首先我们先看下巡抚和总督的品级，巡抚正常情况下是从二品，但是多数情况下朝廷是会加授兵部侍郎衔，这个时候巡抚就会高配至正二品。而总督正常情况是正二品，但是同样朝廷一般会加授兵部尚书或都察院右都御史衔，这个时候总督就会高配至从一品。当然不管是不是加授职衔，巡抚的品级都要低于总督。
再者我们看看江苏巡抚和两江总督的职权都是什么？江苏巡抚管辖江苏省一省的民政、军政、吏治、刑狱、赋税等一切事务，且节制江苏省的所有绿营兵马，并且江苏巡抚大概有2000多的直属兵力，可以无需经过军机处和兵部就可调动。而两江总督则总管江苏、安徽和江西三省的军政事务，包括军务、江防、粮饷、税负、刑狱等三省一切军政，同时还兼管江苏河道的疏浚与堤防事务，之后清中晚期两江总督的权利被进一步扩大，道光十一年起，两江总督还兼任两淮盐政，管理整个淮扬地区的盐政事务，包括盐引的发放、盐的转运等等。同治五年起，两江总督又开始兼任南洋通商大臣，管理厦门、广州、福州、宁波和上海的五口通商事宜。
可以说单单从权利看两江总督的权力绝对要比江苏巡抚的权力大，毕竟一个是管三省的军政事务，而另一个只是管一省的军政事务。
但是如果就比较他们两人在江苏一省的权力的大小的话，其实江苏巡抚和两江总督的权利一样大，没有谁大谁小的，你别看一个是总督，一个是巡抚，但是他们两个却不是上下级的关系，他们是平等的，其直属上司都是皇帝，他们都有直接面圣奏事和上密折的权利。
江苏巡抚和两江总督其实就是互相监督的关系，我看着你，你看着我，但是他们两人只有监督权，就好似你犯错我就向皇帝告密，却没有互相管辖的权利，能管他们的只有当朝皇帝。其实这种关系的存在是有道理的，江苏和两江总督管辖的地方都是朝廷最富的地方，如果让一家独大，那么势必会威胁整个大清，满清的皇帝不会那么傻，他肯定有防止这种事情发生的措施，而让巡抚和总督互相盯着就是最好的解决办法，这样谁也不能一家独大，要想压制地方就得靠皇帝。
当然这种互相平等的情况在清朝末年就彻底不存在了，那个时候的两江总督张之洞可谓是权倾两江，安徽、江苏和江西三省的军政事务全部由张之洞说了算，三省的巡抚可以说毫无权利，只能乖乖听张之洞的，张之洞说什么就是什么，三省的巡抚连反驳都不敢反驳。那么这个时候无论是在两江还是在江苏，两江总督的权力都要大于江苏巡抚。