清廷在平定新疆后，首要的事情是扫除各地零散的反叛势力，修建城池、部署兵力以巩固其在新疆的统治；
而后是发展经济，着力解决粮食、牲畜、农具等问题，以恢复普通民众的正常劳作；之后是向外邦宣布自己对新疆的主权，并尽可能的羁縻邻近小国增加战略缓冲区以保障边疆的稳定。
准部的内耗与清军的征伐使得当时的新疆随处可见残垣断壁，虽已是民不聊生，但卫拉特贵族并未放弃复辟，和卓后裔所代表的势力虎视眈眈，邻近邦国对新疆也是垂涎三尺，在这种内有外患的情况下，前几任伊犁将军势必要以军事职权为重心，以军事实力维护清廷在新疆的统治，是故修建城池以防内忧，增强边防以抑外患便是顺理成章之事。
（一）移雅尔城并修筑惠远、惠宁城
伊犁作为伊犁将军的驻扎之地，又是当时新疆的政治、经济、文化中心，驻扎官兵与往来商贾较多，因此首任伊犁将军明瑞在原宁远、绥定、塔勒奇三城的基础上，又主持修建了惠宁、惠远二城，并妥善安置了携眷移驻的察哈尔与锡伯兵丁。
同时，对于有着“新疆屏藩之地”的塔尔巴哈台，明瑞也根据乾隆的指示拟定了驻防事宜：“一是建城于雅尔；二是设一千五百名马兵、五百名绿营兵；三是设参赞大臣一名、领队大臣一名；四是以巡哨替代设卡；五是在伊犁与雅尔间设置三大卡伦。”
明瑞的报告得到清廷的批准，六百名绿营兵赶赴雅尔开展筑城工作，但由于明瑞偏听偏信考察不周，没有意识到雅尔地方“向来雪大，而牧厂遥远。近城所有地亩，不敷五百兵丁耕种。”
等到阿桂因乌什事变被贬至雅尔驻扎时，因阿桂上奏雅尔不宜筑城屯守，请将雅尔城移至楚乎楚，清廷方才得知雅尔城的选址如此不善。迁城劳民伤财，因此清廷要追究相关人员的责任，这使事情变得着实有趣，一者明瑞是乾隆的内侄，且明瑞在建城之前绘图呈送了清廷；二者建城报告得到了清廷的批准且乾隆亲赐了城名，乾隆虽然很愤怒，但建城时“因大臣等甫经到彼，询问厄鲁特等······即明白陈奏”，只是这件事最后还是不了了之。
后来，阿桂上任伊犁将军后奏请清廷将雅尔设为驿站，雅尔城因此才未被荒废，并且阿桂在雅尔城下设台七座，以方便内地到伊犁的应用物件转运，这具有重要的边防意义，因此清廷批准了这一方案。
当然，上述只是阿桂在任伊犁将军时较好行使职权的一面，同时其行使职权时也有所失误，如阿桂主持修建好惠远城后伊犁发生了蝗灾，屯田事业遭受迫害，因此阿桂请求乾隆暂缓兵丁入住，但房子却因此破损，于是乾隆批评阿桂枉费材料，“前办者非是”。
惠远城修筑完毕后惠宁城又提上了日程，前文所述明瑞曾参与惠宁城的修建，而修建的原因在于乌什事变后乾隆发现南疆有待加强兵力，于是决定增设巴彦岱营，派遣西安的八旗兵移驻，但因当年伊犁屯田时发生了自然灾害，粮食收入远不足以供应移驻旗兵，因此暂缓了移驻计划，直至永贵担任伊犁将军时巴彦岱满营事务才被重新提上日程，彼时已经修筑好了城垣，还欠缺房舍，永贵通过施工情况奏请乾隆分两批移送驻防官兵，乾隆三十五年全部完成移驻工作。
在永贵的督工下，巴彦岱城得以按时完工，乾隆赐名“惠宁城”，并根据永贵的提议增设了巴彦岱领队大臣。
（二）完善驻防体系
伊犁将军驻扎于伊犁惠远城内，之所以选择伊犁作为整个新疆的布防重点，主要是基于以下原因：
一是伊犁地区水资源丰富，天山山脉阻挡了长驱直入的大西洋水汽，使得当地降水充沛并进而形成伊犁河；
二是伊犁地区土壤肥沃，经过伊犁河冲击形成的伊犁河谷特别适宜于耕种；
