從頭配置一台電腦 Ubuntu20.04

建立時間：2021-08-16，更新時間：2021-08-31

環境：Ubuntu 20.04

文章目錄

- 從頭配置一台電腦：
- 需要注意的坑們：
- - 1. 安裝wine
  - 2. wine下安裝WeChat
  - - 2.1 安裝
  - 2.2 可能遇到的問題
  - 3. .run檔案運作不了
  - 4. Anaconda安裝和使用
  - - 4.1 安裝
    - 4.2 使用
    - 4.3 可能出現的問題：
  - 5 配置electron-ssr
  - 6. 桌面上的.Desktop檔案輕按兩下運作不了
  - 7. 為應用建立桌面快捷方式
  - 8. FileZilla的安裝和使用
  - 9. 安裝醫學處理軟體的其他環境如mrtrix，dipy等
  - 10. FSL的安裝和使用
  - - 10.1 安裝
    - 10.2 使用
  - 11. ANTs的安裝和使用
  - - 11.1 相關資料
    - 11.2 使用
    - 11.3 可能遇到的問題：
  - 12. ITK-Snap的安裝和使用
  - - 12.1 安裝
    - 12.2 使用
    - 12.3 可能遇到的問題：
  - 13. python中torchbiomed庫
  - 14. AFNI的安裝和使用
  - 15. FreeSurfer的安裝和使用
  - 16. MatLab的安裝（使用見另一個檔案“Matlab")
  - 17. R語言的安裝和使用
  - - 17.1 安裝
    - 17.2 使用

從頭配置一台電腦：

環境：Ubuntu 20.04

代碼編輯器：PyCharm，Visual Studio Code
虛拟環境，包管理器：Anaconda 或 Miniconda
Linux下的Windows平台：Wine
- PDF閱讀器：福昕或 Acrobat Reader
- 聊天工具：WeChat，TIM
- 辦公編輯軟體：office (word, ppt, excel) 或WPS
終端管理：tmux
科學上網工具：electron-ssr，以及proxychans4。可選monocloud，蜂巢等
檔案傳輸工具：FileZilla
醫學圖像處理工具：FSL、ANTs（配準分割等都很好用）、ITK-Snap、AFNI（以及要用到的R語言）、FreeSurfer、mrtrix3
團隊協作工具（網頁版）：trello、bitbucket、confluence、GitHub
代碼管理軟體（桌面版，僅支援Windows和mac OS）：sourcetree
程式設計/資料處理軟體：Matlab（以及其上的SPM）

需要注意的坑們：

安裝wine
wine下安裝WeChat
.run檔案運作不了
Anaconda安裝和使用
配置electron-ssr
桌面上的.Desktop檔案輕按兩下運作不了
為應用建立桌面快捷方式
FileZilla的安裝
安裝醫學處理軟體的其他環境如mrtrix，dipy等
FSL的安裝和使用
ANTs的安裝和使用
ITK-Snap的安裝和使用
python中torchbiomed庫
AFNI的安裝和使用
FreeSurfer的安裝和使用
MatLab的安裝（使用見另一個檔案“Matlab")
R語言的安裝和使用

1. 安裝wine

搜尋wine的官網，有說怎麼安裝。
然後安裝winetricks

2. wine下安裝WeChat

2.1 安裝

到微信官網下載下傳windows下的.exe檔案
把這個檔案放到 /home/username/wine/ 檔案夾下（友善管理，其他的也行），其中 username 是目前使用者的名字。
進入指令行，直接 wine xxxx.exe ，其中 xxxx.exe 就是待安裝的安裝包。
完了之後直接運作就可以了。
或者按win徽标鍵，然後搜尋 wechat ，回車運作即可。

2.2 可能遇到的問題

問題1：顯示不了中文
安裝好之後運作：
- 方法1：在 /home/username/Desktop/ 檔案夾下有 WeChat.desktop
  - 修改該檔案，給“env”後面加上“LC_ALL=

