很多时候秦琼都跟武圣人关羽相提并论，关公战秦琼虽然是笑话，但却也可见秦琼在家乡人心目中的崇高地位。
在凌烟阁二十四功臣中，秦琼排名末尾，这并不令人难堪，因为对大唐功劳更大的李勣，也只排到了第二十三位，由此可见凌烟阁功臣的排序，跟战功和人品无关——长孙无忌、李孝恭、杜如晦、魏征、房玄龄排名前五就很说明问题了：在玄武门之变前，魏征和房玄龄杜如晦不过是太子和亲王的参谋和清客而已。
李勣战功卓著，跟李靖并称唐初双子战神，秦琼在隋军、瓦岗军、唐军中都属于定海神针一般的存在，无论是张须陀还是李密李世民，都把秦琼当成最后一张底牌来使用，我们从三次战役中，就能看出秦琼的作用：有秦琼在身后，李世民和李密、张须陀，都会很放心。
秦琼是换过几次阵营，但那是他在选择能济世安民之主，秦琼绝不愚忠，王世充加封他为龙骧大将军，他却弃如敝履，在两军阵前直接投奔唐军——秦琼投唐，军衔实际是降了许多的：王世充给他的是隋朝高级军职，而秦琼刚进入唐营，得到的只不过是马军总管、秦王府右三统军而已。
有右三统军，那么就会有右一、右二和左一、左二、左三，这就是说，如果李世民有一军二师六旅，那么秦琼顶多只是个旅长，更何况秦王府的直属部队远不会有一军之多，而且秦王府除了统军，还有护军，尉迟敬德当过右一府统军、左二副护军，程咬金是左三统军。
秦琼从一个唐军低级将领百战余生，获得了唐高祖李渊的格外礼遇，不但受封上柱国（策勋十二转，也就是建立十二大功方可受封，详见《唐六典·卷二·尚书吏部》）、翼国公，而且还得到了御赐金瓶和热情洋溢的表扬信：“卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？”
对于李世民来说，秦琼就是他最后一道屏障，他之所以敢跟尉迟敬德到王世充军前挑战，是因为秦琼在他身后藏着呢：“太宗将挑战，先伏李勣、程知节、秦叔宝等兵。太宗持弓矢，敬德执槊，造建德垒下大呼致师，引贼以入伏内。于是与勣等奋击，大破之。”
如果敌将过于强悍，那就轮到秦琼出马了：“叔宝应命，跃马负枪而进，必刺之万众之中，人马辟易，太宗以是益重之，叔宝亦以此颇自矜尚。”
有秦琼在身后撑腰，李世民在两军阵前跳得很欢。作为一代英主枭雄，李世民目光是很敏锐的，他知道秦琼无论是在隋军还是瓦岗军中，都是定海神针：张须陀阵亡后齐郡子弟兵没有全军覆没，瓦岗军战败后李密生还，都是秦琼的功劳。
秦琼在齐郡通守张须陀麾下当六品建节尉的时候，跟东阿民团司令程咬金一样，都是为了保卫一方平安，他跟罗士信以一千破卢明月十万流寇，也是为了避免家乡生灵涂炭。
张须陀被瓦岗军李密李勣单雄信设计包围阵亡，是秦琼挺身而出，收拢山东子弟突围而出：“军败，须陀死之，叔宝以余众附裴仁基。”
张须陀阵亡于荥阳大海寺，秦琼带领余部撤退到了潼关——要没有秦琼收拾残局，从齐郡跟张须陀出来的子弟兵，可真就全军覆没了。
秦琼跟随裴仁基投奔瓦岗之后，又得到了李密的格外器重：“密得叔宝大喜，以为帐内骠骑，待之甚厚。”
李密的感情投资，也得到了应有的回报——秦琼救了他一命：“密与化及大战于黎阳童山，为流矢所中，堕马闷绝。左右奔散，追兵且至，唯叔宝独捍卫之，密遂获免。叔宝又收兵与之力战，化及乃退。”
每到关键时刻，尤其是兵败势危之际，秦琼总能挺身而出挽狂澜于既倒，这就是李渊和李世民对秦琼格外敬重的原因，李渊把秦琼派去跟李世民一起镇守长春宫，那也是用心良苦：有当世第一悍将在那里看场子，李家父子睡觉比较安心。
秦琼一生经历过五任领导：左翊卫大将军、荣国公来护儿，齐郡通守、河南道讨捕黜陟大使张须陀，魏公李密，郑国公王世充，秦王李世民，这五位主公，无一例外地给了秦琼格外的殊荣和礼遇，但综合起来看，还是大领导李渊对他最好。
秦琼与李渊惺惺相惜，所以尽管在魏征撺掇下，建成元吉把秦琼列为必杀名单上的头号人物，但秦琼并没有去玄武门大开杀戒，读者诸君可以理解当时秦琼的心情：建成是储君，世民是战友，兄弟阋墙，我们外姓人只能起保护作用而不能参与杀戮。
作为太子建成的谋主，魏征鼓动建成元吉除掉秦琼，这在新旧两唐书中均有记载：“建成荐元吉北讨，乃多引秦王府骁将秦叔宝、尉迟敬德、程知节、段志玄与行，又籍秦府精兵益麾下。”
李建成调秦琼给自己出征，并不是要建功立业，而是图谋不轨，并想在军营之内谋杀秦琼，为此他对齐王元吉许诺：“兵行，吾与秦王至昆明池，伏壮士拉之，以暴卒闻，上无不信。然后说帝付吾国，吾以尔为皇太弟，而尽击杀叔宝等。”
虽然建成元吉的做法令人寒心，但秦琼并没有因此怀恨在心——或许那阴谋本身就不存在，秦琼当然不会知道。
虽然史书说秦琼是站在李世民一边的，但是两唐书都详细开列了玄武门前李世民麾下打手的名单，这两份名单上，都没有秦琼和程咬金的名字，那张名单上第一位是李世民的舅哥长孙无忌，然后是尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁恭、李孟尝——当时秦琼和程咬金都是国公，秦琼还是上柱国，如果他去了玄武门，排名应该在长孙无忌之后、尉迟敬德之前。史书记载了刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁恭、李孟尝等人却不写秦琼程咬金，这不是遗漏，而是这二位根本就没去玄武门。
秦琼就像一个救火队员，杀戮无辜和兄弟相残的血案中，根本就看不到他的身影，但是一旦主公遇到危险，秦琼总是会及时出现，于是有人怀疑：玄武门之变发生时，秦琼不是早已称病在家，就是在秦王府负责留守，李世民要弑兄屠弟甚至威胁父亲，这些事不会让秦琼参与——秦琼跟李渊的关系也很好，他可能会成为玄武门前的变数，而尉迟敬德又打不过他，有秦琼在李渊身边，尉迟敬德就“请”不来宣布建成元吉为“叛逆”的“圣旨”。
秦琼有没有去玄武门，正史记载自相矛盾，但是按常理推断，秦琼是不会参与骨肉相残的玄武门之变的。笔者同意这种推断，但还是有一些谜团待解：魏征曾是秦琼战友，建成元吉都知道秦琼的人品跟李渊的关系，他们真的曾密谋要除掉秦琼吗？秦琼如果参与了玄武门之变，为何“玄武门十大将”中找不到秦琼的身影？秦琼称病在家，是在玄武门之变后，还是他发现李家三兄弟矛盾不可调和，早早就回家休养去了？如果秦琼真的是重病或重伤，那么怎样的伤病，能十二年治不好也不垂危？