凌烟阁排名按照官职大小排，秦琼排最后一位，但事实的真相并非如此！
按官职排名，秦琼的官职为什么这么低？是因为唐太宗登基后，一直到秦琼去世都没给他升过官。
为什么又不给秦琼升官呢？因为秦琼自李世民登基后，就天天说自己生病，不能继续给老板打工了。
但这正是疑点所在！
秦琼一直到贞观12年才去世，也就是说，李世民登基后，他活了12年。
一个疾病缠身，都不能工作的人，在古代那种医疗条件下，能活这么久？
还有一点，李世民登基后，秦琼逢人就说自己打了200多场战役，疾病缠身。
但这说法是有问题的。
早不病晚不病，偏偏李世民一登基，他就疾病缠身了？
还要逢人就说自己打仗太多，所以疾病多？
其后每多疾病，因谓人曰：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”——《旧唐书.秦叔宝传》
这更像是有意为之！
通过史料中的种种迹象显示，秦琼是被李世民猜忌了。
在史料中，有这几个疑点：
1.秦琼最初投效李唐时，不是投奔的李世民，而是投奔了李渊。
是李渊再把秦琼安排到李世民麾下的！
再对比一下尉迟恭就知道了，尉迟恭是李世民直接在战场上收服的，直接被李世民接收，没有经过李渊的手。
高祖令事秦府，太宗素闻其勇，厚加礼遇。从镇长春宫，拜马军总管。——《旧唐书.秦叔宝传》
从来历上来讲，秦琼更像是李渊的人，至少在别人看来是有这种可能的。
2.秦琼在跟随李世民讨伐宋金刚时，大破尉迟恭，击败宋金刚，李渊给他很高的礼遇。
这主要体现在李渊给他的封上圣旨上，李渊同志竟然说连自己的肉都可以割下来赏赐秦琼！同时给秦琼加封上柱国。
皇帝赏赐立功的战将一般说点勉励的话，赏点钱财，升个官完事儿。
但李渊这做法十分暧昧！
勉励的话变成了可以割自己的肉赏给臣下，秦琼功劳再大，也不至于说这么夸张的话。
升官变成了封爵，要知道上柱国可是爵位！正常的赏赐，用得着封爵位吗？
高祖遣使赐以金瓶，劳之曰：
“卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之。”——《旧唐书.秦叔宝传》
这事儿，李世民自然是看在眼里的，要换了我也会怀疑秦琼到底忠心自己多一点还是忠于皇帝多一点。
3.李唐与王世充、窦建德联盟之战中，秦琼又立战功，李渊除了赏赐金银外，再加封他为翼国公。
至此，秦琼兄拿了俩爵位了！李世民麾下武将无人能有这样的殊荣！
太宗将拒窦建德于武牢，叔宝以精骑数十先陷其阵。世充平，进封翼国公，赐黄金百斤、帛七千段。——《旧唐书.秦叔宝传》
由此，我们可以得出一个结论。
秦琼投奔李唐后，李渊对他有厚恩。尽管他属于李世民阵营，但免不了被怀疑。
所以，玄武门之变时，秦琼要在李渊和李世民之间选一个。
秦琼尽管参与了这场政变，但史书对此一笔带过。
说明了一个问题，李世民对秦琼没有充分的信任，在玄武门事变时，只担任了不重要的角色。
对此一下尉迟恭就知道了，尉迟恭前前后后可是为李世民操碎了心。
又是劝他谋反，又是帮着谋划，又是帮着联系旧部的，甚至在最后关头，亲自动手射杀李元吉。
史书记载很详细，但秦琼只是参与了，具体干了啥，完全没有任何记载。
只能说，秦琼只是做了选择，表了态度，走了个形式，并没有发挥核心作用。
李世民登基后，
尉迟恭因为功劳大，被封为右武候大将军，赐爵吴国公，食邑3000户。
再看秦琼，只封了个右武卫大将军这样一个3品官儿，食邑700户，相比之下，尉迟恭的食邑是他的4倍多。
由此可见，相比之前李渊对秦琼的礼遇，李世民给他的简直少得可怜！
而恰恰是这个时候，秦琼突然就百病缠身，不能工作了，还逢人就说自己生病。
至此，我们可以得出这件事的结论：
1.由于李渊对秦琼的礼遇，导致李世民怀疑他，因此在玄武门事变时得不到重用。
2.李世民登基后给秦琼的刻薄封赏，加上玄武门之变时给他不痛不痒的任务，让秦琼认识到一个问题。
他发现了李世民在猜忌他！
3.秦琼很识时务，知道李世民猜忌自己，故而以百病缠身为理由，提前退休。
4.秦琼虽然被怀疑，但毕竟站队的时候选择了李世民这边，因此李世民不想杀他。
但毕竟猜忌之心已经产生，君臣之间已有隔阂，很难再缝合了。
既然不想杀他，干脆放他回家，免得看着心烦。
总结
君臣离心，早在玄武门之变时已经开始出现。
李世民掌权后，君臣之间已有的隔阂早已无法缝合。
玄武门之变不让他负责核心任务，封赏时只给一丁点赏赐。
释放出的政治信号很简单：秦琼不受信任，被边缘化了。
李世民不想理秦叔宝，而秦叔宝也识时务，主动退休以求自保。