张居正当首辅的十年，太仆寺存银加上太仓存银总数达七八百万两之多，太仓的存粮则够十年之用。万历六年(1578年)，年幼明神宗大婚典礼结束，李太后宣布返回慈宁宫。
此后就很少再对儿子进行干涉了，一直到为了王恭妃所生长子朱常洛以及郑贵妃所生的皇三子朱常洵，立谁为储君的问题上，明神宗和大臣们争执，扯皮了十几年的“国本之争”相持不下时，李太后才出面逼迫儿子册立皇长子朱常洛为太子。
而明神宗虽然开创了“万历中兴”的局面，也主持了万历三大征并获得胜利，但在他执政后期却开始荒于政事。一方面，张居正去世后冯保被他贬职，身边的监督者都已不起作用，而李太后也几乎不再对他进行约束，开始放飞自我的明神宗，虽然天天被大臣们骂，任性的他硬是几十年不上朝。
虽然他仍能通过各种手段把控朝局，内无宦官擅权，外无外戚干政，国家仍能运转，但也是在这段时期，辽东后金势力开始崛起，成为明朝后期的主要威胁。旷日持久的三大征以及辽东战争，更是极大地加重了明王朝的负担，三大征废银1100多万两，而辽东战争每年约需银四百余万两。
明神宗为了应付军费开支，先后三次下令加派全国田赋，史称“辽饷”。后来辽饷、剿饷、练饷明末三饷逐渐开始加派，怨声载道的饥民奋起反抗，进行起义，成为压垮明王朝的最后一根稻草。
万历四十二年(公元1614年)二月，李太后去世。六年后的万历四十八年(公元1620)，明神宗朱翊钧薨逝，此时大明王朝的颓势已经不可避免。李太后为了教育好儿子，给他配备了最好的老师，最严格的班主任，自己也算得上最上心的家长。
在儿子还未成年前可以说效果极好，但后来的情况却是儿子抄了老师张居正的家，免了班主任冯保的职，自己也罢工几十年不上朝，明神宗死后仅24年，明朝灭亡。
配备了最好的教育资源，却因过于严厉的教育方法，而迎来了最激烈的反弹，这样的教育效果，在今天也值得每个家长深思。