1368年朱元璋在应天称帝（今南京），是为明太祖，正式建立大明王朝。
朱元璋
在明朝建立之初，定都一事有多个地点选择，甚至都要选到朱元璋的老家安徽凤阳了。后来在刘伯温的建议下放弃了凤阳。可能朱元璋也知道应天偏安一偶，不是心中的最佳定都选择。可也是实在没有更好的地方了，西安太远了，不能有力的镇压还未巩固的政权。所以这事可就这样拖下来了。洪武三十一年，太祖病逝。葬入今南京近郊的紫金山南麓独龙阜。独龙阜风水极佳，为了葬修建明孝陵，朱元璋搬走了无数的坟墓，甚至搬走了一座寺庙。皇帝的权力可谓至高无上。话说出殡当天，南京十三座城门同时出殡，让世人不知哪是真，哪是假。无论怎样，明太祖都安静躺在他最终的归属地。明朝的第一个皇帝就这样葬在了应天明孝陵。
明孝陵
再说明朝第二个皇帝建文帝。
建文帝为明太祖之孙。为什么不是儿子继位呢？因为太子朱标在洪武二十五年病逝。朱元璋伤心欲绝，不在再立太子，开始培养朱标之子朱允炆。
太祖病逝以后，朱允炆继位，是为建文帝。由于建文帝不准外地藩王回京奔丧，以及后来的削藩政策。燕王朱棣发动了靖难之役，经过四年的战争朱棣终于夺得了皇位，并在应天称帝。建文帝在一场大火中不知所踪，所以没有陵墓。
明成祖朱棣
在永乐五年，皇后病逝，朱棣命风水师前往北京寻找吉穴，最后定于今昌平天寿山麓，在一个完整的小盆地里。
至此，十三陵的第一个陵，也是规模最大的一个陵长陵出现在了历史的长河之中。明朝中期，明英宗朱祁镇在北征瓦剌的战役中，战败被俘，这就是明朝著名的土木堡之变。
后来考虑到国不可一日无君拥立朱祁钰为帝，为明代宗。到景泰八年，英宗复辟，捣毁了代宗皇帝昌平的陵址。
朱祁钰逝世后，葬于北京西山，是为景泰陵。朱祁钰也是定都北京以后唯一一个没有葬入皇家陵寝的皇帝。
朱祁钰
随着明朝最后一位皇帝崇祯皇帝葬入思陵，明十三陵历时两百三十多年的明朝皇家陵园完成了它的使命。
太祖朱元璋葬于南京，建文帝下落不明，代宗葬在北京西山。其他所有皇帝，共计十三位位葬入陵寝，故此被称为明十三陵。