GEO数据库使用之数据集下载

原创 小果 生信果

在GEO数据库检索到我们需要的某个疾病的数据集时，往往需要去下载这些数据集，在这里用了三种方法来下载数 据。这里我们以GSE70493为数据为例进行下载

一、网页直接下载

1、首先登录到GEO数据库首页（Home - GEO - NCBI (nih.gov) ），然后再搜索框输入GSE70493，进行数据检索， 检索结果如下：

2、在检索界面中拉动右侧滚动条，可看到Platforms 与Download family关节词条，这些词条底下红色方框圈住的区域的数据就是我们需要下载的数据。

3、下载platform数据，点击上图中红色方框圈住的GPL17586,进入到平台信息界面，在界面下拉找到Download full table...,点击即可下载到本地。

4、在下载完platform数据信息后，返回GSE70493的搜索界面，在Download family词条下找到Series Matrix File(s) 文件，点击下载保存到本地即可。

二、利用ftp下载

1、进入ftp，Index of /geo (nih.gov) ，找到并点击geo目录，就可以看到有对应的GEO相关的数据目录。

2、在geo目录下，点击platform进去查找对应的GPL编号，点击该编号就可看到所需要下载的文件的格式，点击需 要的格式进行下载，这里我们选soft格式的文件，点击后选取对应的文件进行下载。

3、在geo目录下，点击series目录，进去查找对应的GEO编号，就可以找到对应的文件类型，我们需要matrix文 件，点击就该目录进去选择对应的文件下载即可

三、使用R命令下载

library(GEOquery)
eSet1 <- getGEO("GSE70493",
destdir = '.', getGPL = F)
gpl <- getGEO("GPL17586", destdir= ".")           

等待命令运行结束就可看到需要i爱在的文件了，下载的文件如下图所示：

至此，我们GEO数据的下载就结束了。