最開始馬其頓國旗圖案用的是維吉納太陽，英文Vergina Sun，在古希臘文化中是代表希臘的标志。
維吉納太陽
類似于基督教的十字架，猶太人的大衛星，伊斯蘭的新月。該符号因發現于北希臘小鎮維吉納而得名。
在古希臘時代，馬其頓國王腓力二世與亞曆山大大帝都出自阿吉德王朝，維吉納太陽是這一王朝世系的政治符号。太陽發出十六道光芒，其中十二道光芒分别代表奧林匹斯十二主神，另有四道光芒，代表四種宇宙基本元素，空氣、水、火，土。
在亞曆山大大帝時代，維爾吉納太陽已經被用于作為馬其頓（希臘）的符号。
除現代希臘國旗，東羅馬拜占庭雙頭鷹旗之外，維吉納太陽旗是另一個能夠代表希臘文明的重要辨別，同時也代表了傳統曆史意義上的馬其頓地區。
希臘國旗
拜占庭雙頭鷹旗
自1980年代以來，在馬其頓希臘人中廣為流行，成為希臘馬其頓地區的官方标志。希臘馬其頓大區的區旗上就描繪着一個維吉納太陽。當1991年，新獨立的國家馬其頓共和國将這個标志用于他們的國旗上時曾引發了一場争論，馬其頓共和國的做法激怒了希臘群眾，希臘人認為采用這個符号是對于希臘曆史傳統的侮辱。盡管馬其頓官方否認國旗有其他目的，但仍遭到希臘強烈抵制，緻使該國旗在聯合國、奧運會、及馬其頓駐美澳使館等場合被禁止使用。1995年，該争端在美國前國務卿萬斯的斡旋下，以兩國在聯合國達成妥協，馬其頓将該标志從國旗上抹去而告終。
希臘馬其頓大區區旗
新的馬其頓共和國國旗呈長方形，長寬之比為2：1。紅色旗面，正中央有一輪金黃色太陽，向外放射出八道光芒。太陽放射八道光芒。太陽是馬其頓民族的象征。紅地金色太陽表示馬其頓人民為了解放，為了自由的天空，願意獻出自己的鮮血和生命。太陽向四周放射出八道光芒象征它世世代代護佑着馬其頓人。