張居正當首輔的十年，太仆寺存銀加上太倉存銀總數達七八百萬兩之多，太倉的存糧則夠十年之用。萬曆六年(1578年)，年幼明神宗大婚典禮結束，李太後宣布傳回慈甯宮。
此後就很少再對兒子進行幹涉了，一直到為了王恭妃所生長子朱常洛以及鄭貴妃所生的皇三子朱常洵，立誰為儲君的問題上，明神宗和大臣們争執，扯皮了十幾年的“國本之争”相持不下時，李太後才出面逼迫兒子冊立皇長子朱常洛為太子。
而明神宗雖然開創了“萬曆中興”的局面，也主持了萬曆三大征并獲得勝利，但在他執政後期卻開始荒于政事。一方面，張居正去世後馮保被他貶職，身邊的監督者都已不起作用，而李太後也幾乎不再對他進行限制，開始放飛自我的明神宗，雖然天天被大臣們罵，任性的他硬是幾十年不上朝。
雖然他仍能通過各種手段把控朝局，内無宦官擅權，外無外戚幹政，國家仍能運轉，但也是在這段時期，遼東後金勢力開始崛起，成為明朝後期的主要威脅。曠日持久的三大征以及遼東戰争，更是極大地加重了明王朝的負擔，三大征廢銀1100多萬兩，而遼東戰争每年約需銀四百餘萬兩。
明神宗為了應付軍費開支，先後三次下令加派全國田賦，史稱“遼饷”。後來遼饷、剿饷、練饷明末三饷逐漸開始加派，怨聲載道的饑民奮起反抗，進行起義，成為壓垮明王朝的最後一根稻草。
萬曆四十二年(公元1614年)二月，李太後去世。六年後的萬曆四十八年(公元1620)，明神宗朱翊鈞薨逝，此時大明王朝的頹勢已經不可避免。李太後為了教育好兒子，給他配備了最好的老師，最嚴格的班主任，自己也算得上最上心的家長。
在兒子還未成年前可以說效果極好，但後來的情況卻是兒子抄了老師張居正的家，免了班主任馮保的職，自己也罷工幾十年不上朝，明神宗死後僅24年，明朝滅亡。
配備了最好的教育資源，卻因過于嚴厲的教育方法，而迎來了最激烈的反彈，這樣的教育效果，在今天也值得每個家長深思。