后人对秦始皇的评价历来争议很大，褒贬不一。他身上的历史谜团充满了神秘。也充满了未解之谜。目前为止，还不能用科学来解释。
首先是秦始皇身世之谜。
秦始皇是谁的孩子？异人还是吕不韦。说法不一。赵姬原本已经嫁给了吕不韦。一次吕不韦请异人吃饭，异人看上了赵姬，吕忍痛放弃了赵姬，送给异人当媳妇，而赵姬当时已经怀孕，不久生下赵政。
第二是先进武器
秦的连续的弓弩。它射程远，瞄准性能强，命中概率高。秦朝的青铜剑有很长的柄。后世发现这把剑仍然像新的一样明亮，非常锋利。秦始皇统一世界，北上攻打匈奴，南下攻打百越。为什么2200多年前秦朝生产出如此出色的武器至今是一个谜。
第三是荧惑守心
荧惑守心，在古代预示着帝王驾崩，是大凶之兆。秦始皇三十六年，一颗陨石降落在东郡。据史料记载，是有人故意在这块陨石上写下“始皇帝死而地分”。结果，附近的居民没有一个人承认，秦始皇很生气，把他们都杀了。
第四是玉璧诅咒
据说是秦始皇的使者。在夜路上遇到一个拿着玉的人。那人把玉璧交给了使者。在他离开之前，他说：“祖龙今年死”。秦始皇听了非常惊讶，因为那块玉是他多年前丢失的。不久始皇帝死于平原津。
第五个宛渠人之谜
晋人王嘉《拾遗记》记载了，有宛渠之民，乘螺舟而至，舟形似螺，沉行海底，而水不浸入，日游万里。宛渠人坐着像蜗牛一样的舟而来，可以飞入天际，可以沉入海底，一天行程数千英里。这已经超出人类认知。脱离了那个时代特征，是秦始皇眼中的“神人”。
这些未解之谜，希望未来有人能探索出真相。