三是伊犁地区易守难攻，天山山脉环绕伊犁地区仅留西侧作为开口，故而整个伊犁河谷呈喇叭口状，这是天然的屯兵之所；四是伊犁作为新疆的门户，是当时出入新疆的必经之路。
由此可见，当时的伊犁具有极其重要的战略位置，因此，在乾隆二十六年有察哈尔及内附的厄鲁特兵一千名携眷驻扎伊犁，乾隆二十七年有一千名察哈尔兵丁携眷前往伊犁驻防，伊犁将军设置后又有一千名锡伯兵携眷移驻伊犁，等到建制逐渐完成后增设了惠宁满营领队大臣，由满营八旗负责北路的驻防事务。
东路的乌鲁木齐地区原归陕甘总督管辖，在伊犁将军设置后转归伊犁将军管辖，但伊犁距离乌鲁木齐遥远且东路幅员辽阔、兵民聚居，因此设立了乌鲁木齐都统负责东路事务，东路的驻防官兵仍以满营为主，辅助以绿营兵。
南路的喀什噶尔参赞大臣于乾隆二十五年设立，随着南疆的不断发展塔尔巴哈台的地位愈加重要，故在原建制上增设了塔尔巴哈台参赞大臣，但整个南疆设置的都是换防满营兵，作为补充的南疆绿营兵在整个新疆的绿营兵中占了极大的比重。
至此，天山南北形成的大致驻防格局是“重北轻南”，也可以理解为“以北制南”，即在兵力部署上天山以北地区以驻防兵为主，军队战斗力较强；天山以南地区则以换防兵为主，换防兵的总数少且作为辅助的绿营兵战斗力极差。
这种兵力部署格局就导致南疆各城中实际分配的兵员都是一二百人左右，故每当城市暴动之时，清军的守城兵力很难及时控制住局势，以致其他城市人心惶惶，进而引发连锁反应，乌什事变即是明证，但奇怪的是即便有如此教训，伊犁将军也未做出重大的布防调整，直至张格尔之乱后伊犁将军长龄才重新规划了南疆的驻防。
（三）增设卡伦并加强管理
除了筑城、驻防外，后任伊犁将军还注重对卡伦的增设与管理。在新疆初定之时，清朝的威名享誉中亚，因此外邦不敢对清朝的领土有任何非分之想，与之相对，卡伦设置的也就不多，负责巡边的军队在级别与规模上也就比较小，但等到伊勒图上任伊犁将军时，许多摄于清朝威严而隐藏起来的矛盾便有所凸显，比如说哈萨克牧民越界、浩罕国支持和卓后裔、沙俄军队对新疆领土的觊觎，这都是当时的伊犁将军伊勒图不得不重视的问题。
为应对这些边境问题，伊勒图所采取的方式便是增设卡伦并加强管理：伊勒图先是在原伊犁十五个卡伦的基础上增加十一个，后又增设于其他重要地方，根据《新疆识略》的记载“到十九世纪初，新疆一共设有了二百五十三个卡伦，其中北疆二百，南疆五十三，作为整个新疆重心的伊犁几乎占据了整个新疆卡伦数量的十分之四。”
对于这些卡伦，伊勒图制定了严格的管理制度，首先在驻守卡伦的官兵选拔上，一定要身强体壮、年富力强；其次在卡伦官员的人选上，各地办事大臣、参赞大臣将人选汇交伊犁将军，再由伊犁将军奏请清廷，这些任职人员大多担任过皇帝侍卫、护军参领等；
再次是有关卡伦的事务，必须由伊犁将军直接管理，即便是领队大臣在巡查其所管理的卡伦时，在没有得到伊犁将军的批准前也不能擅自越过卡伦；复次是因公务出入卡伦的官员，需得伊犁将军的同意后传檄为证，而凡不属因贸易前来的外邦人，卡伦侍卫需要通报伊犁将军等将军定夺；
最后是各领队大臣对其分管的卡伦，须要每年春季与秋季各巡查一次，对巡查时间、路线、参与巡查的官员都要有详细的计划，对巡查中所遇到的纠纷也要及时解决。总体而言，直至嘉庆早期边疆都较为安定，因此继任的伊犁将军如舒赫德、永保、松筠等除加强部署外，并无太大变动。
