劉備逼近成都時，益州各郡縣聞風而降，都如影随形般地投靠他。
廣漢縣長黃權卻緊閉城門堅守，等到劉璋投降後，他才歸附劉備。
圍攻成都時，劉備曾與部下約定：“若攻破成都，官府倉庫的一切财物，你們可以任意地拿，我決不幹預。”
破城之後，士兵們都扔掉兵器，奔向倉庫争搶财物，造成軍費不足，劉備深感憂慮。
劉巴說：“這很容易解決，隻要鑄造一種值百錢的錢币，平抑物價，命官吏設立官市。”
劉備采納了這一建議，依計施行。
幾個月後，府庫的财物就充足了。
有人建議把成都有名的肥田沃土和住宅分給将領們。
趙雲說：“霍去病曾認為匈奴尚未消滅，不應考慮自己的家業。現在的國賊遠非匈奴可比，我們不能貪圖安樂。等到天下都安定以後，将士們重歸故裡，在自己的田地上耕作，才會各得其所。益州的百姓，剛剛遭受兵災戰禍，土地、田宅都應歸還原來的主人，使百姓平安定居，恢複生産，然後才可以向他們征發兵役，收取租稅，獲得他們的好感。不應該奪取他們的财物，以私寵自己所愛的将領。”
劉備接受了趙雲的意見。
占據蜀地後，劉備從廣漢郡分出梓潼郡，任命霍峻為梓潼太守。
為安扶和籠絡蜀中大族豪強，劉備的手下都勸他迎娶劉璋舊将吳懿的妹妹吳氏。
吳氏是劉璋已故兄長劉瑁之妻，劉備認為自己與劉瑁同族，這麼做有違禮法。
法正進谏說：“論起親疏，這比得上晉文公與子圉嗎？”
晉文公逃難到秦國時，曾娶了親侄子晉懷公子圉的妻子懷嬴。
法正認為，晉文公娶了親侄子的妻子，并沒有遭到禮法的抨擊，何況劉備與劉瑁之間還不是親戚關系，迎娶他的寡妻沒有任何問題。
劉備于是納吳氏為夫人，拜吳懿為護軍。
其後，劉備賜予諸葛亮、法正、張飛及關羽四人黃金各五百斤，白銀千斤，錢五千萬，錦千匹，是諸将中賞賜最高的。
又任命法正為蜀郡太守、揚武将軍，
劉璋治理蜀地時，法紀松弛，德政不舉，威刑不肅，士大夫多挾其财勢，欺淩小民，蜀中的百姓思亂者，十戶有八。
為徹底扭轉亂局，諸葛亮提出建議，厲行“先理強，後理弱”的政策。
理強就是力行法治，限制和打擊專權自恣的官僚及豪強，理弱則是努力扶植農民，發展生産。
劉備指令法正，與諸葛亮、伊籍、劉巴、李嚴五人一起，制定《蜀科》。
諸葛亮的法治哲學主要來自于先秦的法家商鞅和韓非，以及前漢的新儒家董仲舒。
他主張治國是法、禮并用，威、德并行，強調“訓章明法”、“勸善黜惡”，亦即以法為體，着重公平客觀原則，以德為用，着重教化為本。
他取商鞅之法的法理，結合儒家教化，把行法與教化合而為一，制定了八務、七戒、六恐、五懼等執行條章，以明令能知能行的行為準則，勸戒及訓勵蜀國官員将士。
經過整治，劉備政權的工作效率明顯提高，吏治也逐漸清明。
法正在外統轄蜀郡，掌握行政大權，在内則為劉備出謀劃策，是劉備的主要謀士。
他恩怨分明，對他有過一餐飯的恩惠，他都予以報答，但對他哪怕有瞪眼的怨恨，他也睚眦必報，擅自殺害了一些傷害過自己的人。
有人向諸葛亮告發，說：“法正肆意橫行，将軍你應該禀報主公，限制他作威作福。”
諸葛亮深知法正是深得劉備寵信的肱股之臣，對他非常寬容，沒去追究。
他還勸解告發的人說：“主公在公安的時候，北邊畏懼曹操的強大，東邊害怕孫權的威脅，近處則擔心孫夫人在家中搞出内亂。法正象羽翼一樣輔佐主公，使主公能夠自由翺翔，不再受制于他人。怎麼能禁止法正，而不許他稍稍有些随心所欲呢？”
但諸葛亮輔佐劉備治理蜀地，卻非常注重嚴刑峻法，《蜀科》制定後，嚴厲推行，打擊了地方豪強勢力，引起豪強十分不滿，以消極态度抵觸蜀漢政權。
法正是士族東州派的代表，雖然參與了《蜀科》的制定，卻也覺得過于嚴厲了，于是用當年漢高祖入關與民約法三章之事，向諸葛亮進言，認為成都初定，宜“緩刑弛禁”，放寬限制。
法正對諸葛亮說：“以前漢高祖入函谷關，約法三章，秦地的百姓感恩戴德。如今，你借助權勢的力量，占據一州的地方，剛剛建立國家，還沒有施加恩惠，進行安撫。況且，從外來的客人與本地的主人這種關系來講，作為客人，應當降低姿态。希望你能放寬刑律和禁令，以适應當地人的意願。”
但諸葛亮認為，不能盲目沿用漢初的法度，應當因時制宜，懂得變通，于是寫了封信給法正，闡明自己的法治思想，曉以大義，這就是《答法正書》。
諸葛亮說：“你隻知其一，不知其二。秦因為暴虐無道，政令苛刻，造成人民的怨恨，是以一介草民大呼一聲，天下就土崩瓦解。漢高祖在這種情況下，可以采用寬大的政策而獲得很大成功。劉璋糊塗軟弱，從其父劉焉那時起，劉家對蜀地的人兩世恩惠，全靠典章和禮儀維系上下的關系，互相奉承，德政不能施行，刑罰失掉威嚴。蜀地的人專權而為所欲為，君臣之道，漸漸破壞。給予高官的職位，固然表示寵愛，但官位無法再高時，反而被臣下輕視。順從臣下的要求，施加恩惠，一旦拒絕，臣下便會輕狂怠慢。蜀地之是以到了破敗的地步，實在是由于這樣的原因引起的。我現在要樹立法令的威嚴，法令被執行，人們便會知道我們的恩德，以爵位限定官員的地位，加爵的人便會覺得很榮耀。榮耀和恩德相輔相成，上下之間有一定的規矩，治國的主要原則，由此清楚地顯示出來了。”
蜀國執法雖然嚴峻，但公平公正，百姓并無怨言。
劉備自立為漢中王後，任命法正為尚書令、護軍将軍。
建安二十五年（220年），法正去世，終年四十五歲。
劉備對法正之死十分感傷，一連哭泣數日，追谥他為翼侯，賜其子法邈為關内侯。
法正年長諸葛亮四歲，兩人同為劉備的左膀右臂，雖然性格和興趣彼此不同，但雙方始終能以公事大義為重。
諸葛亮贊賞法正的軍事謀略，法正則佩服諸葛亮的政治能力。
諸葛亮總理後方政務，足兵足食，法正則随軍征讨，出謀劃策。
二人緊密合作，取長補短，幫助劉備把益州治理得井井有條，日益興盛。