5%83%8F%E9%85%8D%E5%87%86.pdf
也可以参考官方文档：http://stnava.github.io/ANTsDoc/
了解ANTs的介绍、历史等的slides（没啥用）：http://stnava.github.io/ANTsTalk/#/
如何使用可以参考官方教程（有用的！还有原始论文！）：http://stnava.github.io/ANTs/

11.2 使用

配准： antsRegistration
利用矩阵进行形变： antsApplyWarp
把配准生成的transformation的.mat文件变成可读的格式： ConvertTransformFile

11.3 可能遇到的问题：

问题1：在服务器上安装了ANTs，但是在用户这边找不到命令。
解决1：修改本用户的环境变量 ~/.bashrc 文件：
- 加入：
```
export ANTSPATH=/public/software/ANTSbin/bin
export PATH=$ANTSPATH:$PATH 
           
```
- 保存并退出，然后： source ~/.bashrc
问题2：ANTs生成的变换矩阵，FSL那边不认。
解决2：ANTs是基于ITK的，所以这个问题就变成了如何将ITK格式的transformation转换成fsl格式。
- ANTs带的 ConvertTransformFile 命令可以将ANTs生成的变换矩阵.mat文件转换成普通可读的文件，这样就可以用 cat 进行读取了（原始的文件是读不出来的）。但是这样还是没有转成FSL格式。
  - 比如： ConvertTransformFile 3 registeredMI1_0GenericAffine.mat registeredMI1_0GenericAffine_readable4.mat --hm
- 下载c3d tool（Convert3D Medical Image Processing Tool）：https://sourceforge.net/projects/c3d/
- 然后进入解压： tar -xvzf <file_name>
  - 其中 <file_name> 为下载的toolbox的名字。
- 进入解压后的文件，找到其下的 bin 文件夹，里面就有需要的函数。记下这个路径名。
- 像上面问题1的解法一样，修改环境变量的 ~/.bashrc 文件，把这个路径加进去，然后 source ~/.bashrc 更新环境变量，就可以用c3d tool啦。
- 然后根据使用提示进行操作就好了。
- 但是我的各个坐标系之间还是有问题，转换之后还是不对。
问题3：在安装ITK时，那一步 make -j 4 中，显示连接不到remote的git
解决3-1：走代理吧。
- 比如在make的命令前面加上 proxychains4 。
- 嗯，当然是要先配置以下proxychans4的，参考另一篇。
解决3-2：在ccmake的时候更改一些配置：
- SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL 改成 “OFF”. (把防火墙关掉，否则后续编译自动适配下载ITK会超时)
- RUN_LONG_TESTS 和 RUN_SHORT_TESTS 改成 “OFF”. （否则后续编译会报 recipe for target 错误）
- 然后再按‘c’进行configuration。

12. ITK-Snap的安装和使用

12.1 安装

下载ITK-Snap：https://sourceforge.net/projects/itk-snap/files/itk-snap/3.8.0/itksnap-3.8.0-20190612-Linux-x86_64.tar.gz/download

12.2 使用

打开一个nii.gz文件： itksanp <file_name>

12.3 可能遇到的问题：

问题：安装ITK-SNAP之后，执行itksnap命令，报错： ~/ProgramFile/itksnap-3.8.0-20190612-Linux-gcc64/lib/snap-3.8.0/ITK-SNAP: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
解决：下载 libpng12.so.0 这个东西
- sudo add-apt-repository ppa:linuxuprising/libpng12
- sudo apt update
- sudo apt install libpng12-0
- 再执行 itksnap 就会发现ok啦！

13. python中torchbiomed库

torchbiomed库：特定于生物医学成像的数据集、转换和实用程序
直接pip install下载不下来，显示找不到
但是可以这样： python -m pip install git+https://github.com/mattmacy/torchbiomed.git

14. AFNI的安装和使用

AFNI (Analysis of Functional NeuroImages)
官网：https://afni.nimh.nih.gov/
找到对应电脑版本，进行安装：https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/install_instructs/steps_linux_ubuntu20.html#
- 但是我觉得这个安装教程有点问题… 不可全信。

15. FreeSurfer的安装和使用

大脑成像处理包
比较大，7.2.0版本有4.7GB。
官方下载：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall
- 方法1：直接点击对应链接下载；
- 方法2：找到下载链接，然后到命令行里用 wget 命令下载，比如： wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar.gz

16. MatLab的安装（使用见另一个文件“Matlab")

MatLab官网下载安装包.tar文件：https://ww2.mathworks.cn/products/matlab.html
下在之后解压，进去，看Readme文件，里面写了不同系统应该用什么方法进行安装。比如Ubuntu系统寻找 “install” 文件。
在命令行执行相应的安装脚本：
- ./install
- 然后根据界面提示进行操作就好了～

17. R语言的安装和使用

17.1 安装

使用CRAN软件源进行安装：https://cran.r-project.org/
以下安装方式参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/148819843

安装必要的安装包，添加软件源：

sudo apt install dirmngr gnupg apt-transport-https ca-certificates software-properties-common

把软件源添加到系统的源列表：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

安装R：
```
sudo apt install r-base
           
```
验证是否安装完成：
```
R --version
           
```

17.2 使用

可以参考菜鸟教程的R语言部分。