萬曆定陵的三口棺椁中，居右側的損壞最嚴重。外層的椁已腐爛、塌陷，棺也出現了諸多裂縫。這是孝靖皇後的梓宮。這位可憐的女人因比萬曆皇帝早死十年，埋在東井左側的平岡地，棺椁腐爛較快。加之後來她的孫子朱由校将其棺椁遷出，移放定陵，故損傷尤為嚴重。
最先清理這口棺椁，是夏鼐作出的決定。因為地宮一旦打開，裡面的恒溫将不存在，外來氣流與宮中的空氣融合，對屍體及文物有極大的損害。是以夏鼐斷然決定一部分人清理孝靖皇後的棺椁，其餘人員迅速搶救木箱中漸已腐爛變質的殉葬品。
為保證屍體及器物的順利清理，夏鼐索性搬到工地木闆房，和發掘人員同吃同住，以便進行具體指導。
萬曆皇帝生前曾經不惜一切代價，為自己修建壽宮，定也會千方百計地尋求儲存遺體的靈丹妙藥，估計棺内屍體有可能尚未腐爛。夏鼐訓示用木闆釘一個能容納屍體的大木槽，并做好處理屍臘的準備。
陰冷、潮濕、漆黑的地宮大殿，隻有一台小型發電機供電照明。發掘人員借着昏暗的燈光，圍在孝靖皇後的棺椁周圍，拍照、繪圖、測量、編号……一切工作俱已完備，接着拆除椁闆。
由于早已塌陷腐爛，不費多大力氣，香楠制成的椁闆很快就被拆除，一口完好的棺木露了出來。
明代史書中，有許多不合曆史事實的記載。有的說孝靖皇後是一個年長的女人，在和萬曆相遇時就已經消失了青春；此後又一目失明，是以不能繼續得到皇帝的寵愛。
另一個故事則說萬曆皇帝病重，自度即将不起，有一天一覺醒來，發現恭妃王氏的胳膊正枕在他的腦袋下，臉上淚痕未幹，而貴妃鄭氏卻已無影無蹤，等等。
這些捕風捉影的故事，在當時不僅口耳相傳，而且刊諸棗梨，印成書籍。關于王氏和萬曆相遇時的年齡問題，定陵發掘中得到了澄清。因為孝靖椁闆的西面有一墓志，用鐵箍箍住。她死後安葬時僅為皇貴妃，無谥冊谥寶，僅有墓志；遷葬時已具冊寶，但原有的墓志也一起随棺椁遷來，上面清楚地記載着她的出生年月。
據此推算，她和萬曆相遇那年剛剛十六歲，萬曆十八歲。志文“以四十年七月十七日蔔葬”句中，“四十”、“七”、“十七”五個數字字型與志文并不相同，顯然是臣僚作好志文後便刻石，空出日期，入葬時再補刻的。
以《明史》和墓志相對證，年月上亦有出入。如墓志上冊封恭妃在萬曆十年六月，《明史》卻載四月；死在三十九年，《明史》載四十年。墓志的出土，更正了《明史》的錯誤之處。
打開孝靖皇後的棺木，發掘人員首先看到的是一床平鋪的織錦經被，呈鵝黃色，織雜花，錦上有朱紅色經文。由于時代久遠，經文字迹辨認不清，僅中部殘存的“南無阿彌……”還可依稀認出。
掀開錦被，不見屍體，卻塞滿了織錦、金、銀、玉等殉葬品。似乎不是盛放屍體的棺木，倒是一個珍寶倉庫，各種美妙絕倫的藝術品和價值連城的寶器，構成了一個色彩紛呈的世界。
在孝靖皇後棺内的織錦經被下，有兩套精美鮮豔的服裝。上衣是黃緞夾襖，對開襟，織金線連成，袖既寬又長。下衣黃緞裙，所穿夾褲用黃緞做成，褲腰左側開口，頗具現代意識；腰用黃緞帶子裹緊，俨然今天的夾克服裝。這是定陵出土的近二百匹成料和服飾中最為輝煌珍貴也是儲存最好的兩件瑰寶。
它的珍貴在于整體用刺繡的工藝制成。衣上精緻地繡有100個童子，象征多福多壽多子孫，取其“宜男百子”之意，以示皇室子孫萬代永世興旺。
衣服前襟及兩袖之上用金線繡出9條姿态各異的蛟龍，并以八寶紋和山石、樹林、花卉紋樣為背景，巧妙地與百子的各種活動融為一體，形成一種人和動物及自然三種生命同呼吸共命運的風情畫。
100個童子神态各異，身着不同服飾，扮演着各種不同的遊戲，都栩栩如生，情趣盎然。一共40組畫面構成了一個色彩斑斓的兒童樂園。
發掘人員掀開百子衣和兩床錦被，那位一生曆盡苦難的女人的屍骨終于出現了。她安詳地躺着，頭上滿插金、玉、寶石、钗簪，面稍向南側卧；左臂下垂，手放腰部；右臂向上彎曲，手放頭部附近；脊椎骨上部稍彎，下肢伸直；肌肉已經腐爛，隻有一個殘存的骨架。
看來這位悲慘的女人，生前未得到幸福，死後同樣未能得到萬曆的照顧。從她那姿态中，仍讓人感到一種不甘于屈辱卻又無可奈何的悲怆命運。
發掘人員想把她的屍骨搬出來，放進木槽。但一經拿動，整個骨胳卻四散開來，隻有下肢關節處還有韌帶相連。
大家隻好一塊一塊向外拿。她的頭顱由于肌肉早已腐爛，隻有一個扁圓的白中帶灰的骷髅尚枕在菱形錦織枕面上。
眼眶中二目無珠，像一個無底黑洞，陰森可怖，鼻骨俱已爛掉，隻有兩個呼吸的孔穴鑲嵌在骷髅中央。張開的嘴巴，牙齒外露。
似在猙獰中露出一絲淡淡的苦笑，沉寂中發出呼喊像是在訴說自身的不幸與凄涼，又像在感歎人生的苦難與蒼桑、滑稽與可笑。
她的身下鋪滿了紙錢與銅錢。這是供她在地下的靈魂生活之用。她生前的肉體沒能用金錢、沒能得到愛情和幸福，不知地下的亡魂，能否得到人世間不能得到的一切？
