1946年6月26日，國民黨不顧全國人民的強烈反對,向解放區展開大規模的進攻，全面内戰爆發。國民黨浙江省當局秉承蔣介石的旨意，在全省實行高壓政策。7月，國民黨在永嘉、樂清、黃岩、仙居邊界設立浙江省第八“清剿”區第四分區。8月，在泰順設立“衢州綏靖公署浙閩邊指揮所”。國民黨各縣政府還成立縣、區“清鄉”委員會，從 8月開始“清鄉”，于9月底結束。
全面内戰爆發後，中共中央清醒地估計了國内外形勢，及時地确定了以自衛戰争粉碎國民黨軍事進攻的方針，提出了“武裝自衛”的口号。為了得到上級黨組織的訓示，中共浙南特委派政治交通員吳榮膺去蘇北尋找華中分局彙報浙南黨的工作。9月17日，華中分局發出對浙南黨的訓示信，信中指出“全面内戰已經爆發，和平業已絕望”，訓示浙南特委要發動遊擊戰争，配合解放軍主力作戰。
特委根據華中分局的訓示，分析了形勢，認為浙南的遊擊戰要由小到大，逐漸開展，最終達到壯大自己、消滅敵人的目的。10月20日，特委作出《對今後任務的決定》，提出以加強思想建設為核心的八大任務：加強思想建設;加強對黨支部的上司；大量培養幹部；發展黨的組織；開展新地區與加強城市工作;積極開展群衆運動；加強統一戰線工作;開展軍隊工作。該決定是實行從隐蔽精幹到遊擊戰争戰略轉變的重大決策。
同時，特委作出《關于組織問題的幾個決定》，要求縣、區一律恢複委員會制，并在委員會之下設立工作部門；加強集體上司，嚴格計劃、檢查和請示報告等制度；健全支部生活，加強支部在新情況下的戰鬥堡壘作用，改變隐蔽活動時期支部不過或少過組織生活及對黨員個别聯系的活動方式，加強對黨員的教育。此後，各縣、區都陸續恢複了委員會制。這樣就使黨的組織和活動方式适應了開展遊擊戰争的需要。
為落實八大任務，特委首先在黨和部隊中廣泛深入地進行形勢教育和思想動員，并在特委、縣委上司機關開展整風學習運動。其次，加強政治宣傳。先後創辦了《新民主》半月刊、《浙南月刊》和《浙南周刊》等3種報刊。再次，大量吸收和培養幹部，特别是培養軍隊幹部。1947年5月，特委舉辦了第一期軍政幹部訓練班，抽調各縣的主要幹部參加訓練。次年7月，特委又舉辦第二期軍政幹部訓練班，30多名營級幹部參加。各縣委、邊區委也根據工作需要相繼舉辦軍政幹部訓練班、黨務工作訓練班。
1946年11月，國民黨又在浙南成立文成、括蒼兩個“綏靖”辦事處。12月，第八區（溫州）保安司令部還成立“戡亂”大隊。這樣，國民黨在浙南投入的兵力有浙保二、四、五團，加上專區和各縣的地主武裝，共計約1.5萬人。他們“清剿”中大肆燒殺搶掠，無惡不作。在瓯江以南，僅瑞安縣高樓區一個小小的雙山村，就先後兩次遭到“清剿”，有9人被殺，33間房屋被燒，26頭牲口被牽走。在瓯江以北，括蒼“綏靖”處處長兼指揮官吳萬玉亂捕濫殺，從1946年下半年至1947年春，永嘉西楠溪被捕群衆達1000人以上，有的施以割耳朵、斷手足、火烹、挖心或活埋等酷刑，慘不忍睹。此外，國民黨括蒼“綏靖”公署辦事處還派部隊對浙西南遊擊根據地進行“清剿”。
