众所周知，朱棣在靖难之役中击败明朝朝廷的军队，攻破南京城，最终登基做了皇帝。在此过程终并非一帆风顺，战争持续了三年，朱棣多次面临危机，才有了最后的成功。明朝军队并非如教科书上说得一无是处，而是给燕军造成了巨大的杀伤，使得燕军多名大将战死，也让朱棣损失惨重。其中不得不提的是魏国公徐辉祖，他在靖难之役中多次扭转败局，让朱棣吃尽了苦头。从战争的发展来看，他几乎就成了朱棣的克星，明军中对燕军唯一保持不败的将领。然而他却不受建文帝朱允炆的信任，多次被调离战场，也让明军丧失了取胜的机会。
魏国公徐辉祖是明朝开国元勋中山王徐达的儿子，其个人能力堪称明朝勋贵子弟中的第一人。从朱元璋晚年的文献看，他是朱元璋留给朱允炆的重要帮手之一。尤其是在军事上的布置，徐辉祖起到了统领明军，制衡九边塞王军队的作用。实际上这个布置从徐达去世时就开始了，到朱元璋去世的时候已经对九边塞王的军队形成了强有力的压制。朱元璋重用徐辉祖，一方面是因为徐达作为开国元勋第一人，在军政两界有着巨大的号召力，另一方面也是因为徐辉祖能力出众，是勋贵子弟中的标杆。
徐辉祖在很年轻的时候就署理左军都督府事，成为明朝卫所军事体系的高级将领之一。明朝建立后朱元璋废大都督府，改设五军都督府，左军都督府便是其中之一。五军都督府管理整个明朝的卫所军事体系，是明朝最高军政机关。徐辉祖能署理其中之一，可见他当时的地位在明军中已经是排名前十的将领。后来他又承担了在陕西、四川练兵，浙江沿海防御倭寇等重责，其军事履历非常全面。在幽燕战线上，徐辉祖曾经是和朱棣并肩战斗的战友。两人联手屡次打破被元军队，将北元将领抓到南京献俘，战绩非常显赫。
朱元璋对徐辉祖很信任，在徐达去世后对其委以重任。徐辉祖不但掌管中军都督府事务，还成为皇太孙朱允炆的属官。在明朝中军都督府是五军都督府中排名第一的单位，徐辉祖事实上成为明军第一人。朱元璋这么安排的意图很明显，他将徐辉祖作为扶持朱允炆上位的重要帮手。徐辉祖在幽燕战线上战功显赫，军事和政务经验丰富，是为朱允炆保驾护航的最佳人选。而且徐辉祖与朱棣共同作战多年，对其知根知底，能够最大限度的压制朱棣的优势。可以说朱元璋的这种安排已经完美的克制了朱棣，能够确保朱允炆政权的稳定。
然而朱允炆即位后却不信任徐辉祖，虽然按照遗诏将徐辉祖任命为太子太傅，却没有让徐辉祖参与朝政。朱允炆更信任文官集团，尤其是兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄。在军事方面，朱允炆又宠信曹国公李景隆，对其赋予了军政大权。而朱元璋遗诏中安排辅政徐辉祖和驸马梅殷都没有进入朱允炆的核心团队，这也成为朱允炆在靖难之役中失败的重要原因之一。
从靖难之役的过程来看，朱允炆对徐辉祖是极端不信任的。作为明军第一人，徐辉祖竟然没有平燕军的最高指挥权，只能作为方面将领参加作战。而李景隆这种只干过后勤和茶马贸易的将领，靠着纸上谈兵居然成为平燕军最高统帅。
除了在军事任命上不信任以外，在日常事务上朱允炆也多次表现出对徐辉祖的猜疑。其中重要的原因便是徐辉祖的姐姐是朱棣的老婆，因此在削藩开始后朱允炆便对徐家严加防范。由于徐达长期执掌幽燕战线，徐家和朱棣是姻亲关系，徐辉祖和朱棣又长期共同作战，这些都成为朱允炆猜忌徐辉祖的根源。徐辉祖不但没法在朝廷中担任重要职务，而且还多次被朱允炆派人试探。其中最著名的便是朱棣装疯事件，朱允炆借此试探徐辉祖对朱棣的态度。徐辉祖虽然提出了正确的建议，结果却加深了朱允炆的怀疑。
