世人皆知朱棣即位，继承的是朱棣老爹朱元璋的位子，而非侄子朱允炆的位子，朱棣登基后，下令将朱允炆的一切“清理干净”，朱棣在位时，经济繁华，国力强盛，出现了“永乐盛世”，但朱棣在登基时也做了不少事情。
首当其冲的是起草登基公告，当时朱棣请明朝大臣方孝孺草拟即位诏书，但被方孝孺拒绝，在此之前朱棣还是燕王时，朱棣进京，文武百官见风使舵就投靠了朱棣，但方孝孺拒不投降，这才被朱棣抓到了牢里。
朱棣屡屡遭到方孝孺的拒绝，就将方孝孺“株连十族”，方孝孺十族八百多人被杀害。而朱棣即位当天，秦淮河发现两具女尸，身份被查实后，朱棣大发雷霆。
1402年7月17日，朱棣登基为帝，继承朱元璋留下的大好江山，而人们在秦淮河发现了两具女尸，应天府尹得知消息后也是左右为难，一是朱棣正式为帝，这事“晦气”，二是这两具女尸特殊，不报，恐怕朱棣要怪罪。
应天府尹左右思量后还是上报了给朱棣，朱棣一瞧，两具女尸正是方孝孺两个年幼的女儿，此时方孝孺还没有被处死，只是被关押在大牢，方孝孺宁死不屈虽让朱棣心中气愤，说要将方孝孺处死，但心中还是有所考量的。
朱棣率大军从北平出发时，朱棣身边的黑衣宰相姚广孝告诉朱棣：“方孝孺肯定是不会投降的，但希望不要杀他，方孝孺死了，天下的读书种子就灭绝了。”朱棣心想方孝孺不写诏书，自然有人写，便还是举行登基大典。
事实上方孝孺宁死不屈，家人是最先得知的，触犯“龙威”，能有什么好的结果？于是在朱棣登基的前夜，方孝孺的妻子郑氏和两个儿子方中宪、方中愈就自缢身亡了，方孝孺的两个女儿也就跳进了秦淮河，朱棣登基当天被打捞了上来。
朱棣勃然不怒，心想：“方孝孺，你还真是好样的。”朱棣就判了方孝孺“株连十族”，1402年7月25日，方孝孺慷慨赴死，作绝命之词：“上天降下战乱忧患啊，谁知道其中的缘由，奸邪的臣子如了愿啊，求取国柄耍弄计谋。忠正的臣子愤怒悲怨啊，血泪淌流；以此血泪为君殉葬啊，还有什么企求？呜呼哀哉的悲鸣啊，大概不是我的怨尤。”
方孝孺的弟弟方孝友愿与兄长共患难，一同赴刑场，也赋诗一首而死，从此方孝孺的著作也被列为了禁书，朱棣在位时，凡藏书者皆是死罪，但依然有人冒死藏之。