引起水产养殖动物疾病的主要病原菌有细菌、病毒、真菌、寄生虫和一些藻类，其中细菌诱发的鱼类常见症状有鱼鳃腐烂、皮肤白、皮肤红、垂直鳞片、细菌性败血症、细菌性肠炎、疮、印刷病等。甲壳类动物常见的细菌性疾病有红腿、腐烂鳃、失明、甲壳类溃疡、荧光病等。链球菌病等
以下是鱼类常见的一些细菌性疾病的简要概述。
烂鳃：病原菌为柱状纤维菌，主要危害草鱼、鲱鱼，常与传染性肠炎、出血、红皮同时预防：青塘彻底，选择好鱼种，发病时可选择金碘、黄三分散。
皮肤发红：病原菌为荧光假单胞菌，主要感染对象为鲱鱼、草鱼、鲤鱼和鲤鱼。注意事项要注意保持鱼体表完好无损，使细菌不能侵入，特别是在网捕、运输等过程中避免鱼的伤害，该病可利用败血症、金碘、三黄分散等。
垂直尺度：原虫最初被认为是水型点状假单胞菌，主要危害静水池和高密度水产养殖池的鱼体，流体养殖池的发生率较低。预防：避免鱼在捕捞和运输过程中受伤，病害早期可加满新水阻止传播，可用3%盐水浸泡病鱼5~10min处理。
淡水鱼细菌性败血症：病原菌是嗜水性单核细胞细菌，其有害对象种类繁多，患病范围广。重要的防范措施是清除养殖池底部过多的淤泥，对于病鱼翅用的工具需要消毒，病死鱼药及时将鱼排出而不能扔到任何地方，应及时深埋处理，减少鱼种处理，在场养殖， 池塘前可使用15mg/L高锰酸钾进行药物浴处理，流行季节可利用败血症全池洒水。
细菌性肠炎：病原菌有嗜水性单细胞细菌、豚鼠气单核细胞菌和肠点气单细胞细菌，全国各地都有发生，草鱼、鲱鱼最易发病，蛞蝓、蛞蝓也发生，包括肠型气体单一肴股蓝菌为病症的病原菌，常存在于水体中，当条件恶化时，鱼类免疫力可导致疾病暴发。预防以保持水质清洁为主，严格执行四项措施，处理可选用金碘、三黄散、草甘膦、肠无忧等。
印刷：病原菌属点状气体为单核细胞菌科，养殖对象主要危害为鲭鱼，鲭鱼、草鱼偶尔也有病害，其中花蛞蝓、白蛞蝓的感染率高达80%，症状的发生和操作损伤，特别是对相对鱼类的危害较大。预防主要是为了保持池水的清洁，定期使用消毒剂对水体进行消毒，可选金碘、败血症等，在严格按照说明使用时，在日常管理中要小心操作，尽量避免对鱼体的伤害，同时避免寄生虫的继发感染。
痔疮：病原菌是疥疮型斑点产气的单疝细菌，主要有害对象有鲱鱼、草鱼、鲤鱼、鲭鱼、鲭鱼等也发生，预防注意保持水质清洁，定期使用消毒剂对水体进行充分消毒，发病时可选择金碘、硫醚沙星等进行全池喷洒， 在日常管理中小心操作，避免鱼伤。
肠道败血症：由细菌感染引起，斑点叉尾是最易感染的细菌之一，预防前应做好鱼苗和幼苗的来源，在幼苗前将池塘后池塘、工具、工具、网状片等用强碘稀释300次后，溶液浸泡10~15min， 养殖水体消毒，因为有斑点的叉尾是无鳞鱼，所以在选择消毒剂时应选择小刺激性消毒剂，加强管理，改善水质条件，减轻压力放养密度不宜过大，经常充入新水，特别是在高温季节降低水温。
弧菌：弧菌是鳗鱼弧菌、麻痹性弧菌、溶胶溶质弧菌、哈维弧菌等常见种类，弧菌是海洋中最常见的细菌群之一，可感染鲭鱼、鲑鱼鳟鱼、体、鳗鱼等鱼类，弧菌也是一种典型的病症病原菌，其疾病的发生往往是由于外部环境的恶化， 所以预防要保持良好的水质，定期清除池底多余的淤泥，并进行全面消毒，可选电弧，每天加强养殖管理，使用优质饵料。