清廷在平定新疆後，首要的事情是掃除各地零散的反叛勢力，修建城池、部署兵力以鞏固其在新疆的統治；
而後是發展經濟，着力解決糧食、牲畜、農具等問題，以恢複普通群眾的正常勞作；之後是向外邦宣布自己對新疆的主權，并盡可能的羁縻鄰近小國增加戰略緩沖區以保障邊疆的穩定。
準部的内耗與清軍的征伐使得當時的新疆随處可見殘垣斷壁，雖已是民不聊生，但衛拉特貴族并未放棄複辟，和卓後裔所代表的勢力虎視眈眈，鄰近邦國對新疆也是垂涎三尺，在這種内有外患的情況下，前幾任伊犁将軍勢必要以軍事職權為重心，以軍事實力維護清廷在新疆的統治，是故修建城池以防内憂，增強邊防以抑外患便是順理成章之事。
（一）移雅爾城并修築惠遠、惠甯城
伊犁作為伊犁将軍的駐紮之地，又是當時新疆的政治、經濟、文化中心，駐紮官兵與往來商賈較多，是以首任伊犁将軍明瑞在原甯遠、綏定、塔勒奇三城的基礎上，又主持修建了惠甯、惠遠二城，并妥善安置了攜眷移駐的察哈爾與錫伯兵丁。
同時，對于有着“新疆屏藩之地”的塔爾巴哈台，明瑞也根據乾隆的訓示拟定了駐防事宜：“一是建城于雅爾；二是設一千五百名馬兵、五百名綠營兵；三是設參贊大臣一名、領隊大臣一名；四是以巡哨替代設卡；五是在伊犁與雅爾間設定三大卡倫。”
明瑞的報告得到清廷的準許，六百名綠營兵趕赴雅爾開展築城工作，但由于明瑞偏聽偏信考察不周，沒有意識到雅爾地方“向來雪大，而牧廠遙遠。近城所有地畝，不敷五百兵丁耕種。”
等到阿桂因烏什事變被貶至雅爾駐紮時，因阿桂上奏雅爾不宜築城屯守，請将雅爾城移至楚乎楚，清廷方才得知雅爾城的選址如此不善。遷城勞民傷财，是以清廷要追究相關人員的責任，這使事情變得着實有趣，一者明瑞是乾隆的内侄，且明瑞在建城之前繪圖呈送了清廷；二者建城報告得到了清廷的準許且乾隆親賜了城名，乾隆雖然很憤怒，但建城時“因大臣等甫經到彼，詢問厄魯特等······即明白陳奏”，隻是這件事最後還是不了了之。
後來，阿桂上任伊犁将軍後奏請清廷将雅爾設為驿站，雅爾城是以才未被荒廢，并且阿桂在雅爾城下設台七座，以友善内地到伊犁的應用物件轉運，這具有重要的邊防意義，是以清廷準許了這一方案。
當然，上述隻是阿桂在任伊犁将軍時較好行使職權的一面，同時其行使職權時也有所失誤，如阿桂主持修建好惠遠城後伊犁發生了蝗災，屯田事業遭受迫害，是以阿桂請求乾隆暫緩兵丁入住，但房子卻是以破損，于是乾隆批評阿桂枉費材料，“前辦者非是”。
惠遠城修築完畢後惠甯城又提上了日程，前文所述明瑞曾參與惠甯城的修建，而修建的原因在于烏什事變後乾隆發現南疆有待加強兵力，于是決定增設巴彥岱營，派遣西安的八旗兵移駐，但因當年伊犁屯田時發生了自然災害，糧食收入遠不足以供應移駐旗兵，是以暫緩了移駐計劃，直至永貴擔任伊犁将軍時巴彥岱滿營事務才被重新提上日程，彼時已經修築好了城垣，還欠缺房舍，永貴通過施工情況奏請乾隆分兩批移送駐防官兵，乾隆三十五年全部完成移駐工作。
在永貴的督工下，巴彥岱城得以按時完工，乾隆賜名“惠甯城”，并根據永貴的提議增設了巴彥岱領隊大臣。
（二）完善駐防體系
伊犁将軍駐紮于伊犁惠遠城内，之是以選擇伊犁作為整個新疆的布防重點，主要是基于以下原因：
一是伊犁地區水資源豐富，天山山脈阻擋了長驅直入的大西洋水汽，使得當地降水充沛并進而形成伊犁河；
二是伊犁地區土壤肥沃，經過伊犁河沖擊形成的伊犁河谷特别适宜于耕種；
