中国古代太医机构的发展经历了一个较为曲折、复杂的过程。周代，宫廷的医师制度是太医制度的萌芽。而太医机构的最早出现在西晋，中央设立医署。至此以后，历代皆有太医机构的设置。
一、西周至东汉时期太医制度的发展
我国古代太医制度最早出现于西周时期。据《周礼·天官冢宰》所记载，周代宫廷设有医师，掌医药政令，并统食医、疾医、荡医、兽医而隶于天官冢宰。并规定“凡邦之有疾病者，范病者造焉，则使医分而治之。岁终，则稽其医事，以制其食。”
周代宫廷医疗及考核制度细致明确，加上医学分科初见规模，职官设置合理，医疗体系完备，开创了我国古代太医制度的先河。并为后世太医制度的健全、太医机构的设立奠定了重要的基础。
秦、两汉时中央设太医令丞，主理宫廷医药事务。太医令一职最早设置于战国时的秦国。秦统一六国之后，在少府下设属官太医令丞。少府乃皇帝私人库藏，太医令丞无疑是专为皇帝提供医疗保健服务的官员。
秦亡汉兴，汉承秦制。西汉在少府和太常下俱设太医令丞属官，形成了两套分属不同系统的太医制度。而东汉时仍如秦制，只存少府属官太医令丞，统领诸医。
太医制度经过西周至汉末一千多年的时间发展，官员的设置和管理逐步完善。东汉时太医官员已有了明确的俸禄制度，如规定“太医令一人，六百石。”同时宫廷医官队伍也渐渐扩大，东汉时就设有“员医二百九十三人，员吏十九人。”另外还涌现了各类医官，诸如尚方、太医监、女医等职，宦官亦开始进入医疗队伍，辅助监督宫廷医疗。由于药物学的发展，还设药方、药丞，药丞主药，方丞主药方。
太医制度发展到这个时候已显得非常成熟，而庞大的医疗队伍和复杂的宫廷医疗迫切需要一个全新的机构来进行管理，太医机构在随后的王朝就应运而生。
二、西晋至元朝太医机构的沿革
根据前文所述，周至东汉，国家虽有太医制度，但是中央未设立专门管理太医、负责医疗的机构。至西晋初期，才诞生了我国最早的太医机构——医署。
西晋初医署隶宗正，东晋时改属门下省，南北朝时沿革易名称为太医署。医署作为全国最高的医药卫生管理机关，使得封建国家的医政管理开始走向机构化、固定化和秩序化。同时，在医署的管理下，以封建王朝最高统治者一皇帝为主的宫廷医疗活动逐步走向制度化和规范化。
隋唐时期中央亦设太医署。隋设太医署令丞统主药、医师、助教、博士之属，皆隶于太常，唐太常寺亦有太医署，以令丞统四博士，教诸医而考课之。另外设尚药局和尚食局，专门为皇帝医疗、饮食服务的。隋时隶属门下省，唐时属殿中省管辖。还设药藏局专门为太子提供医药保健服务。各太医机构之间分工明确，专为皇帝和宫廷皇室提供医疗。其中太医署是隋唐时期宫廷医疗机构中规模最大，官员最多的医疗机构，总理全国医政和医学教育。
宋朝时太医制度沿袭唐制而有所损益。医事行政与医学教育各设机构，分别管理。中央设有翰林医官院，后改称医官局，设使、副使，掌供朝廷医药，并向宫廷、百官以及军营、学校、地方派遣医官。又设太医局，隶属太常寺，置丞、教授等职，专门管理医学教育，培养医学人才。“有九科医生额三百人，岁终则会其全失而定其赏罚。”而殿中、太府两寺亦设尚医等局医官，负责御药和剂和诊疗。辽仿宋制，于北面官设太医局，官有使、副使、都林牙等员，南面官又设汤药局，属内侍省。
至金朝，中央太医机构始称太医院，隶属宣徽院。太医院设提点、使、副使、判官，掌诸医药，总领院事，统诸太医，是专为皇家服务的医疗机构。同时，又设立专为皇帝医疗保健服务的御药院，设提点、直长、都监、同监等属官，掌进御汤药。
元代继承金朝制度，亦设太医院，隶属宣徽院。元代太医院领各属医职，掌奉御医药事，设院使、院判、同知、经历等官。但与金相比，元代太医院无论是在制度还是在规模上都更加齐全完备。太医院的品秩提高，其职权范围也更广泛，它总领全国医政，集行政、医疗、管理于一体，是元朝最高的医事管理机构。另外还设有掌收各路诸番进贡药品的御药院，掌诸医考核和医学教育的医学提举司等医疗机构。总之，元代的太医机构空前完备，制度严密，在中国古代医政史上有重要的地位。
三、发展趋势与不足
自西周至元代，随着古代人民认知能力的提高，以及社会生产力的不断进步，人们对医学、药物学的认识逐渐深入，医疗技术也在不断进步。而最高统治者们对医疗保健的日益重视，使得作为国家典章制度重要一环的太医机构及其制度也随之在继承和变革中不断发展和完善。
太医机构的设置经历了从无到有，从简单到复杂的过程。自西晋医署的设立之后，各类太医机构在中央设立，其职能也有不同。
太医制度的不断的完备，职官设立愈加合理明确，医学分科愈加细致，医官额数不断增加。相关的医官管理、医学教育和医学人才的选拔制度也在不断发展和进步。这些为明代太医机构的建立和完善奠定了非常重要的基础。但是不可否认的是，它们仍存在许多缺陷和不足。
明以前的朝代，宫廷所设太医机构颇多，然而这些机构隶属又各有不同。如唐代时太医署隶属太常寺，而尚食局和尚药局又隶属殿中省，另外负责太子医疗的药藏局又隶属左春坊。太医机构之间的领导和制约缺乏一套固定的规则和机制。这样无疑降低了医疗效率，同时对于宫廷医疗制度的实施和医药的统一管理都产生了很大困难。
到了明代，封建专制主义中央集权空前强化，太医机构的设立亦受中央集权思想的影响，设立太医院协调处置医药机构之间的关系，开始出现了宫廷医药集中、统一管理的局面，大大强化了太医院的作用，提高了医疗效率。