在西汉历史乃至中国整个封建历史上，汉武帝以其雄才大略，开彊拓土之功成为一位伟大的君王。但是，不可否认的是，专制集权统治达到登峰造极的地步时，势必会产生偏差，而巫蛊之祸便发生在武帝的晚年时期，这场导致了数万人死亡的冤案在公元前92年爆发。
武帝晚年时期十分迷信，时常疑神疑鬼，而且力求向秦始皇学习，竭力寻求长生不老之方，以永享富贵荣华。有道是：上行下效。皇帝的爱好自然会影响到下面的广大各界人士。于是乎，江湖上许多方士巫师，纷纷云集在长安城内，故弄玄虚，妖言惑众，这些江湖骗子尤其深受达官贵人的欢迎，显然是想利用他们搞一些打击对手的下三滥手段。其中巫蛊在当时尤为盛行。
公元前92年的某天，武帝在建章宫休息，突然见到一男子持剑闯入中龙华门，他命人前去捉拿，这人逃掉了，没抓住。没过多久，武帝睡梦中见到有许多小木偶人，手里拿着武器攻击他。他吓的惊醒了，于是坚信有人要害自己。从此，巫蛊成为朝廷打击的首要目标，凡是沾上巫蛊之事的无论何人都必死无疑。
首先倒在巫蛊案下的是权势熏天的宰相公孙贺。他的妻子便是皇后卫子夫的姐姐卫君孺，公孙贺也是卫青的姐夫。倒霉就倒霉在他们那个官二代的儿子公孙敬声身上，这家伙靠宰相老子的权势当上太仆，好事不干，尽干些违法的事，甚至连军款都敢贪污。终于有人向皇帝举报，这小子被关进大狱审问罪行。
当时朝廷正通缉一位叫朱安世的阳陵大侠。公孙贺向皇帝请求，愿抓获朱安世，以赎自己儿子之罪。朱安世是被公孙贺抓获了，可他万万没想到，这位大侠不但未换来儿子的自由，反而成了他一家人的催命鬼。朱安世在狱中上书揭发：公孙敬声与阳石公主私通，在甘泉宫驰道上埋下木偶人，以此来诅咒皇上。阳石公是武帝与卫子夫所生的女儿，另一个是诸邑公主也是。
皇帝派酷吏杜周调查，案件属实，宰相公孙贺一家被族灭。而牵涉其中的两位公主也被武帝下令处死，同时被杀的还有卫青的儿子卫伉。公孙贺的案件使当权的酷吏们看到了希望，趁皇帝现在已处暴虐之际，一场针对太子的阴谋正在悄悄酝酿之中，而主谋是一位叫江充的酷吏。因为太子总是与他们这些人唱反调，反对这些酷吏滥杀无辜，并从他们手中救下不少被冤枉之人，惹的这些酷吏们怀恨在心，总想找机会板倒他。
于是，江充指使巫师檀何向皇帝密告说：皇宫中发现蛊气，如不铲除，会使龙体难以康复。武帝信以为真，急令江充入宫搜寻。
江充事先已派人在太子宫中埋下木偶人以栽赃嫁祸，太子心里知道明明是他搞的鬼，但有口难辩，陷入深深的恐惧当中。当时武帝并不在长安城内，而是在八十里开外的甘泉宫休养。太子少傅石德建议刘据矫诏诛杀江充，并暗示他不要落个像秦太子扶苏的下场。所谓矫诏就是以皇帝的名义伪造诏书，这可是杀头的大罪。江充好杀，而且还一连杀了几个酷吏，这伪造诏书一事只好禀告卫子夫，刘据经过自己母亲的首肯后，打开武器库，将东宫的侍卫及随从全部武装起来，一时间，长安城内谣言四起，都说太子刘据被逼谋反。
有官员未经调查就急忙向甘泉宫的武帝通报，武常当然不信，派人返回长安城，召太子前往甘泉宫问话。可派出的使者怕死，不敢去见太子，反而跑回来向武帝谎报说：太子已谋反，还想杀我。武帝大怒，指示丞相刘屈氂调动军队平叛，不许一人漏网，一律格杀勿论。刘据又释放监狱中的囚徒，发给武器，再加自己的随从侍卫，与官军展开激战。长安城内血流成河，死尸累累，刘据的手下抵挡不住官兵的进攻，纷纷弃械逃命，太子刘据也只得逃出长安城，藏身在一穷人家中，生活艰难。
养尊处优惯了的太子受不了这样的苦日子，向一位朋友求助，结果被出卖，刘据无处可逃，上吊自尽，两个儿子一并被斩杀。武帝并未就此罢休，依然举着屠刀大开杀戒，凡是太子门客及追随者一律灭族，长安城笼罩在血雨腥风之中。皇后卫子夫也不能幸免，被武帝下诏收回玺绶，卫子夫被逼自杀身亡。
公元前90年，武帝派往基层调查巫蛊案的官员发回报告显示，所谓的巫蛊案中，大部分都是子虚乌有的栽赃诬告。武帝这才反应过来，太子刘据当时所处的环境和心情，完全是被迫无奈之举，并非谋反。可人死不能复生，只好建了一座思子宫，以寄托思子之情。