始設理藩院， 專治蒙古諸部事
清朝專門管理蒙古人的機構是理藩院，而屬于蒙古的巴爾虎人也在其管理之下，因為巴爾虎人作為戰鬥力量，是以也屬于兵部管轄，但凡巴爾虎人的任免、調動等事宜必由所歸屬将軍上奏兵部議決。
巴爾虎人擁有十分悠久的曆史，到了明末清初時期，喀爾喀的貝加爾湖流域附近居住的就是他們。但是在沙俄的侵略下，蒙古人的遊牧地紛紛被占領，巴爾虎人的生存地也受到了威脅，最後隻能南下到喀爾喀尋求庇護，之後噶爾丹叛亂，巴爾虎人再次跟随喀爾喀南下。
之後部分巴爾虎人南下到漠南地區躲避沙俄，為了穩定漠南地區需要被康熙編以佐領。之
後又作為重要的軍事力量被編為駐防八旗、索倫八旗、新陳巴爾虎八旗等，
設滿洲十六員、漢軍四員、索倫十員、達呼爾五員、巴爾虎四員
經王大臣議奏：由于巴爾虎人等能奮勇報國，請撥盛京等處披甲吃糧。奉旨如議
當經移駐巴爾虎人等五千餘戶，共一千二百七十三名( 丁) ，每百名編一佐領，每佐領分設領催，甲兵各為十五名、即由揀選、 引見補放
到了乾隆時期，巴爾虎人和索倫等成為十分有戰鬥力的存在，
總理事務王大臣議定邊大将軍慶複等奏，臣等議留索倫巴爾虎兵二千名，令齋三率領一千，駐紮額克嶺綽起圖等處，托勒德爾率領一千，駐紮烏裡雅蘇台
其慶複請撥呼倫貝爾索倫兵，海望請撥索倫巴爾虎、及内紮薩克、與牛馬群察哈爾兵之處
并照例予恤議叙西北兩路撤回之京城、奉天、船廠、右衛、黑龍江、察哈爾、西安、甯夏、巴爾虎等處弁兵分别升賞有差
逃往俄羅斯之巴爾虎等，該台吉出銀贖回，編為佐領，挑取二千四百名，亦移駐呼倫貝爾， 此項兵皆非額設，特為訓練以備軍營更調，數年來軍務告竣，大兵俱已撤回，若仍留駐劄與舊索倫、達呼爾兵一體當差，礙難裁減錢糧，且巴爾虎等性多狡猾，難保必無猜忌，臣愚以為駐台用官兵六百餘名為數較多，請将防邊兵核減足用，除呼倫貝爾舊索倫、達呼爾一千餘名外，仍需新巴爾虎兵若幹之處，交博第、瑪爾拜等公同核議，酌定額缺，其額外新巴爾虎兵仍給食錢糧，照撤回打牲處之舊索倫、達呼爾例。缺出陸續裁汰，庶額外兵漸次核減，錢糧不緻虛糜，巴爾虎等亦無所猜忌，将來設立馬廠，需用蒙古即由此項人等内分别移駐，亦屬妥便，從之，
我們可以發現巴爾虎人逐漸成為抵禦準噶爾的重要力量，另一方面皇帝可以用巴爾虎人來控制喀爾喀部落。之後有部分巴爾虎人也被編入京師八旗中，被派往了西北地區充當卡倫駐守和邊疆巡邏的任務。