GROMACS运行参数整理（二）

Gromacs运行参数中文注释

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GROMACS运行参数整理（一）

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9.Temperature coupling

tcoupl =  ; 指定耦合方法
         no ;不使用
         berendsen
         nose-hoover
         v-rescale
nsttcouple =  ; 热耦合频率，默认1，表示与nstlist一致
tc_grps =  ; 热耦合组
tau_t =  ; 热耦合时间常数， ps, -1, 表示不耦合，个数对应组
ref_t =  ; 参考温度---恒温值，个数对应组

10.Pressure coupling

pcoupl =  ; 指定压力耦合方式
         no ; 不耦合，即固定盒子大小
         berendsen
         Parrinello-Rahman
         
pcoupltype =  ;
             isotropic ; 盒子各向同性
             semiisotropic ; x/y 方向同性，z方向不同形；一般用于膜模拟
             anisotropic ; 各向异性
             surface-tension ;xy平面张力耦合
nstpcouple =   ; 压力耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致，速度积分是设为1
tau_p =  ; 压力耦合时间常数
compressibility =  ; 水可压缩性，默认1ps
ref_p =  ; 参考压力--恒压值，一般为1 bar
refcoord_scaling =  ;
                   no ; 坐标限制不被修改，默认值
                   all
                   com
11.Simulated annealing

annealing =  ; 指定每个温度组别的退火算法
            no ;不进行模拟退火，仅耦合参考温度值
            single ; 单序模拟退火，若模拟时间长于升温后的最后时间，则之后是耦合温度
            periodic ; 从最初的温度开始，到最后温度，在整个模拟时间里反复进行

annealing_npoints =  ; 退火参考/控制点数，与温度组别值相等，0表示不使用退火
annealing_time =  ; 每个温度组别退火时间，若使用周期性退火，则在最后一个值再开始退火，ps,个数与annealing_npoints的值一致
annealing_temp =  ; 退火温度组别，个数与个数与annealing_npoints的值一致

12.Velocity generation

gen_vel =  ;速度生成
          no ; 不生成速度。输入文件没有速度，则为0
          yes ; 根据麦克斯韦速度分布函数生成速度，只对md有意义
          
gen_temp =  ; 体系温度，用于麦克斯韦速度分布

gen_seed =  ; 初始速度初试随机数，-1表示为进程的ID数
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原文链接：https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/78385242      

13.Bonds

constraints =  ; 键约束
              none ; 没有约束，除特意指明外
              hbonds ; 氢键约束
              all-bonds ; 所有键约束
              h-angles ; 所有氢键键长和键角约束
              all-angles ;所有键长和键角约束
constraint-algorithm =  ; 约束算法
                       LINCS ; 不能用于角度约束
                       SHAKE ; 比LINCS慢且不稳定；不能用于能量最小化
                       
continuation =  ;
               no ; 初试构象应用约束，并复位，第一次MD
               yes ; 初试构象不约束，不复位，用于精确的继续计算或重计算

shake_tol =  ; 默认0.0001，SHAKE相对容忍度
lincs_order =  ;约束偶合矩阵阶次，用于LINS精度，默认4
lincs_iter =  ; 迭代次数，用于LINCS约束精度，默认1
lincs_warnangle =  ; 键最大旋转角度，默认为30

morse =  ;
        no ; 键为谐波势能
        yes ;键为Morse势能

14.Energy group exclusions

energygrp_excl =  ;排除一对组之间的非键相互作用，在能量计算等方面应用

15. COM pulling

pull =  ;
       no ; 
       umberlla ;
       constraint-al;
      
16.Free energy calculations

free_energy =  ; 
              no ; 仅适用拓扑A
              yes ; lambda 插值
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