3. .run檔案運作不了

因為下載下傳的福昕閱讀器是arm架構适用的，但是我的電腦是x86。是以需要重新下載下傳對應的合适的安裝包。

4. Anaconda安裝和使用

Anaconda是包管理器，建立虛拟環境什麼的也很實用。

4.1 安裝

首先，到Anaconda官網下載下傳對應系統的最新版本的安裝包：https://www.anaconda.com/products/individual#
預設是下載下傳到 /home/username/Downloads/ 下面，我為了管理友善，把它mv（move）到了 /home/username/ProgramFile/ 下。
然後，指令行進入安裝包所在位置， bash ./Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh ，其中後面是安裝包的名稱。
根據提示進行安裝即可，中間需要确認安裝的位置，我選擇的是 /home/username/ProgramFile/anaconda3/ 。
不出意外的話會安裝成功。
然後更新環境變量： source ~/.bashrc

4.2 使用

檢視版本（以及是否安裝成功）： conda --version
建立虛拟環境： conda create --name new_env package=2.1
- 其中 --name 可以用 -n 代替， new_env 是新的虛拟環境的名字， package 是導入的包，不指定的話就先不導入， =2.1 是可以指定包的版本。
複制虛拟環境： conda create --name new_env --clone old_env
- 其中 new_env 是新的虛拟環境的名稱， old_env 是被複制的虛拟環境的名稱。
進入虛拟環境： conda activate env_name
- 其中 env_name 是要進入的虛拟環境的名稱
退出虛拟環境： conda deactivate
檢視已安裝的包： conda list
查找包： conda search pkg_name
- 其中 pkg_name 為查找的包的名字
安裝包： conda install pkg_name
- 其中 pkg_name 為查找的包的名字
- 安裝不上的話可以用 pip install pkg_name
更新conda： conda update conda
檢視已建立的虛拟環境： conda env list
删除某個虛拟環境： conda remove -n <env_name> --all
- 其中 <env_name> 是要被删除的虛拟環境的名稱。
建立指定路徑下的虛拟環境： conda create --prefix=/public/home/username/env/py38 python=3.8
- 其中 --prefix 後面的路徑是目标儲存的路徑，最後是指定的包的版本。
- 激活該虛拟環境時也要指定完整的路徑名，如： conda activate /public/home/username/env/py38
- 退出和以前一樣： conda deactivate

4.3 可能出現的問題：

問題：安裝成功後 conda --version 顯示找不到 conda 指令。

解決：需要更新一下環境變量： source ~/.bashrc
重新打開terminal，即可看到前面多了"(base)"字樣，也可以正常使用conda指令了。

問題：不想要預設進入(base)環境

解決： conda config --set auto_activate_base false

5 配置electron-ssr

打開 配置 -> 選項設定 -> 通用設定 ，選擇 ssr Python目錄
打開 配置 -> 選項設定 -> 訂閱管理 ，添加訂閱位址并更新

安裝一些東西：

sudo apt-get install libcanberra-gtk-module libcanberra-gtk3-module gconf2 gconf-service libappindicator1 
sudo apt-get install libssl-dev 
sudo apt-get install libsodium-dev 
sudo apt-get install python2 
sudo apt-get install python3
sudo apt-get install python-is-python3

其中最後一行下載下傳“python-is-python3“是因為，ssr找的是python，但是系統裡表示的是python2或python3，是以要告訴ssr，你要的python就是我已經提供給你的pyhton3啦！
- 這一步也可以替換成一個軟連結： sudo ln -s /usr/bin/python3 /usr/bin/python
更新也完成後就可以開始愉快沖浪了。

6. 桌面上的.Desktop檔案輕按兩下運作不了

對該圖示 右鍵 -> Allow Launching
就可以輕按兩下打開啦。

7. 為應用建立桌面快捷方式

到本地電腦的 ~/.local/share/application/ 下找到對應的 .desktop 檔案（可能在其下的子目錄中）
複制該檔案到 ~/Desktop/ 下，或直接拖到/複制到桌面，就好了。
然後對桌面上的.desktop檔案 右鍵 -> Allow Launching 。

8. FileZilla的安裝和使用

安裝： sudo apt-get install filezilla
安裝對應的語言包： sudo apt-get install filezilla-locales
使用：
- 在指令行： filezilla 即可調出主界面。