三是伊犁地區易守難攻，天山山脈環繞伊犁地區僅留西側作為開口，故而整個伊犁河谷呈喇叭口狀，這是天然的屯兵之所；四是伊犁作為新疆的門戶，是當時出入新疆的必經之路。
由此可見，當時的伊犁具有極其重要的戰略位置，是以，在乾隆二十六年有察哈爾及内附的厄魯特兵一千名攜眷駐紮伊犁，乾隆二十七年有一千名察哈爾兵丁攜眷前往伊犁駐防，伊犁将軍設定後又有一千名錫伯兵攜眷移駐伊犁，等到建制逐漸完成後增設了惠甯滿營領隊大臣，由滿營八旗負責北路的駐防事務。
東路的烏魯木齊地區原歸陝甘總督管轄，在伊犁将軍設定後轉歸伊犁将軍管轄，但伊犁距離烏魯木齊遙遠且東路幅員遼闊、兵民聚居，是以設立了烏魯木齊都統負責東路事務，東路的駐防官兵仍以滿營為主，輔助以綠營兵。
南路的喀什噶爾參贊大臣于乾隆二十五年設立，随着南疆的不斷發展塔爾巴哈台的地位愈加重要，故在原建制上增設了塔爾巴哈台參贊大臣，但整個南疆設定的都是換防滿營兵，作為補充的南疆綠營兵在整個新疆的綠營兵中占了極大的比重。
至此，天山南北形成的大緻駐防格局是“重北輕南”，也可以了解為“以北制南”，即在兵力部署上天山以北地區以駐防兵為主，軍隊戰鬥力較強；天山以南地區則以換防兵為主，換防兵的總數少且作為輔助的綠營兵戰鬥力極差。
這種兵力部署格局就導緻南疆各城中實際配置設定的兵員都是一二百人左右，故每當城市暴動之時，清軍的守城兵力很難及時控制住局勢，以緻其他城市人心惶惶，進而引發連鎖反應，烏什事變即是明證，但奇怪的是即便有如此教訓，伊犁将軍也未做出重大的布防調整，直至張格爾之亂後伊犁将軍長齡才重新規劃了南疆的駐防。
（三）增設卡倫并加強管理
除了築城、駐防外，後任伊犁将軍還注重對卡倫的增設與管理。在新疆初定之時，清朝的威名享譽中亞，是以外邦不敢對清朝的領土有任何非分之想，與之相對，卡倫設定的也就不多，負責巡邊的軍隊在級别與規模上也就比較小，但等到伊勒圖上任伊犁将軍時，許多攝于清朝威嚴而隐藏起來的沖突便有所凸顯，比如說哈薩克牧民越界、浩罕國支援和卓後裔、沙俄軍隊對新疆領土的觊觎，這都是當時的伊犁将軍伊勒圖不得不重視的問題。
為應對這些邊境問題，伊勒圖所采取的方式便是增設卡倫并加強管理：伊勒圖先是在原伊犁十五個卡倫的基礎上增加十一個，後又增設于其他重要地方，根據《新疆識略》的記載“到十九世紀初，新疆一共設有了二百五十三個卡倫，其中北疆二百，南疆五十三，作為整個新疆重心的伊犁幾乎占據了整個新疆卡倫數量的十分之四。”
對于這些卡倫，伊勒圖制定了嚴格的管理制度，首先在駐守卡倫的官兵選拔上，一定要身強體壯、年富力強；其次在卡倫官員的人選上，各地辦事大臣、參贊大臣将人選彙交伊犁将軍，再由伊犁将軍奏請清廷，這些任職人員大多擔任過皇帝侍衛、護軍參領等；
再次是有關卡倫的事務，必須由伊犁将軍直接管理，即便是領隊大臣在巡查其所管理的卡倫時，在沒有得到伊犁将軍的準許前也不能擅自越過卡倫；複次是因公務出入卡倫的官員，需得伊犁将軍的同意後傳檄為證，而凡不屬因貿易前來的外邦人，卡倫侍衛需要通報伊犁将軍等将軍定奪；
最後是各領隊大臣對其分管的卡倫，須要每年春季與秋季各巡查一次，對巡查時間、路線、參與巡查的官員都要有詳細的計劃，對巡查中所遇到的糾紛也要及時解決。總體而言，直至嘉慶早期邊疆都較為安定，是以繼任的伊犁将軍如舒赫德、永保、松筠等除加強部署外，并無太大變動。
