朱元璋建立明朝以后，为了确保自己的后人可以顺利继位，江山稳固，将功臣几乎屠戮殆尽。朱元璋以为这样就可以让建文帝朱允炆高枕无忧，然而他没有想到，自己的后代却发生了兄弟倪墙这样的悲剧。燕王朱棣造反，与朱允炆展开血腥的厮杀，最终朱棣赢得了胜利，夺得皇位。然而登基以后，有一件事却成为朱棣的心病，它就是建文帝朱允炆的下落。
大军围城，朱允炆本来插翅难逃，然而一场大火带来的灰烬却将真相掩埋。靖难之役以后，朱棣攻陷南京，燕兵进京。在一场混战当中，皇宫燃起大火，火势被扑灭以后，从灰烬当中找到几具烧焦的尸体，无法辨认相貌。没有人知道这到底是不是建文帝朱允炆，而这也让建文帝的下落成为一场悬案。
关于建文帝真正的下落，说法众多。官方史书认为，建文帝朱允炆在燕王朱棣进京以后就自焚身亡了。《明史》当中记载：“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中。”而且《明太宗实录》里的记载也和《明史》的说法一样，都明确地记载了建文帝死在了宫中。
这种说法其实可信度很高，然而似乎是出于对建文帝的同情，人们并不希望那位仁慈的皇帝死在大火当中，于是在民间还流传着许多说法。
在民间流传最广泛的说法是建文帝没有死于大火，而是出家为僧了。万历《钱塘县志·纪制》记载：“东明寺在安溪大遮山前，建文君为僧至此，有遗像。”东明寺寺志中亦有记载：“迨壬午金川变作，启箧得杨应能度牒及披剃具，佛知运数巳定，乃僧服出逊，由吴兴至钱塘遁栖东明山，亲灸旵祖座下，凡六载，迹渐彰乃辞去。“
这些记载说明，建文帝来到东明寺出家为僧并非是空穴来风，那场大火当中的尸体有可能是掩人耳目，而真正的朱允炆已经来到东明寺。
除此以外，还有学者认为建文帝从宫中逃出以后，化名詹碧云，隐居在江西上饶玉山三清山上，任三清宫主持道士。而山上的陵墓、楹联、石雕等则是佐证。
对于朱棣来说，最恐怖的不是朱允炆还活着，而是他不知道朱允炆到底是生是死。朱棣虽然稳坐帝位，但他毕竟是篡位者，朱允炆是他的手下败将，但亦是他心中唯一的阴影。因此即使紫禁宫已经被燕军团团围住，朱允炆成功逃跑的可能性很小，即使火中确实有几具尸体，朱棣依旧不敢相信朱允炆真的死了。加上民间对朱允炆的同情和推波助澜，朱允炆的下落遂成为一个著名的谜团，朱棣派人寻访数十年依旧没有答案。
其实朱允炆是否活着，对朱棣都已经无法产生威胁，朱棣心中真正惧怕的，其实不是朱允炆，而是他篡位的事实。