当时朱元璋去世后祭祀，朱允炆召朱棣进京。朱棣担心被诱捕，便以疯病为由，派三个儿子前往南京。朱允炆派人试探徐辉祖，询问对朱高炽、朱高煦和朱高燧的处理办法。徐辉祖作为这三个人的舅舅，并没有帮忙遮掩，而是如实相告。他认为这三个人都是英才，尤其是朱高煦军事能力出众，是朱棣造反的重要帮手。同时他建议朱允炆把这三人扣下来作人质，以防止朱棣起兵反叛。朱允炆不听，又拿这个事情去问徐辉祖的弟弟徐增寿和驸马王宁。而徐增寿早已与朱棣暗中勾结，在他与王宁包庇下，朱高炽三人安然返回北平。
从这个事情就可以看出，朱允炆对徐辉祖的猜忌到了丧心病狂的地步。正常的意见听不进去，反常的意见却信以为真。遇到这样的皇帝，明军再强大也不是燕军的对手。更何况当时明军元老相继去世，勋贵二代还没完全成长起来，能力上与朱棣对抗的就只有寥寥数人。
靖难之役开始后，朱棣以八百死士夺取北平城，然后席卷周边各卫所驻军，打起了“清君侧”的大旗，准备南下夺取皇位。朱允炆采纳齐泰和黄子澄的建议，成立平燕军，以李景隆为统帅北上攻打朱棣。而徐辉祖在其中只是领兵三万的将领，军事才能得不到完全发挥。
尽管如此徐辉祖仍旧多次击败燕军，营救李景隆于危难之中。白河沟之战，李景隆五十万大军被击败，徐辉祖率领数万人断后，让李景隆安然撤回德州。灵壁之战中，徐辉祖与朱棣战于齐眉山，明军大胜，斩蔚州卫千户李斌等。然后徐辉祖率领军队乘胜追击，利用暑热天气将燕军逼到绝境。于是燕军内部陷入分裂，一部分支持朱棣继续南下，一部分想返回北平划江而治。然而朱允炆却对徐辉祖的功绩视而不见，以南京空虚为由把徐辉祖调离前线。徐辉祖离开后，燕军很快缓过劲来，夺取了长江北岸的大量战略要地。
然后朱允炆又重新起用徐辉祖守长江浦子口，防止燕军过江攻打南京城。徐辉祖在这里多次击败燕军，朱棣没办法，只能绕道攻打平燕将军盛庸的率领的长江水师。结果长江水师战败，长江防线被突破，燕军兵临南京金川门。然后谷王朱穗和李景隆开金川门投降，朱棣取得了靖难之役的最后胜利。
可以说靖难之役的过程中，朱允炆就没有完全信任过徐辉祖。战争不利时便让其带兵出战，战事略有好转，徐辉祖便被调离前线。如此反复的猜忌和折腾，明军怎么可能是燕军的对手。而与徐辉祖相比，李景隆得到的却是毫无保留的信任，甚至是迷信。
李景隆作为明军的主帅，几乎没有打赢过一场胜仗。明军占绝对优势时，李景隆被朱棣牵着鼻子走，连战连败，丢失了大量有生力量。朝中大臣集体要求处置李景隆时，朱允炆居然出面作保，宁愿将齐泰和黄子澄贬官，也也不愿杀李景隆。只要战事稍有好转，李景隆便官复原职，再次出现在靖难之役前线。
按照朱元璋去世时的安排，朱允炆本可以平稳的过渡政权，逐渐的化解朱棣对他的军事威胁。然而他对李景隆的迷信和对徐辉祖的猜忌打破了军事上平衡的局面，也就决定了靖难之役的结局。可以说朱允炆的刚愎自用才和任人唯亲才是他失败的主要原因，其它方面的原因只是表象罢了。
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