1946年6月26日，国民党不顾全国人民的强烈反对,向解放区展开大规模的进攻，全面内战爆发。国民党浙江省当局秉承蒋介石的旨意，在全省实行高压政策。7月，国民党在永嘉、乐清、黄岩、仙居边界设立浙江省第八“清剿”区第四分区。8月，在泰顺设立“衢州绥靖公署浙闽边指挥所”。国民党各县政府还成立县、区“清乡”委员会，从 8月开始“清乡”，于9月底结束。
全面内战爆发后，中共中央清醒地估计了国内外形势，及时地确定了以自卫战争粉碎国民党军事进攻的方针，提出了“武装自卫”的口号。为了得到上级党组织的指示，中共浙南特委派政治交通员吴荣膺去苏北寻找华中分局汇报浙南党的工作。9月17日，华中分局发出对浙南党的指示信，信中指出“全面内战已经爆发，和平业已绝望”，指示浙南特委要发动游击战争，配合解放军主力作战。
特委根据华中分局的指示，分析了形势，认为浙南的游击战要由小到大，逐步开展，最终达到壮大自己、消灭敌人的目的。10月20日，特委作出《对今后任务的决定》，提出以加强思想建设为核心的八大任务：加强思想建设;加强对党支部的领导；大量培养干部；发展党的组织；开展新地区与加强城市工作;积极开展群众运动；加强统一战线工作;开展军队工作。该决定是实行从隐蔽精干到游击战争战略转变的重大决策。
同时，特委作出《关于组织问题的几个决定》，要求县、区一律恢复委员会制，并在委员会之下设立工作部门；加强集体领导，严格计划、检查和请示报告等制度；健全支部生活，加强支部在新情况下的战斗堡垒作用，改变隐蔽活动时期支部不过或少过组织生活及对党员个别联系的活动方式，加强对党员的教育。此后，各县、区都陆续恢复了委员会制。这样就使党的组织和活动方式适应了开展游击战争的需要。
为落实八大任务，特委首先在党和部队中广泛深入地进行形势教育和思想动员，并在特委、县委领导机关开展整风学习运动。其次，加强政治宣传。先后创办了《新民主》半月刊、《浙南月刊》和《浙南周刊》等3种报刊。再次，大量吸收和培养干部，特别是培养军队干部。1947年5月，特委举办了第一期军政干部训练班，抽调各县的主要干部参加训练。次年7月，特委又举办第二期军政干部训练班，30多名营级干部参加。各县委、边区委也根据工作需要相继举办军政干部训练班、党务工作训练班。
1946年11月，国民党又在浙南成立文成、括苍两个“绥靖”办事处。12月，第八区（温州）保安司令部还成立“戡乱”大队。这样，国民党在浙南投入的兵力有浙保二、四、五团，加上专区和各县的地主武装，共计约1.5万人。他们“清剿”中大肆烧杀抢掠，无恶不作。在瓯江以南，仅瑞安县高楼区一个小小的双山村，就先后两次遭到“清剿”，有9人被杀，33间房屋被烧，26头牲口被牵走。在瓯江以北，括苍“绥靖”处处长兼指挥官吴万玉乱捕滥杀，从1946年下半年至1947年春，永嘉西楠溪被捕群众达1000人以上，有的施以割耳朵、断手足、火烹、挖心或活埋等酷刑，惨不忍睹。此外，国民党括苍“绥靖”公署办事处还派部队对浙西南游击根据地进行“清剿”。
面对敌人的进攻，浙南党组织迅速重建和扩大革命武装。瓯江以北本来就是永乐人民抗日自卫游击总队活动的地区，永乐总队虽然已撤销番号并经过两次精简，但仍保留了几十人的武装骨干。1946 年12月，中共乐清中心县委作出了重建和扩大革命武装，开展游击战争的决定。并以原保留的武装为基础，从各地陆续召回原精简的干部战士，取出埋藏在深山冷庙、田头屋角的武器，扩大革命武装。乐清中心县委将机关特务班扩大到20余人，改称机关警卫队。次年1月，又建立大荆、四都、屿北3支区武工队。同时扩大海山武工队，指战员增加到100余人。与此同时，瓯江以南各县也普遍扩大了武工队和民兵组织。
浙南革命武装在重建和扩建前后，积极开展了武装斗争。1946 年6月，海山武工队在南洋渔场击败了横行浙闽沿海的海匪武装。9月17日，浙保四团1个加强连向海山武工队驻地大小青岛发动进攻，武工队顽强反击，俘船1艘，毙4人，俘8人，缴获轻机枪2挺、步枪3支、子弹1000余发。1947 年初，大荆区武工队袭击国民党大荆警察所1个班，打伤警长1名、缴获木壳枪1支、步枪8支。2月中旬，瑞安东区发动全区民兵，一夜之间摧毁国民党军的18座碉堡。此外，浙南其它各县也都采取夜间行动，利用内线，里应外合的办法，消灭了一批国民党的“清乡队”和乡镇公所，并镇压了一批极端反动的国民党乡镇保长、特务和恶霸地主，巩固了根据地。
