崇祯十七年（清順治元年，1644）三月，李自成率軍攻占北京。以馬士英、史可法等為首的一部分明朝官僚于五月在南京擁立福王朱由崧為帝，年号弘光，建立了南明弘光政權。
弘光政權在兵部尚書史可法的部署下，以江北四鎮和武昌的左良玉部為核心，組成了江淮防線，阻防大順軍和清軍的南下。
最初，為集中力量對付農民軍，清軍打着"為爾等複君父仇，所謀者惟闖賊”口号來拉攏漢族官僚地主階級，并麻痹南明弘光政權的抗清意識。這使弘光君臣産生了“款清滅寇”的幻想，未能走上與農民軍聯合抗清的道路，而是倒在"偏安"的幻想中，沉浸于内部的争權奪利與"黨争"的漩渦中無法自拔。而清政府在挫敗農民軍後，則開始将對南明弘光政權的軍事征服提到了日程中來。
清順治二年（1645）春，清将多铎率領清軍南下攻取淮安和泗州，包圍揚州，弘光政權危在旦夕。這時弘光政權内部的争權奪利仍不止息，隻有被排擠至揚州的内閣大學士史可法堅決抗戰，但卻孤掌難鳴。
四月十九日，清軍攻打揚州。史可法率全城軍民誓死抵抗，經七晝夜的艱苦抗戰，終因寡不敵衆又缺少援軍而失敗。揚州城陷落，史可法被俘後英勇就義。清軍則大肆報複，血洗揚州，前後持續約十天，史稱“揚州十日”。
接着，清軍渡過長江，五月十六日占領南京，福王朱由崧在逃至蕪湖時被俘，解至北京處斬。南明弘光政權瓦解後，長江中下遊地區很快為清軍占領。
之後，南明殘餘勢力又相繼于紹興、福州擁立魯王朱以海、唐王朱聿鍵建立了魯王政權和唐王政權。但由于兩者在“正統”問題上争論不休，不能聯手抗清，勢單力薄，在清軍的強大攻勢下，不到一年便先後瓦解。
不久，殘明廣西巡撫霍式耜、湖廣總督何騰蛟又于廣東肇慶擁立桂王朱由榔稱帝，年号"永曆"，建立了南明桂王政權，繼續抗清。
清順治二年（1645）六月，清廷向全國釋出了薙發令，并以"留發不留頭，留頭不留發"相威脅。同時，為保護滿洲貴族的利益，又圈占漢人田地為“旗地”，建立田莊，強迫漢人投充為莊丁，并制定“逃人法”，對因不堪剝削壓迫而逃亡的莊丁嚴加懲罰。
這一系列民族高壓政策激起了廣大漢族人民的反抗。江陰群眾即在陳明遇、閻應元的上司下展開了反薙發鬥争，聲稱“頭可斷，發決不可薙”。
在堅守城池81天後，終被清軍攻破城垣，并遭到了清軍的血腥屠殺。嘉定人民也在侯峒曾、黃淳耀的上司下堅決反對薤發，堅守城垣半個月，終因孤立無援而失敗。清軍先後三次大肆報複與血腥屠殺，幾乎使嘉定成為一片廢墟，史稱"嘉定三屠"。
清廷的民族征服政策，導緻了國内民族沖突的日益激化，也使農民軍餘部與南明政權面對嚴峻的軍事形勢與民族危機，開始暫時抛卻前嫌，走上聯合抗清的道路。
唐王政權建立後，大順軍餘部在李過、郝搖旗的上司下開始與唐王政權聯合抗清。唐王政權覆滅後，他們又與桂王政權聯合，多次挫敗清軍，相繼收複衡陽、長沙等地，使風雨飄搖的桂王政權暫時得以穩定。
但桂王政權内部對農民軍心懷芥蒂，貌合神離，削弱了戰鬥力量。清順治七年（1649）春，清軍攻破南昌，何騰蛟在湘潭被俘遇害。次年，桂林陷落，瞿式耜殉國。
大順軍餘部亦退守荊襄地區，單獨抗清。形勢的逆轉，迫使桂王政權不得不接受大西軍餘部聯合抗清的建議。
順治九年（1652）二月，大西軍将領李定國、孫可望、劉文秀等将桂王迎至安隆所（今貴州安龍縣），重建政權，一度收複桂林，并先後占領湖南、江西及川東、川西南廣大地區，引起了清廷的極大震動。但大西軍内部此時卻圍繞權力之争，陷入分裂。
順治十三年（1656），李定國将桂王接到昆明，意欲“挾天子以令諸侯”。孫可望于怨忿中悍然發動内戰，與李定國部火并，兵敗後降清。
清軍乘機攻占廣西、貴州、雲南等地，昆明失守，桂王倉皇逃至緬甸。康熙元年（1662），吳三桂入緬索獲桂王，絞殺于昆明。李定國憂憤而死，桂王政權颠覆。
同時，退守荊襄地區的大順軍餘部亦遭到清軍的殘酷圍剿，最終因糧盡援絕而失敗。南方人民持續20餘年的抗清運動至此基本結束。