9. 安裝醫學處理軟體的其他環境如mrtrix，dipy等

首先進入虛拟環境，比如建立并進入一個名為“mri”的虛拟環境：
- conda create -n mri
- conda activate mri
安裝一些常用的包：
- conda install -c mrtrix3 mrtrix3
- conda install -c conda-forge dipy

10. FSL的安裝和使用

FSL是常用的醫學處理軟體。

10.1 安裝

下載下傳：需要先注冊，再下載下傳使用。官網：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation
下載下傳安裝比較費時，這個軟體比較大。

10.2 使用

檢視MRI圖像： mrview
- 例如： mrview T1.nii.gz
調出FSL主界面： fsl
去腦殼、摳腦子： bet
- 例如： bet T1.nii.gz T1_r20_f015.nii.gz -r 20 -f 0.15 -B -S -m -R -o
配準： flirt
縮放視野： robustfov
應用變換矩陣： convert_xhm
transformconvert ：把flirt_import或itk_import的transformation變換成mrtrix庫可以認識的形式
從功能像中挑出一張來： fslroi

11. ANTs的安裝和使用

11.1 相關資料

Advanced Normalization Tools，基于Insight ToolKit（ITK）

官方教程中推薦從source code下載下傳：https://brianavants.wordpress.com/2012/04/13/updated-ants-compile-instructions-april-12-2012/

即：

> git clone git://github.com/stnava/ANTs.git
> mkdir antsbin
> cd antsbin
> ccmake ../ANTs
按 “c” 進行configuration
按 “q” 進入advanced mode，将SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOC設定為OFF進而關閉firewall
按 “g” 進行genration
> make -j 4

如果編譯結束後

antsbin

目錄下沒有

bin

的話，那就建立一個

bin

目錄，然後把一些檔案複制進去：

> mkdir bin 
> cp -r ./ANTS-build/Examples/* ./bin 
> cp -r ./staging/bin/* ./bin 
> cp -r ../ANTs/Scripts/* ./bin

然後把路徑加到環境變量 ~/.bashrc
檔案中。比如：

編輯檔案：
> vim ~/.bashrc 加入路徑：
```
# ANTs
export ANTSPATH=/home/username/ProgramFile/ants/antsbin/bin
export PATH=$ANTSPATH:$PATH
           
```
儲存退出，然後更新： > source ~/.bashrc
後面如果要更新ANTs的話，就進入 ANTs 檔案夾下，然後： git pull origin master

安裝可以參考這個PDF檔案：http://learning-archive.org/wp-content/uploads/2017/09/%E4%BD%BF%E7%94%A8ANTs%E8%BF%9B%E8%A1%8CMRI%E5%9B%BE%E5%83%8F%E9%85%8D%E5%87%86.pdf
也可以參考官方文檔：http://stnava.github.io/ANTsDoc/
了解ANTs的介紹、曆史等的slides（沒啥用）：http://stnava.github.io/ANTsTalk/#/
如何使用可以參考官方教程（有用的！還有原始論文！）：http://stnava.github.io/ANTs/

11.2 使用

配準： antsRegistration
利用矩陣進行形變： antsApplyWarp
把配準生成的transformation的.mat檔案變成可讀的格式： ConvertTransformFile

