万历定陵的三口棺椁中，居右侧的损坏最严重。外层的椁已腐烂、塌陷，棺也出现了诸多裂缝。这是孝靖皇后的梓宫。这位可怜的女人因比万历皇帝早死十年，埋在东井左侧的平冈地，棺椁腐烂较快。加之后来她的孙子朱由校将其棺椁迁出，移放定陵，故损伤尤为严重。
最先清理这口棺椁，是夏鼐作出的决定。因为地宫一旦打开，里面的恒温将不存在，外来气流与宫中的空气融合，对尸体及文物有极大的损害。所以夏鼐断然决定一部分人清理孝靖皇后的棺椁，其余人员迅速抢救木箱中渐已腐烂变质的殉葬品。
为保证尸体及器物的顺利清理，夏鼐索性搬到工地木板房，和发掘人员同吃同住，以便进行具体指导。
万历皇帝生前曾经不惜一切代价，为自己修建寿宫，定也会千方百计地寻求保存遗体的灵丹妙药，估计棺内尸体有可能尚未腐烂。夏鼐指示用木板钉一个能容纳尸体的大木槽，并做好处理尸腊的准备。
阴冷、潮湿、漆黑的地宫大殿，只有一台小型发电机供电照明。发掘人员借着昏暗的灯光，围在孝靖皇后的棺椁周围，拍照、绘图、测量、编号……一切工作俱已完备，接着拆除椁板。
由于早已塌陷腐烂，不费多大力气，香楠制成的椁板很快就被拆除，一口完好的棺木露了出来。
明代史书中，有许多不合历史事实的记载。有的说孝靖皇后是一个年长的女人，在和万历相遇时就已经消失了青春；此后又一目失明，所以不能继续得到皇帝的宠爱。
另一个故事则说万历皇帝病重，自度即将不起，有一天一觉醒来，发现恭妃王氏的胳膊正枕在他的脑袋下，脸上泪痕未干，而贵妃郑氏却已无影无踪，等等。
这些捕风捉影的故事，在当时不仅口耳相传，而且刊诸枣梨，印成书籍。关于王氏和万历相遇时的年龄问题，定陵发掘中得到了澄清。因为孝靖椁板的西面有一墓志，用铁箍箍住。她死后安葬时仅为皇贵妃，无谥册谥宝，仅有墓志；迁葬时已具册宝，但原有的墓志也一起随棺椁迁来，上面清楚地记载着她的出生年月。
据此推算，她和万历相遇那年刚刚十六岁，万历十八岁。志文“以四十年七月十七日卜葬”句中，“四十”、“七”、“十七”五个数字字体与志文并不相同，显然是臣僚作好志文后便刻石，空出日期，入葬时再补刻的。
以《明史》和墓志相对证，年月上亦有出入。如墓志上册封恭妃在万历十年六月，《明史》却载四月；死在三十九年，《明史》载四十年。墓志的出土，更正了《明史》的错误之处。
打开孝靖皇后的棺木，发掘人员首先看到的是一床平铺的织锦经被，呈鹅黄色，织杂花，锦上有朱红色经文。由于时代久远，经文字迹辨认不清，仅中部残存的“南无阿弥……”还可依稀认出。
掀开锦被，不见尸体，却塞满了织锦、金、银、玉等殉葬品。似乎不是盛放尸体的棺木，倒是一个珍宝仓库，各种美妙绝伦的艺术品和价值连城的宝器，构成了一个色彩纷呈的世界。
在孝靖皇后棺内的织锦经被下，有两套精美鲜艳的服装。上衣是黄缎夹袄，对开襟，织金线连成，袖既宽又长。下衣黄缎裙，所穿夹裤用黄缎做成，裤腰左侧开口，颇具现代意识；腰用黄缎带子裹紧，俨然今天的夹克服装。这是定陵出土的近二百匹成料和服饰中最为辉煌珍贵也是保存最好的两件瑰宝。
它的珍贵在于整体用刺绣的工艺制成。衣上精致地绣有100个童子，象征多福多寿多子孙，取其“宜男百子”之意，以示皇室子孙万代永世兴旺。
衣服前襟及两袖之上用金线绣出9条姿态各异的蛟龙，并以八宝纹和山石、树林、花卉纹样为背景，巧妙地与百子的各种活动融为一体，形成一种人和动物及自然三种生命同呼吸共命运的风情画。
100个童子神态各异，身着不同服饰，扮演着各种不同的游戏，都栩栩如生，情趣盎然。一共40组画面构成了一个色彩斑斓的儿童乐园。
发掘人员掀开百子衣和两床锦被，那位一生历尽苦难的女人的尸骨终于出现了。她安详地躺着，头上满插金、玉、宝石、钗簪，面稍向南侧卧；左臂下垂，手放腰部；右臂向上弯曲，手放头部附近；脊椎骨上部稍弯，下肢伸直；肌肉已经腐烂，只有一个残存的骨架。
看来这位悲惨的女人，生前未得到幸福，死后同样未能得到万历的照顾。从她那姿态中，仍让人感到一种不甘于屈辱却又无可奈何的悲怆命运。
发掘人员想把她的尸骨搬出来，放进木槽。但一经拿动，整个骨胳却四散开来，只有下肢关节处还有韧带相连。
大家只好一块一块向外拿。她的头颅由于肌肉早已腐烂，只有一个扁圆的白中带灰的骷髅尚枕在菱形锦织枕面上。
眼眶中二目无珠，像一个无底黑洞，阴森可怖，鼻骨俱已烂掉，只有两个呼吸的孔穴镶嵌在骷髅中央。张开的嘴巴，牙齿外露。
似在狰狞中露出一丝淡淡的苦笑，沉寂中发出呼喊像是在诉说自身的不幸与凄凉，又像在感叹人生的苦难与苍桑、滑稽与可笑。
她的身下铺满了纸钱与铜钱。这是供她在地下的灵魂生活之用。她生前的肉体没能用金钱、没能得到爱情和幸福，不知地下的亡魂，能否得到人世间不能得到的一切？
