始设理藩院， 专治蒙古诸部事
清朝专门管理蒙古人的机构是理藩院，而属于蒙古的巴尔虎人也在其管理之下，因为巴尔虎人作为战斗力量，所以也属于兵部管辖，但凡巴尔虎人的任免、调动等事宜必由所归属将军上奏兵部议决。
巴尔虎人拥有十分悠久的历史，到了明末清初时期，喀尔喀的贝加尔湖流域附近居住的就是他们。但是在沙俄的侵略下，蒙古人的游牧地纷纷被占领，巴尔虎人的生存地也受到了威胁，最后只能南下到喀尔喀寻求庇护，之后噶尔丹叛乱，巴尔虎人再次跟随喀尔喀南下。
之后部分巴尔虎人南下到漠南地区躲避沙俄，为了稳定漠南地区需要被康熙编以佐领。之
后又作为重要的军事力量被编为驻防八旗、索伦八旗、新陈巴尔虎八旗等，
设满洲十六员、汉军四员、索伦十员、达呼尔五员、巴尔虎四员
经王大臣议奏：由于巴尔虎人等能奋勇报国，请拨盛京等处披甲吃粮。奉旨如议
当经移驻巴尔虎人等五千余户，共一千二百七十三名( 丁) ，每百名编一佐领，每佐领分设领催，甲兵各为十五名、即由拣选、 引见补放
到了乾隆时期，巴尔虎人和索伦等成为十分有战斗力的存在，
总理事务王大臣议定边大将军庆复等奏，臣等议留索伦巴尔虎兵二千名，令斋三率领一千，驻扎额克岭绰起图等处，托勒德尔率领一千，驻扎乌里雅苏台
其庆复请拨呼伦贝尔索伦兵，海望请拨索伦巴尔虎、及内扎萨克、与牛马群察哈尔兵之处
并照例予恤议叙西北两路撤回之京城、奉天、船厂、右卫、黑龙江、察哈尔、西安、宁夏、巴尔虎等处弁兵分别升赏有差
逃往俄罗斯之巴尔虎等，该台吉出银赎回，编为佐领，挑取二千四百名，亦移驻呼伦贝尔， 此项兵皆非额设，特为训练以备军营更调，数年来军务告竣，大兵俱已撤回，若仍留驻札与旧索伦、达呼尔兵一体当差，碍难裁减钱粮，且巴尔虎等性多狡猾，难保必无猜忌，臣愚以为驻台用官兵六百余名为数较多，请将防边兵核减足用，除呼伦贝尔旧索伦、达呼尔一千余名外，仍需新巴尔虎兵若干之处，交博第、玛尔拜等公同核议，酌定额缺，其额外新巴尔虎兵仍给食钱粮，照撤回打牲处之旧索伦、达呼尔例。缺出陆续裁汰，庶额外兵渐次核减，钱粮不致虚糜，巴尔虎等亦无所猜忌，将来设立马厂，需用蒙古即由此项人等内分别移驻，亦属妥便，从之，
我们可以发现巴尔虎人逐渐成为抵御准噶尔的重要力量，另一方面皇帝可以用巴尔虎人来控制喀尔喀部落。之后有部分巴尔虎人也被编入京师八旗中，被派往了西北地区充当卡伦驻守和边疆巡逻的任务。