崇祯十七年（清顺治元年，1644）三月，李自成率军攻占北京。以马士英、史可法等为首的一部分明朝官僚于五月在南京拥立福王朱由崧为帝，年号弘光，建立了南明弘光政权。
弘光政权在兵部尚书史可法的部署下，以江北四镇和武昌的左良玉部为核心，组成了江淮防线，阻防大顺军和清军的南下。
最初，为集中力量对付农民军，清军打着"为尔等复君父仇，所谋者惟闯贼”口号来拉拢汉族官僚地主阶级，并麻痹南明弘光政权的抗清意识。这使弘光君臣产生了“款清灭寇”的幻想，未能走上与农民军联合抗清的道路，而是倒在"偏安"的幻想中，沉浸于内部的争权夺利与"党争"的漩涡中无法自拔。而清政府在挫败农民军后，则开始将对南明弘光政权的军事征服提到了日程中来。
清顺治二年（1645）春，清将多铎率领清军南下攻取淮安和泗州，包围扬州，弘光政权危在旦夕。这时弘光政权内部的争权夺利仍不止息，只有被排挤至扬州的内阁大学士史可法坚决抗战，但却孤掌难鸣。
四月十九日，清军攻打扬州。史可法率全城军民誓死抵抗，经七昼夜的艰苦抗战，终因寡不敌众又缺少援军而失败。扬州城陷落，史可法被俘后英勇就义。清军则大肆报复，血洗扬州，前后持续约十天，史称“扬州十日”。
接着，清军渡过长江，五月十六日占领南京，福王朱由崧在逃至芜湖时被俘，解至北京处斩。南明弘光政权瓦解后，长江中下游地区很快为清军占领。
之后，南明残余势力又相继于绍兴、福州拥立鲁王朱以海、唐王朱聿键建立了鲁王政权和唐王政权。但由于两者在“正统”问题上争论不休，不能联手抗清，势单力薄，在清军的强大攻势下，不到一年便先后瓦解。
不久，残明广西巡抚霍式耜、湖广总督何腾蛟又于广东肇庆拥立桂王朱由榔称帝，年号"永历"，建立了南明桂王政权，继续抗清。
清顺治二年（1645）六月，清廷向全国发布了薙发令，并以"留发不留头，留头不留发"相威胁。同时，为保护满洲贵族的利益，又圈占汉人田地为“旗地”，建立田庄，强迫汉人投充为庄丁，并制定“逃人法”，对因不堪剥削压迫而逃亡的庄丁严加惩罚。
这一系列民族高压政策激起了广大汉族人民的反抗。江阴民众即在陈明遇、阎应元的领导下展开了反薙发斗争，声称“头可断，发决不可薙”。
在坚守城池81天后，终被清军攻破城垣，并遭到了清军的血腥屠杀。嘉定人民也在侯峒曾、黄淳耀的领导下坚决反对薤发，坚守城垣半个月，终因孤立无援而失败。清军先后三次大肆报复与血腥屠杀，几乎使嘉定成为一片废墟，史称"嘉定三屠"。
清廷的民族征服政策，导致了国内民族矛盾的日益激化，也使农民军余部与南明政权面对严峻的军事形势与民族危机，开始暂时抛却前嫌，走上联合抗清的道路。
唐王政权建立后，大顺军余部在李过、郝摇旗的领导下开始与唐王政权联合抗清。唐王政权覆灭后，他们又与桂王政权联合，多次挫败清军，相继收复衡阳、长沙等地，使风雨飘摇的桂王政权暂时得以稳定。
但桂王政权内部对农民军心怀芥蒂，貌合神离，削弱了战斗力量。清顺治七年（1649）春，清军攻破南昌，何腾蛟在湘潭被俘遇害。次年，桂林陷落，瞿式耜殉国。
大顺军余部亦退守荆襄地区，单独抗清。形势的逆转，迫使桂王政权不得不接受大西军余部联合抗清的建议。
顺治九年（1652）二月，大西军将领李定国、孙可望、刘文秀等将桂王迎至安隆所（今贵州安龙县），重建政权，一度收复桂林，并先后占领湖南、江西及川东、川西南广大地区，引起了清廷的极大震动。但大西军内部此时却围绕权力之争，陷入分裂。
顺治十三年（1656），李定国将桂王接到昆明，意欲“挟天子以令诸侯”。孙可望于怨忿中悍然发动内战，与李定国部火并，兵败后降清。
清军乘机攻占广西、贵州、云南等地，昆明失守，桂王仓皇逃至缅甸。康熙元年（1662），吴三桂入缅索获桂王，绞杀于昆明。李定国忧愤而死，桂王政权颠覆。
同时，退守荆襄地区的大顺军余部亦遭到清军的残酷围剿，最终因粮尽援绝而失败。南方人民持续20余年的抗清运动至此基本结束。