GROMACS運作參數整理（二）

Gromacs運作參數中文注釋

中文注釋僅供參考！！！

GROMACS運作參數整理（一）

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9.Temperature coupling

tcoupl =  ; 指定耦合方法
         no ;不使用
         berendsen
         nose-hoover
         v-rescale
nsttcouple =  ; 熱耦合頻率，預設1，表示與nstlist一緻
tc_grps =  ; 熱耦合組
tau_t =  ; 熱耦合時間常數， ps, -1, 表示不耦合，個數對應組
ref_t =  ; 參考溫度---恒溫值，個數對應組

10.Pressure coupling

pcoupl =  ; 指定壓力耦合方式
         no ; 不耦合，即固定盒子大小
         berendsen
         Parrinello-Rahman
         
pcoupltype =  ;
             isotropic ; 盒子各向同性
             semiisotropic ; x/y 方向同性，z方向不同形；一般用于膜模拟
             anisotropic ; 各向異性
             surface-tension ;xy平面張力耦合
nstpcouple =   ; 壓力耦合頻率，預設-1，表示與nstlist一緻，速度積分是設為1
tau_p =  ; 壓力耦合時間常數
compressibility =  ; 水可壓縮性，預設1ps
ref_p =  ; 參考壓力--恒壓值，一般為1 bar
refcoord_scaling =  ;
                   no ; 坐标限制不被修改，預設值
                   all
                   com
11.Simulated annealing

annealing =  ; 指定每個溫度組别的退火算法
            no ;不進行模拟退火，僅耦合參考溫度值
            single ; 單序模拟退火，若模拟時間長于升溫後的最後時間，則之後是耦合溫度
            periodic ; 從最初的溫度開始，到最後溫度，在整個模拟時間裡反複進行

annealing_npoints =  ; 退火參考/控制點數，與溫度組别值相等，0表示不使用退火
annealing_time =  ; 每個溫度組别退火時間，若使用周期性退火，則在最後一個值再開始退火，ps,個數與annealing_npoints的值一緻
annealing_temp =  ; 退火溫度組别，個數與個數與annealing_npoints的值一緻

12.Velocity generation

gen_vel =  ;速度生成
          no ; 不生成速度。輸入檔案沒有速度，則為0
          yes ; 根據麥克斯韋速度分布函數生成速度，隻對md有意義
          
gen_temp =  ; 體系溫度，用于麥克斯韋速度分布

gen_seed =  ; 初始速度初試随機數，-1表示為程序的ID數
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版權聲明：本文為CSDN部落客「DrugAI」的原創文章，遵循CC 4.0 BY-SA版權協定，轉載請附上原文出處連結及本聲明。
原文連結：https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/78385242      

13.Bonds

constraints =  ; 鍵限制
              none ; 沒有限制，除特意指明外
              hbonds ; 氫鍵限制
              all-bonds ; 所有鍵限制
              h-angles ; 所有氫鍵鍵長和鍵角限制
              all-angles ;所有鍵長和鍵角限制
constraint-algorithm =  ; 限制算法
                       LINCS ; 不能用于角度限制
                       SHAKE ; 比LINCS慢且不穩定；不能用于能量最小化
                       
continuation =  ;
               no ; 初試構象應用限制，并複位，第一次MD
               yes ; 初試構象不限制，不複位，用于精确的繼續計算或重計算

shake_tol =  ; 預設0.0001，SHAKE相對容忍度
lincs_order =  ;限制偶合矩陣階次，用于LINS精度，預設4
lincs_iter =  ; 疊代次數，用于LINCS限制精度，預設1
lincs_warnangle =  ; 鍵最大旋轉角度，預設為30

morse =  ;
        no ; 鍵為諧波勢能
        yes ;鍵為Morse勢能

14.Energy group exclusions

energygrp_excl =  ;排除一對組之間的非鍵互相作用，在能量計算等方面應用

15. COM pulling

pull =  ;
       no ; 
       umberlla ;
       constraint-al;
      
16.Free energy calculations

free_energy =  ; 
              no ; 僅适用拓撲A
              yes ; lambda 插值
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