面對敵人的進攻，浙南黨組織迅速重建和擴大革命武裝。瓯江以北本來就是永樂人民抗日自衛遊擊總隊活動的地區，永樂總隊雖然已撤銷番号并經過兩次精簡，但仍保留了幾十人的武裝骨幹。1946 年12月，中共樂清中心縣委作出了重建和擴大革命武裝，開展遊擊戰争的決定。并以原保留的武裝為基礎，從各地陸續召回原精簡的幹部戰士，取出埋藏在深山冷廟、田頭屋角的武器，擴大革命武裝。樂清中心縣委将機關特務班擴大到20餘人，改稱機關警衛隊。次年1月，又建立大荊、四都、嶼北3支區武工隊。同時擴大海山武工隊，指戰員增加到100餘人。與此同時，瓯江以南各縣也普遍擴大了武工隊和民兵組織。
浙南革命武裝在重建和擴建前後，積極開展了武裝鬥争。1946 年6月，海山武工隊在南洋漁場擊敗了橫行浙閩沿海的海匪武裝。9月17日，浙保四團1個加強連向海山武工隊駐地大小青島發動進攻，武工隊頑強反擊，俘船1艘，斃4人，俘8人，繳獲輕機槍2挺、步槍3支、子彈1000餘發。1947 年初，大荊區武工隊襲擊國民黨大荊警察所1個班，打傷警長1名、繳獲木殼槍1支、步槍8支。2月中旬，瑞安東區發動全區民兵，一夜之間摧毀國民黨軍的18座碉堡。此外，浙南其它各縣也都采取夜間行動，利用内線，裡應外合的辦法，消滅了一批國民黨的“清鄉隊”和鄉鎮公所，并鎮壓了一批極端反動的國民黨鄉鎮保長、特務和惡霸地主，鞏固了根據地。
與此同時，特委按照華中分局的戰略方針，并結合浙南的實際，積極采取向北向南發展遊擊戰争的戰略。在向北發展方面，特委訓示樂清中心縣委應把活動重點放在永(嘉)樂(清)黃(岩)邊、永(嘉)仙(居)黃(岩)邊、仙(居)臨(海)黃(岩) 邊、玉(環)溫(嶺)樂(清)邊基本地區及海上，有計劃地向括蒼山脈挺進，準備在此建立根據地。樂清中心縣委根據浙南特委的訓示，決定瓯北黨的工作向北、向西和向南發展，在括蒼山脈周圍建立廣泛的立足地和根據地，以便與浙東、處屬連成一片。于是，瓯北黨組織積極向台州西部、南部地區發展，并于1947年6月與浙東、台屬黨組織取得了聯系。
在向南發展方面，特委以瓯江以南的洞宮山山脈為支撐點，向景甯、慶元、壽甯、龍泉發展，并設法與福建黨組織取得聯系。同時，依靠泰順基本地區向閩東的霞浦、柘榮和福安發展，也盡可能與福建黨組織取得聯系。
在浙南特委積極向福建方向發展的時候，福建黨組織也正想方設法與浙南特委取得了聯系。1947 年4月，浙南特委書記龍躍根據浙南特委遠離華中分局、單獨堅持鬥争的情況，通過中共閩浙贛區黨委[5]的電台向華東局建議，将浙南黨組織就近劃歸閩浙贛區黨委上司。5月，華東局同意龍躍的建議，把浙南特委和處屬特委劃歸閩浙贛區黨委上司，龍躍任閩浙贛區黨委常委兼浙南特委書記，并聯系指導處屬特委的工作。此後，閩浙贛區黨委對浙南和浙西南的遊擊戰争作出多次重要訓示，有力地推動了兩個地區遊擊戰争的開展。
