最开始马其顿国旗图案用的是维吉纳太阳，英文Vergina Sun，在古希腊文化中是代表希腊的标志。
维吉纳太阳
类似于基督教的十字架，犹太人的大卫星，伊斯兰的新月。该符号因发现于北希腊小镇维吉纳而得名。
在古希腊时代，马其顿国王腓力二世与亚历山大大帝都出自阿吉德王朝，维吉纳太阳是这一王朝世系的政治符号。太阳发出十六道光芒，其中十二道光芒分别代表奧林匹斯十二主神，另有四道光芒，代表四种宇宙基本元素，空气、水、火，土。
在亚历山大大帝时代，维尔吉纳太阳已经被用于作为马其顿（希腊）的符号。
除现代希腊国旗，东罗马拜占庭双头鹰旗之外，维吉纳太阳旗是另一个能够代表希腊文明的重要标识，同时也代表了传统历史意义上的马其顿地区。
希腊国旗
拜占庭双头鹰旗
自1980年代以来，在马其顿希腊人中广为流行，成为希腊马其顿地区的官方标志。希腊马其顿大区的区旗上就描绘着一个维吉纳太阳。当1991年，新独立的国家马其顿共和国将这个标志用于他们的国旗上时曾引发了一场争论，马其顿共和国的做法激怒了希腊民众，希腊人认为采用这个符号是对于希腊历史传统的侮辱。尽管马其顿官方否认国旗有其他目的，但仍遭到希腊强烈抵制，致使该国旗在联合国、奥运会、及马其顿驻美澳使馆等场合被禁止使用。1995年，该争端在美国前国务卿万斯的斡旋下，以两国在联合国达成妥协，马其顿将该标志从国旗上抹去而告终。
希腊马其顿大区区旗
新的马其顿共和国国旗呈长方形，长宽之比为2：1。红色旗面，正中央有一轮金黄色太阳，向外放射出八道光芒。太阳放射八道光芒。太阳是马其顿民族的象征。红地金色太阳表示马其顿人民为了解放，为了自由的天空，愿意献出自己的鲜血和生命。太阳向四周放射出八道光芒象征它世世代代护佑着马其顿人。