1955年，卫立煌在有关方面的周密安排下，回到了祖国大陆。他是内战以后，海外归来官职最高的国民党将军。卫立煌是凭战功成为国民党的高级将领的，不过，因为他在抗战中明里暗里帮助过共产党，受到国民党反动的猜忌和监视，虽身为五虎上将，但总被蒋介石处处提防。
抗战初期，卫立煌亲自指挥了忻口战役，虽然这场战役最终失败，但该战役给了日军当头一棒。日军入关以来，还没有遭受过如此打击沉重打击，仅仅在忻口就损失兵力2万多人。要不是蒋介石的心腹爱将刘峙在河北溃败，国军很有可能在忻口取得大捷。无奈，刘峙一跑，娘子关一丢，严重影响了卫立煌的侧后，他只能选择往后撤，不然就会陷入两面夹击之中。忻口会战最终落个不战而败的结局。
真正让卫立煌扬名海内外的是在1943年，此时他担任远征军司令长官，中国军队第2次入缅对日作战。这次远征军战力暴增，盘踞在缅甸的日军被逐渐消灭。滇缅公路全线贯通，国际援助这才源源不断输入内地。对于卫立煌的能力，史迪威在他的回忆录中大加称赞，说他是中国军队中最有才干的将军。蒋介石也知道他的才干，把他与陈诚，刘峙、顾祝同、蒋鼎文共称为国军五虎上将。不过，其它四位是因为听话才能上位，而卫立煌是实打实的上位。这五人当中，蒋介石最不放心的是卫立煌，总是处在被提防的状态。
西安事变后，国共两党枪口一致对外，共同抵抗日本人的入侵。1938年，卫立煌就任第2战区副司令，协助阎锡山保卫山西。在国难面前，他主张国共平等，军用物资要平等对待，不能厚此薄彼。卫立煌是站在抗日角度来主张的，但这个举动遭到了国民党反动派的猜忌，尤其是蒋介石，他在国难当头之时还在想方设法不让共产党坐大，而自己的虎将居然要把物资平等分配，这让他很是愤怒，认为卫立煌居心不良，让特务处处进行监视。
抗日战争胜利后，苦难的中国又陷入了内战当中，蒋介石手握800万军队，打算花一年时间解决共产党。不过，让蒋介石没想到的是，表面强大的国军，内部已经腐烂透顶，先是全面开战失败，后来重点进攻失败。而人民解放军却是越打越强，人民支援的力度越来越大。很快，东北决战开打，人民解放军在东北四处攻城，国军的地盘越来越小。
1947年8月初，身在南京的蒋介石派心腹爱将陈诚远赴沈阳，接替已经焦头烂额的熊式辉。面对国军在东北的烂摊子，陈诚也是束手无侧，一切听从远方蒋介石的遥控指挥。2个月后，人民解放军发动秋季攻势，陈诚的10万部队成了炮灰。1948年元月刚过，陈诚的嫡系新5军，被解放军一阵突袭报销。陈诚感到大势已去，只得请求蒋介石再派能将来接替自己。
蒋介石大骂陈诚无能，火速任命刚回国的卫立煌去东北收拾烂摊子。不过，让蒋介石没想到的是，卫立煌到了东北，居然置自己的命令不顾，一次次地违抗。蒋介石不想数十万精锐被一一消灭，他让卫立煌把主力调到锦州，这样背靠华北好进行支援。但卫立煌拒绝了，他认为解放军机动性强，善于运动战，此时调动，极有可能走不到锦州就全军覆没。
后来，解放军进行关门打狗，要打锦州，蒋介石让他出兵进行去支援，卫立煌还是不为所动，再后来，廖耀湘兵团被围，他还是决定不救，气的蒋介石大骂卫立煌缩头乌龟。
辽沈战役中，卫立煌之所以三番五次拒绝执行上面的命令，源于他深知蒋介石的为人。蒋介石喜欢进行越级指挥，常常以口令行式来发布命令，根本不顾及战局的变化 。要是指挥的好还好说，要是出现败局，那就是下面人无能，必须有人来承责任。卫立煌不愿走别人的老路，还是根据自己判断来决定行动。
1947年11月初，人民解放军推进到山海关一线，东北全境获得了解放。蒋介石心情糟糕到了极点，他于26日发布命令，宣布撤销卫立煌的一切职务，理由是迟疑不决，坐失战机。卫立煌被禁于南京一处私宅，终日受到特务的监视。面对东北的失利，国民党内部开始了推脱，有人趁机散布消息，说卫立煌从抗战开始就跟共产党打的火热，这次在东北按兵不动，是典型的通共行为。要进行严惩。不过，这都是心怀不轨的人进行宣传，没有什么证据，国民党内部无法进行审判。
新中国成立后，卫立煌看不惯蒋介石在台湾进行的秋后算帐行为，选择从香港回到大陆。为了让台湾了解大陆的对台方针，他专门在人民日报发表了《告台湾袍泽朋友书》。报中写出了自己的感受，他说跟蒋介石共事30多年，一心为他卖命打天下，到头来却被怀疑和猜忌，真是跟错了人，希望台湾的同胞早日醒悟过来。