若非要從這些細微處發現問題的話，我們需要注意松筠在塔爾巴哈台的屯田改革，當時的塔爾巴哈台屯田所獲糧食已經無法滿足駐軍需求，卻遲遲未受到重視。直至松筠出任伊犁将軍後上奏清廷，從烏魯木齊處調二百兵丁于塔爾巴哈台屯田，松筠的奏議得到了清廷的準許，屯田也獲得了成功，這在很大程度上解決駐防軍糧草短缺的問題，十分有助于邊防的建設。
不過這也說明，此時的南疆存在很多隐患。之後不久，松筠因事被貶，負責接任伊犁将軍的長齡在上任前，嘉慶所給的授職訓詞是“新疆重任，以守成為本······兵丁時加訓練，武備不可廢馳”，彼時的卡倫尚能有效抵禦張格爾的進犯，但南疆的吏治已經不可救藥，群眾與清廷也漸行漸遠；等到道光四年時，張格爾帶領五百士兵已經可以橫掃南疆西四城。
（四）對軍事職權的反思
明瑞作為伊犁将軍，在未多方考察的情況下輕信厄魯特降人的意見在雅爾築城，這種失職實在匪夷所思。
因雅爾築城時明瑞的報告經過軍機處的複議與乾隆的準許，是以追查下來牽連的高官較多，甚至連乾隆自己也難脫幹系，是故乾隆雖有“朕即不加譴責，伊等于心何安”的怨氣，但卻未徹查相關人員的責任，當然，這也與明瑞是孝純賢皇後的侄子有一定的關系。
與此同時，阿桂就沒有這麼好的運氣，雖然作為大學士阿克敦的獨子，也受到乾隆的重視，但其在擔任伊犁将軍期間主持修建惠遠城後，城内建立的房屋因蝗災影響未有人居住而發生損壞，乾隆便申斥阿桂“房子建後不住人，日久尚且損壞，門窗豈不突然損毀耶？如此，用料将枉費也。”
乾隆的申斥不無道理，但對比雅爾築城的失誤，我們大概可以看到乾隆對各伊犁将軍的不同态度（這可能也是乾隆的馭臣之道），也就不難明白乾隆時期任職過的伊犁将軍，為何其政治生涯大多跌宕起伏。
從總體上看，伊犁将軍在新疆的築城工作都比較穩妥，邊防駐軍也有依可據，巡防工作更是有一套嚴格的程式，那麼為何還會出現張格爾入侵南疆，南疆四城迅速淪陷的現象。
我認為可以做如下解釋：
一是清廷“以北制南”政策被盲目用于邊防；“以北制南”的前提是南疆已亂，這樣從北疆出兵可借助地形優勢迅速平定南疆，早期的大小和卓之亂與後來的張格爾之亂都可以證明這一政策的正确性，但這一政策掩蓋了一個問題。
即清廷已然統一新疆全境，那麼邊防政策就不應再建立在南疆已亂的假設上，這種“未雨綢缪”的方式其實削弱了當下南疆的邊防力量，但卻未得到伊犁将軍的糾正，直到發生張格爾之亂後，時任伊犁将軍長齡才上奏清廷更改了南疆的駐防。
二是屯田對軍隊戰鬥力的影響，雖然這一點暫時得不到确切地證明，但從乾隆不同意舒赫德“将烏什屯田兵四百名再令耕種一二年”、嘉慶叮囑長齡不可荒廢武備等批複來看，屯田在一定程度上對邊防确實有所影響，隻是這種影響也不可一刀切，因為在塔爾巴哈台的屯田緩解了軍隊糧草短缺問題。
三是松筠所辦的孜牙敦案造成的惡劣影響，導緻部分南疆群眾與清廷離心離德，部分布魯特人甚至搬離了新疆，圖爾第邁莫特之子更是成為反攻清廷的急先鋒；而在玉努斯之案中，受玉努斯案牽連的黑山派大受打擊，尋找和卓後裔的努力是以中斷，擁護和卓後裔複辟的勢力減少了阻力；
四是斌靜作為喀什噶爾參贊大臣，以淫亂為能事，強迫婦女“更番入值”，這引起了當地回民的極大怨氣；此外，當地官員的貪腐行為也讓群眾可不堪言，這種内部的緊張使得本就薄弱的南疆邊防雪上加霜。
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