在制定本地遊擊戰争發展的戰略方針的同時，浙南開始建立主力武裝，開展遊擊戰争。1947年5月 17日，特委在基本完成八大任務的基礎上，發出《對目前工作的訓示》，提出了訓練幹部，培養各種人才；擴大革命武裝力量等五大任務。為了适應遊擊戰争發展的需要，7月特委決定将各縣武工隊擴大為縣隊或區隊，至11月，建立了第一、二、三縣隊（分别為瑞安、青景麗、浙閩邊）、江北縣隊（瓯北以北）、第十區隊（平陽）、第十三區隊（永嘉）,武裝力量發展到500多人，連同特委和縣委兩級上司機關的幹部和地方脫産幹部在内共800餘人。遊擊戰争也取得了令人鼓舞的成果，到1947年9月，消滅國民黨軍200多人，繳獲輕機槍3挺、長短槍200多支、子彈2.3萬餘發，擊沉敵船1艘。
10月3日至29日，特委在瑞安高樓梅山召開第八次擴大會議，提出了擴大部隊、培養幹部、開辟新區、發展黨的組織、開展群衆運動、加強上司等六大任務。為執行向北向南發展的戰略方針，加強括蒼地區和浙閩邊地區的工作，11月 15日，樂清中心縣委改稱括蒼中心縣委，邱清華任書記，原樂清中心縣委下轄的10個地區調整為山面中心區、永樂黃邊中心區、楠溪區、玉環區等4個區。同時，江北縣隊正式擴編為括蒼支隊，支隊長周丕振，政委邱清華。支隊下轄4個中隊、1個直屬警衛隊及1個獨立分隊，共有指戰員340餘人。11月21日，中共浙閩邊區委和泰順縣委撤銷，成立中共浙閩邊中心縣委，陳輝任書記，直接上司泰順縣各區委，并指導鼎平縣委和福鼎縣工委[6]工作。
會議期間，國民黨浙江省政府主席兼保安司令沈鴻烈再次到溫州督查“清剿”。特委上司的地方武裝實施撒網戰術，尋找時機，紛紛主動出擊。10月13日，江北縣隊隊長周丕振率江北縣隊數十人和部分民兵，出敵不意，襲擊了駐樂清白石鎮的國民黨樂清縣保警大隊第一中隊，俘包括中隊長在内的官兵80餘人。同一天,活動在瓯江南岸的青第二縣隊攻克景甯小順鎮，全殲守敵1個分隊。接着又襲擊青田章村敵據點,消滅國民黨青田縣自衛隊1個分隊。小順和章村兩個據點的攻克，打開了青景麗北部的鬥争局面。會議以後，12月23日，第二縣隊又在泰順包垟殲敵1個分隊，繳獲輕機槍1挺及其他武器彈藥。
随着浙南各地革命武裝的重建和遊擊戰争的開展，恢複和建立農村革命根據地的工作也日漸重要和突出。特委從廣大農民的迫切願望出發，提出了反對征兵、征糧及各種苛捐雜稅。特别是在反“抓丁”鬥争中，從開始采用拖、避等方法為主逐漸過渡到集體抗拒。1947年秋，随着人民群衆鬥争積極性的提高，特委公開号召開展抗丁、抗糧、抗稅、抗捐及減租、減息鬥争。各地減租有按原租額減25%的，也有按原租額減30%或40%的，還有些地方分别不同對象進行減租。減息除了明顯屬于高利貸外，一般由借貸雙方自行協商解決。
通過“四抗、兩減”鬥争，廣大農民已充分發動起來，各地農聯會、婦聯會及民兵、兒童團等組織紛紛建立。到1947年底，已在永(嘉)青(田)邊恢複與建立了一塊遊擊根據地，括蒼中心縣委的工作從瓯北發展到台州部分地區。此外，還以樂清灣各主要島嶼為基地，建立了海上遊擊根據地。
從全面内戰爆發到1947年底，浙南各級黨組織根據上級訓示，恢複和重建革命武裝，并積極開展對敵進攻，遊擊戰争在浙南各地已經普遍發動起來。浙南各地遊擊戰争的開展及所取得的勝利，不僅沉重地打擊了國民黨在浙南的統治，而且對破壞國民黨軍後方、配合解放軍正面戰場的作戰起到了積極的作用。