1949年，上海战役正打得火热，参加上海战役的10兵团司令叶飞接到命令，率部提前解放福建。
福建原计划在1950年解放，之所以这样，上级考虑解放军占领江浙沪，需要巩固一段时间，然后再对福建、两广、大西南进军。因形势发展比预期要快，上海、浙江进展都很顺利，为此，上级决定提前解放全中国。
1949年5月底，上海解放后，10兵团短暂休整，直接进行入闽准备。上级考虑逃到福建都是残兵败将，决定只调28军、29军入闽作战，叶飞非常了解福建形势，认为2个军作战困难，要求3个军入闽作战，最终决定10兵团3个军一起入闽工作。
在叶飞的指挥下，进行福州战役、厦门战役等，福建大部获得解放。
厦门解放后，因闽南地区人多地少，部队供给问题不好解决，叶飞要求解决吃饭问题，让后勤部保证部队和城市居民粮食供应，从其他部队调集粮食支援厦门。地方和军队工作都很多，叶飞抓全局工作，而此时部队准备发起金门战役。
对于金门战役的作战，并由二十八军执行，作战方案也是由28军制定。当时军长和政委都不在部队，只有副军长和政治部主任在，他们制定作战好方案，上报给叶飞。
从敌人的兵力部署上看，敌人在大小金门虽然有一个兵团，却只有2万余人的兵力，而且士气、战斗力，都不如一路势如破竹的解放军。
还有一份情报摆在叶飞面前，胡琏请求撤回台湾，可蒋介石让胡琏按照命令执行增援金门的电报没有获取到。为此，叶飞认为胡琏可能撤逃，也可能增援，在胡琏没有抵达金门前，尽快解放大小金门，经过考虑批准28军作战任务。
此时，胡琏的部队已经开始登陆，当28军几个团登陆作战时，他来一个反包围，切断登岛部队的后路。因为船只不足，后续4个团过不了海，无法增援。岛上部队苦战三天三夜，我军与岛上部队完全失去联系，攻金失利，全军震动。
作为兵团司令员，叶飞要求主动承担责任，找到三野司令员陈毅请求处分。陈毅说：现在不是处分谁，要接受经验教训。
虽然他没有受到处分，思想包袱很重，他要积极准备，再次攻金门。只可惜局势变化，朝鲜战争爆发，志愿军入朝作战。主力部队被派去前线，叶飞的任务是全力剿匪。
直到1958年，上级准备发起金门炮战时，让他成为前线总指挥，也算是弥补一种遗憾。