11.3 可能遇到的問題：

問題1：在伺服器上安裝了ANTs，但是在使用者這邊找不到指令。
解決1：修改本使用者的環境變量 ~/.bashrc 檔案：
- 加入：
```
export ANTSPATH=/public/software/ANTSbin/bin
export PATH=$ANTSPATH:$PATH 
           
```
- 儲存并退出，然後： source ~/.bashrc
問題2：ANTs生成的變換矩陣，FSL那邊不認。
解決2：ANTs是基于ITK的，是以這個問題就變成了如何将ITK格式的transformation轉換成fsl格式。
- ANTs帶的 ConvertTransformFile 指令可以将ANTs生成的變換矩陣.mat檔案轉換成普通可讀的檔案，這樣就可以用 cat 進行讀取了（原始的檔案是讀不出來的）。但是這樣還是沒有轉成FSL格式。
  - 比如： ConvertTransformFile 3 registeredMI1_0GenericAffine.mat registeredMI1_0GenericAffine_readable4.mat --hm
- 下載下傳c3d tool（Convert3D Medical Image Processing Tool）：https://sourceforge.net/projects/c3d/
- 然後進入解壓： tar -xvzf <file_name>
  - 其中 <file_name> 為下載下傳的toolbox的名字。
- 進入解壓後的檔案，找到其下的 bin 檔案夾，裡面就有需要的函數。記下這個路徑名。
- 像上面問題1的解法一樣，修改環境變量的 ~/.bashrc 檔案，把這個路徑加進去，然後 source ~/.bashrc 更新環境變量，就可以用c3d tool啦。
- 然後根據使用提示進行操作就好了。
- 但是我的各個坐标系之間還是有問題，轉換之後還是不對。
問題3：在安裝ITK時，那一步 make -j 4 中，顯示連接配接不到remote的git
解決3-1：走代理吧。
- 比如在make的指令前面加上 proxychains4 。
- 嗯，當然是要先配置以下proxychans4的，參考另一篇。
解決3-2：在ccmake的時候更改一些配置：
- SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL 改成 “OFF”. (把防火牆關掉，否則後續編譯自動适配下載下傳ITK會逾時)
- RUN_LONG_TESTS 和 RUN_SHORT_TESTS 改成 “OFF”. （否則後續編譯會報 recipe for target 錯誤）
- 然後再按‘c’進行configuration。

12. ITK-Snap的安裝和使用

12.1 安裝

下載下傳ITK-Snap：https://sourceforge.net/projects/itk-snap/files/itk-snap/3.8.0/itksnap-3.8.0-20190612-Linux-x86_64.tar.gz/download

12.2 使用

打開一個nii.gz檔案： itksanp <file_name>

12.3 可能遇到的問題：

問題：安裝ITK-SNAP之後，執行itksnap指令，報錯： ~/ProgramFile/itksnap-3.8.0-20190612-Linux-gcc64/lib/snap-3.8.0/ITK-SNAP: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
解決：下載下傳 libpng12.so.0 這個東西
- sudo add-apt-repository ppa:linuxuprising/libpng12
- sudo apt update
- sudo apt install libpng12-0
- 再執行 itksnap 就會發現ok啦！

13. python中torchbiomed庫

torchbiomed庫：特定于生物醫學成像的資料集、轉換和實用程式
直接pip install下載下傳不下來，顯示找不到
但是可以這樣： python -m pip install git+https://github.com/mattmacy/torchbiomed.git

14. AFNI的安裝和使用

AFNI (Analysis of Functional NeuroImages)
官網：https://afni.nimh.nih.gov/
找到對應電腦版本，進行安裝：https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/install_instructs/steps_linux_ubuntu20.html#
- 但是我覺得這個安裝教程有點問題… 不可全信。

15. FreeSurfer的安裝和使用

大腦成像處理包
比較大，7.2.0版本有4.7GB。
官方下載下傳：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall
- 方法1：直接點選對應連結下載下傳；
- 方法2：找到下載下傳連結，然後到指令行裡用 wget 指令下載下傳，比如： wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar.gz

16. MatLab的安裝（使用見另一個檔案“Matlab")

MatLab官網下載下傳安裝包.tar檔案：https://ww2.mathworks.cn/products/matlab.html
下在之後解壓，進去，看Readme檔案，裡面寫了不同系統應該用什麼方法進行安裝。比如Ubuntu系統尋找 “install” 檔案。
在指令行執行相應的安裝腳本：
- ./install
- 然後根據界面提示進行操作就好了～

17. R語言的安裝和使用

17.1 安裝

使用CRAN軟體源進行安裝：https://cran.r-project.org/
以下安裝方式參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/148819843

安裝必要的安裝包，添加軟體源：

sudo apt install dirmngr gnupg apt-transport-https ca-certificates software-properties-common

把軟體源添加到系統的源清單：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

安裝R：
```
sudo apt install r-base
           
```
驗證是否安裝完成：
```
R --version
           
```

17.2 使用

可以參考菜鳥教程的R語言部分。