在康熙朝以前，清朝几乎没有立储制度，努尔哈赤曾试图立大贝勒代善为新君，但因代善种种行为触怒了，所以放弃了立储之心；顺治帝即位是两方势力（多尔衮和豪格）斗争妥协的结果；康熙更是幼年继位，由朝中重臣辅政，所以也几乎不存在过于激烈的太子之争。
直至康熙朝之时，因康熙皇帝子嗣过多，且适合储君之位也不乏其人。加之康熙过早的立胤礽为太子，造成了后期太子篡权的结果。以至于康熙对立太子之事十分心寒，同时认为立储并非明智之举。九子夺嫡也加剧了太子之争的矛盾，是故康熙朝直至最终也并未确定皇位继承人选，至少没有明确指出要立胤禛为储君。以至于雍正继位的合法性一直以来颇受质疑。
康熙朝太子之争的过于激烈，直接引发了雍正帝的反思。所以他在登基的第二年，便开始创设秘密建储制度。有的学者称，雍正帝的这一秘密建储制度与古波斯人的秘密建储制度有异曲同工之妙。但雍正是否仿照《旧唐书·波斯传》中所记载的方法创设秘密建储，尚未有明确的佐证。
话说回来，雍正元年（雍正即位的当年为康熙六十一年），雍正皇帝将总理事务王大臣、满汉文武大臣、九卿召集在乾清宫西暖阁，直接宣布了自己秘密建储的决心，大致意思是说：
圣祖（康熙）在位之时，因二阿哥（胤礽）之事，心力交瘁，如今自己的诸子尚幼，建储问题还不能大张旗鼓，所以先将储君姓名写下密封起来，藏于匣内，放在乾清宫正大光明匾额之后，此处是宫中最高的地方，并由诸位大臣作证。至于储君的姓名，皇子们和大臣们均不知晓，只有皇帝一个人知道，这便是雍正皇帝所独创的秘密建储制度，可以说这是一种全新的立储方式。
当然，至于雍正皇帝暴卒之日，雍正皇帝最为信任的大学士张廷玉和鄂尔泰，受命将匾额后面所藏之匣打开，并宣布由四子弘历继位，避免了储位之争。
秘密建储制度的实施，使得储君之位过早地便予以内定，而且不为外人所知。所以众皇子即使争夺太子之位，也无济于事。但存在一个问题便是，储君并非皇帝初即位便立下的，而且因为储君是皇帝任命的，他可以任意修改，所以皇子的表现，也同样影响着皇帝对他们是否能成为储君人选的考察。
如此一来，清朝除了后期没有子嗣的几位皇帝之外，其他的皇帝也存在着修改储君人选，或者不急于立储的问题。因此，皇子之间为争夺储君之位而暗斗也是存在的。例如，之所以道光能够博得嘉庆皇帝的青睐，不无是因为他收敛自己的性情，万事不争不抢，关键时刻挺身而出护驾有功，以致嘉庆皇帝对其刮目相看，看似不争，实则是争罢了。
概而言之，秘密建储制度一定程度上的确有利于避免皇子之间过于激烈的斗争，毕竟党争对于政治是有危害的，但也不能完全杜绝太子之位的争执，并没有像有些人说的那么神奇，后世的夺嫡，只是由明争改为了暗斗。当然，不可否认的是，秘密建储较之明确的立储，的确具有一定的积极作用。