若非要从这些细微处发现问题的话，我们需要注意松筠在塔尔巴哈台的屯田改革，当时的塔尔巴哈台屯田所获粮食已经无法满足驻军需求，却迟迟未受到重视。直至松筠出任伊犁将军后上奏清廷，从乌鲁木齐处调二百兵丁于塔尔巴哈台屯田，松筠的奏议得到了清廷的批准，屯田也获得了成功，这在很大程度上解决驻防军粮草短缺的问题，十分有助于边防的建设。
不过这也说明，此时的南疆存在很多隐患。之后不久，松筠因事被贬，负责接任伊犁将军的长龄在上任前，嘉庆所给的授职训词是“新疆重任，以守成为本······兵丁时加训练，武备不可废驰”，彼时的卡伦尚能有效抵御张格尔的进犯，但南疆的吏治已经不可救药，民众与清廷也渐行渐远；等到道光四年时，张格尔带领五百士兵已经可以横扫南疆西四城。
（四）对军事职权的反思
明瑞作为伊犁将军，在未多方考察的情况下轻信厄鲁特降人的意见在雅尔筑城，这种失职实在匪夷所思。
因雅尔筑城时明瑞的报告经过军机处的复议与乾隆的批准，因此追查下来牵连的高官较多，甚至连乾隆自己也难脱干系，是故乾隆虽有“朕即不加谴责，伊等于心何安”的怨气，但却未彻查相关人员的责任，当然，这也与明瑞是孝纯贤皇后的侄子有一定的关系。
与此同时，阿桂就没有这么好的运气，虽然作为大学士阿克敦的独子，也受到乾隆的重视，但其在担任伊犁将军期间主持修建惠远城后，城内新建的房屋因蝗灾影响未有人居住而发生损坏，乾隆便申斥阿桂“房子建后不住人，日久尚且损坏，门窗岂不突然损毁耶？如此，用料将枉费也。”
乾隆的申斥不无道理，但对比雅尔筑城的失误，我们大概可以看到乾隆对各伊犁将军的不同态度（这可能也是乾隆的驭臣之道），也就不难明白乾隆时期任职过的伊犁将军，为何其政治生涯大多跌宕起伏。
从总体上看，伊犁将军在新疆的筑城工作都比较稳妥，边防驻军也有依可据，巡防工作更是有一套严格的程序，那么为何还会出现张格尔入侵南疆，南疆四城迅速沦陷的现象。
我认为可以做如下解释：
一是清廷“以北制南”策略被盲目用于边防；“以北制南”的前提是南疆已乱，这样从北疆出兵可借助地形优势迅速平定南疆，早期的大小和卓之乱与后来的张格尔之乱都可以证明这一策略的正确性，但这一策略掩盖了一个问题。
即清廷已然统一新疆全境，那么边防策略就不应再建立在南疆已乱的假设上，这种“未雨绸缪”的方式其实削弱了当下南疆的边防力量，但却未得到伊犁将军的纠正，直到发生张格尔之乱后，时任伊犁将军长龄才上奏清廷更改了南疆的驻防。
二是屯田对军队战斗力的影响，虽然这一点暂时得不到确切地证明，但从乾隆不同意舒赫德“将乌什屯田兵四百名再令耕种一二年”、嘉庆叮嘱长龄不可荒废武备等批复来看，屯田在一定程度上对边防确实有所影响，只是这种影响也不可一刀切，因为在塔尔巴哈台的屯田缓解了军队粮草短缺问题。
三是松筠所办的孜牙敦案造成的恶劣影响，导致部分南疆民众与清廷离心离德，部分布鲁特人甚至搬离了新疆，图尔第迈莫特之子更是成为反攻清廷的急先锋；而在玉努斯之案中，受玉努斯案牵连的黑山派大受打击，寻找和卓后裔的努力因此中断，拥护和卓后裔复辟的势力减少了阻力；
四是斌静作为喀什噶尔参赞大臣，以淫乱为能事，强迫妇女“更番入值”，这引起了当地回民的极大怨气；此外，当地官员的贪腐行为也让民众可不堪言，这种内部的紧张使得本就薄弱的南疆边防雪上加霜。
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