刘备逼近成都时，益州各郡县闻风而降，都如影随形般地投靠他。
广汉县长黄权却紧闭城门坚守，等到刘璋投降后，他才归附刘备。
围攻成都时，刘备曾与部下约定：“若攻破成都，官府仓库的一切财物，你们可以任意地拿，我决不干预。”
破城之后，士兵们都扔掉兵器，奔向仓库争抢财物，造成军费不足，刘备深感忧虑。
刘巴说：“这很容易解决，只要铸造一种值百钱的钱币，平抑物价，命官吏设立官市。”
刘备采纳了这一建议，依计施行。
几个月后，府库的财物就充足了。
有人建议把成都有名的肥田沃土和住宅分给将领们。
赵云说：“霍去病曾认为匈奴尚未消灭，不应考虑自己的家业。现在的国贼远非匈奴可比，我们不能贪图安乐。等到天下都安定以后，将士们重归故里，在自己的田地上耕作，才会各得其所。益州的百姓，刚刚遭受兵灾战祸，土地、田宅都应归还原来的主人，使百姓平安定居，恢复生产，然后才可以向他们征发兵役，收取租税，获得他们的好感。不应该夺取他们的财物，以私宠自己所爱的将领。”
刘备接受了赵云的意见。
占据蜀地后，刘备从广汉郡分出梓潼郡，任命霍峻为梓潼太守。
为安扶和笼络蜀中大族豪强，刘备的手下都劝他迎娶刘璋旧将吴懿的妹妹吴氏。
吴氏是刘璋已故兄长刘瑁之妻，刘备认为自己与刘瑁同族，这么做有违礼法。
法正进谏说：“论起亲疏，这比得上晋文公与子圉吗？”
晋文公逃难到秦国时，曾娶了亲侄子晋怀公子圉的妻子怀嬴。
法正认为，晋文公娶了亲侄子的妻子，并没有遭到礼法的抨击，何况刘备与刘瑁之间还不是亲戚关系，迎娶他的寡妻没有任何问题。
刘备于是纳吴氏为夫人，拜吴懿为护军。
其后，刘备赐予诸葛亮、法正、张飞及关羽四人黄金各五百斤，白银千斤，钱五千万，锦千匹，是诸将中赏赐最高的。
又任命法正为蜀郡太守、扬武将军，
刘璋治理蜀地时，法纪松弛，德政不举，威刑不肃，士大夫多挟其财势，欺凌小民，蜀中的百姓思乱者，十户有八。
为彻底扭转乱局，诸葛亮提出建议，厉行“先理强，后理弱”的策略。
理强就是力行法治，限制和打击专权自恣的官僚及豪强，理弱则是努力扶植农民，发展生产。
刘备命令法正，与诸葛亮、伊籍、刘巴、李严五人一起，制定《蜀科》。
诸葛亮的法治哲学主要来自于先秦的法家商鞅和韩非，以及前汉的新儒家董仲舒。
他主张治国是法、礼并用，威、德并行，强调“训章明法”、“劝善黜恶”，亦即以法为体，着重公平客观原则，以德为用，着重教化为本。
他取商鞅之法的法理，结合儒家教化，把行法与教化合而为一，制定了八务、七戒、六恐、五惧等执行条章，以明令能知能行的行为准则，劝戒及训励蜀国官员将士。
经过整治，刘备政权的工作效率明显提高，吏治也逐渐清明。
法正在外统辖蜀郡，掌握行政大权，在内则为刘备出谋划策，是刘备的主要谋士。
他恩怨分明，对他有过一餐饭的恩惠，他都予以报答，但对他哪怕有瞪眼的怨恨，他也睚眦必报，擅自杀害了一些伤害过自己的人。
有人向诸葛亮告发，说：“法正肆意横行，将军你应该禀报主公，限制他作威作福。”
诸葛亮深知法正是深得刘备宠信的肱股之臣，对他非常宽容，没去追究。
他还劝解告发的人说：“主公在公安的时候，北边畏惧曹操的强大，东边害怕孙权的威胁，近处则担心孙夫人在家中搞出内乱。法正象羽翼一样辅佐主公，使主公能够自由翱翔，不再受制于他人。怎么能禁止法正，而不许他稍稍有些随心所欲呢？”
但诸葛亮辅佐刘备治理蜀地，却非常注重严刑峻法，《蜀科》制定后，严厉推行，打击了地方豪强势力，引起豪强十分不满，以消极态度抵触蜀汉政权。
法正是士族东州派的代表，虽然参与了《蜀科》的制定，却也觉得过于严厉了，于是用当年汉高祖入关与民约法三章之事，向诸葛亮进言，认为成都初定，宜“缓刑弛禁”，放宽约束。
法正对诸葛亮说：“以前汉高祖入函谷关，约法三章，秦地的百姓感恩戴德。如今，你借助权势的力量，占据一州的地方，刚刚建立国家，还没有施加恩惠，进行安抚。况且，从外来的客人与本地的主人这种关系来讲，作为客人，应当降低姿态。希望你能放宽刑律和禁令，以适应当地人的意愿。”
但诸葛亮认为，不能盲目沿用汉初的法度，应当因时制宜，懂得变通，于是写了封信给法正，阐明自己的法治思想，晓以大义，这就是《答法正书》。
诸葛亮说：“你只知其一，不知其二。秦因为暴虐无道，政令苛刻，造成人民的怨恨，所以一介草民大呼一声，天下就土崩瓦解。汉高祖在这种情况下，可以采用宽大的政策而获得很大成功。刘璋糊涂软弱，从其父刘焉那时起，刘家对蜀地的人两世恩惠，全靠典章和礼仪维系上下的关系，互相奉承，德政不能施行，刑罚失掉威严。蜀地的人专权而为所欲为，君臣之道，渐渐破坏。给予高官的职位，固然表示宠爱，但官位无法再高时，反而被臣下轻视。顺从臣下的要求，施加恩惠，一旦拒绝，臣下便会轻狂怠慢。蜀地之所以到了破败的地步，实在是由于这样的原因引起的。我现在要树立法令的威严，法令被执行，人们便会知道我们的恩德，以爵位限定官员的地位，加爵的人便会觉得很荣耀。荣耀和恩德相辅相成，上下之间有一定的规矩，治国的主要原则，由此清楚地显示出来了。”
蜀国执法虽然严峻，但公平公正，百姓并无怨言。
刘备自立为汉中王后，任命法正为尚书令、护军将军。
建安二十五年（220年），法正去世，终年四十五岁。
刘备对法正之死十分感伤，一连哭泣数日，追谥他为翼侯，赐其子法邈为关内侯。
法正年长诸葛亮四岁，两人同为刘备的左膀右臂，虽然性格和兴趣彼此不同，但双方始终能以公事大义为重。
诸葛亮赞赏法正的军事谋略，法正则佩服诸葛亮的政治能力。
诸葛亮总理后方政务，足兵足食，法正则随军征讨，出谋划策。
二人紧密合作，取长补短，帮助刘备把益州治理得井井有条，日益兴盛。