1949年，四野南下解放广西，身为广西籍将领的13兵团政委莫文骅，率部解放南宁，担任军管会主任。
在此时，张云逸奉命从华东军区调任广西工作，担任华南分局第二书记、广西省委书记、省长、广西军区司令员兼政委。莫文骅建议他向中央请示，召集百色起义将领入广西工作。于是，莫文骅、李天佑、陈漫远、雷经天等人纷纷野战部队调广西任职。
广西省委、军区成立后，莫文骅担任省委副书记、副政委，省政协副主席，南宁市委、市政府成立后，他又兼任市委书记、市长。
这样一来，莫文骅身兼5职，成为最忙碌的人。
他虽然兼任南宁地方政府工作，主要工作由副书记、副市长负责，他主要工作在省委和军队。
广西是李宗仁、白崇禧起家的地方，也是全国解放最晚的地方。这里有不少国民党散兵游勇、土匪特务9万余人，严重影响新生的人民政权。
莫文骅入桂早，张云逸、陈漫远、李天佑还没有到职，他暂时主持省委和军区工作。剿匪是广西压倒一切的任务，省委提出在6个月内肃清股患。
经过三个月剿匪，广西取得歼匪3万人的胜利。朝鲜战争爆发后，台湾国民党方面遥控指挥，广西土匪又猖狂起来。剿匪政策初衷是好的，镇压与宽大相结合，可基层出现宽严失当的现象，因匪患难分，抓了放，放了抓，导致广西剿匪进度进展缓慢。
军区司令员改李天佑后，他与李天佑制定剿匪计划，剿匪政策进行调整，先收缴民枪，剿匪政策也从严执行。
经过半年多剿匪，到1951年时，广西匪患基本肃清，身兼数职的莫文骅被告知地方化。刚刚抓起地方工作，又被告知调东北军区任职。朝鲜战争时，东北是志愿军的战略大后方，国内部队从东北出发入朝作战，有很多工作需要去做。
莫文骅曾经在东北作战多年，熟悉东北环境，被任命东北军区政治部主任，负责接待等工作。