与此同时，特委按照华中分局的战略方针，并结合浙南的实际，积极采取向北向南发展游击战争的战略。在向北发展方面，特委指示乐清中心县委应把活动重点放在永(嘉)乐(清)黄(岩)边、永(嘉)仙(居)黄(岩)边、仙(居)临(海)黄(岩) 边、玉(环)温(岭)乐(清)边基本地区及海上，有计划地向括苍山脉挺进，准备在此建立根据地。乐清中心县委根据浙南特委的指示，决定瓯北党的工作向北、向西和向南发展，在括苍山脉周围建立广泛的立足地和根据地，以便与浙东、处属连成一片。于是，瓯北党组织积极向台州西部、南部地区发展，并于1947年6月与浙东、台属党组织取得了联系。
在向南发展方面，特委以瓯江以南的洞宫山山脉为支撑点，向景宁、庆元、寿宁、龙泉发展，并设法与福建党组织取得联系。同时，依靠泰顺基本地区向闽东的霞浦、柘荣和福安发展，也尽可能与福建党组织取得联系。
在浙南特委积极向福建方向发展的时候，福建党组织也正想方设法与浙南特委取得了联系。1947 年4月，浙南特委书记龙跃根据浙南特委远离华中分局、单独坚持斗争的情况，通过中共闽浙赣区党委[5]的电台向华东局建议，将浙南党组织就近划归闽浙赣区党委领导。5月，华东局同意龙跃的建议，把浙南特委和处属特委划归闽浙赣区党委领导，龙跃任闽浙赣区党委常委兼浙南特委书记，并联系指导处属特委的工作。此后，闽浙赣区党委对浙南和浙西南的游击战争作出多次重要指示，有力地推动了两个地区游击战争的开展。
在制定本地游击战争发展的战略方针的同时，浙南开始建立主力武装，开展游击战争。1947年5月 17日，特委在基本完成八大任务的基础上，发出《对目前工作的指示》，提出了训练干部，培养各种人才；扩大革命武装力量等五大任务。为了适应游击战争发展的需要，7月特委决定将各县武工队扩大为县队或区队，至11月，建立了第一、二、三县队（分别为瑞安、青景丽、浙闽边）、江北县队（瓯北以北）、第十区队（平阳）、第十三区队（永嘉）,武装力量发展到500多人，连同特委和县委两级领导机关的干部和地方脱产干部在内共800余人。游击战争也取得了令人鼓舞的成果，到1947年9月，消灭国民党军200多人，缴获轻机枪3挺、长短枪200多支、子弹2.3万余发，击沉敌船1艘。
10月3日至29日，特委在瑞安高楼梅山召开第八次扩大会议，提出了扩大部队、培养干部、开辟新区、发展党的组织、开展群众运动、加强领导等六大任务。为执行向北向南发展的战略方针，加强括苍地区和浙闽边地区的工作，11月 15日，乐清中心县委改称括苍中心县委，邱清华任书记，原乐清中心县委下辖的10个地区调整为山面中心区、永乐黄边中心区、楠溪区、玉环区等4个区。同时，江北县队正式扩编为括苍支队，支队长周丕振，政委邱清华。支队下辖4个中队、1个直属警卫队及1个独立分队，共有指战员340余人。11月21日，中共浙闽边区委和泰顺县委撤销，成立中共浙闽边中心县委，陈辉任书记，直接领导泰顺县各区委，并指导鼎平县委和福鼎县工委[6]工作。
会议期间，国民党浙江省政府主席兼保安司令沈鸿烈再次到温州督查“清剿”。特委领导的地方武装实施撒网战术，寻找时机，纷纷主动出击。10月13日，江北县队队长周丕振率江北县队数十人和部分民兵，出敌不意，袭击了驻乐清白石镇的国民党乐清县保警大队第一中队，俘包括中队长在内的官兵80余人。同一天,活动在瓯江南岸的青第二县队攻克景宁小顺镇，全歼守敌1个分队。接着又袭击青田章村敌据点,消灭国民党青田县自卫队1个分队。小顺和章村两个据点的攻克，打开了青景丽北部的斗争局面。会议以后，12月23日，第二县队又在泰顺包垟歼敌1个分队，缴获轻机枪1挺及其他武器弹药。
随着浙南各地革命武装的重建和游击战争的开展，恢复和创建农村革命根据地的工作也日渐重要和突出。特委从广大农民的迫切愿望出发，提出了反对征兵、征粮及各种苛捐杂税。特别是在反“抓丁”斗争中，从开始采用拖、避等方法为主逐步过渡到集体抗拒。1947年秋，随着人民群众斗争积极性的提高，特委公开号召开展抗丁、抗粮、抗税、抗捐及减租、减息斗争。各地减租有按原租额减25%的，也有按原租额减30%或40%的，还有些地方分别不同对象进行减租。减息除了明显属于高利贷外，一般由借贷双方自行协商解决。
通过“四抗、两减”斗争，广大农民已充分发动起来，各地农联会、妇联会及民兵、儿童团等组织纷纷建立。到1947年底，已在永(嘉)青(田)边恢复与建立了一块游击根据地，括苍中心县委的工作从瓯北发展到台州部分地区。此外，还以乐清湾各主要岛屿为基地，建立了海上游击根据地。
从全面内战爆发到1947年底，浙南各级党组织根据上级指示，恢复和重建革命武装，并积极开展对敌进攻，游击战争在浙南各地已经普遍发动起来。浙南各地游击战争的开展及所取得的胜利，不仅沉重地打击了国民党在浙南的统治，而且对破坏国民党军后方、配合解放军正面战场的作战起到了积极的作用。