《水浒传》在中国是一部家喻户晓的著作，其中的东京八十万禁军枪棒教头、豹子头林冲，因他的悲催经历、作战勇猛，受到很多人的青睐。
林冲这个禁军教头有多大含金量，《水浒传》中没有进一步展开，但在《清明上河图密码3》中，斗绝梁兴作为汴京禁军殿前司的教头，被作为主角描述地淋漓尽致。
林冲 剧照
一开始，双杨仓十万石军粮突然不见了，被称为“鬼搬粮”，接着梁兴在奉太尉高俅之命，去宫中领取新火，半路上竟然被一个貌似黑狗怪的东西劫走了，只好偷了个佛灯来交差。
接着梁兴又因为义兄楚澜报仇心切，被朋友下套，被人栽赃一位误杀了假蒋净，这桩凶案又被嫁祸给了雷炮，雷炮的爹前段时间突然在酒店大堂化成了灰，也是离奇的化灰案。
雷炮为了得到老爹生前可能留下的银钱，对妹妹珠娘非常防备，同时一心寻找着存银的票据，不想珠娘利用身边人有的图财有的图色，激得雷炮等人自相残杀，而他老爹留下来的那笔钱，也被证明是子虚乌有的。
与此同时，还出现了一桩食儿案，汴京城内陆陆续续有一百多个小孩被貌似黑狗怪的东西绑架，心急如焚的妈妈们自发组成了“找孩团”，但无论是出钱找高僧大士，还是走街串巷打探消息，没有人能够找到那些孩子的下落。
寻找孩子的妈妈越来越少，还发生了好几起凶杀案，孩子父亲也很伤心，但却并不是积极地找孩子，而是各种沉沦和无奈。
梁兴在案件交织中，自身安全也受到威胁，但他只能继续调查，与“空仓案”有关的人也在暗中调查，并且跟梁兴有了一定联系，但却有不少人死于非命，也让事情更加扑朔迷离。
宋人 剧照
梁兴还发现，这些案子之间都有一些忽明忽暗的联系，“骷髅案”的目标似乎是指向了当时观看龙舟表演的宋徽宗，参与者中有不少都是禁军将士。
一切的线索汇集起来，梁兴有了自己的答案，他把所有案件的相关人等聚拢到双杨仓旧地，首先点破炮匠雷安化灰案，雷安并非自己化灰，而是有人威胁他的儿女，想要他的技术，他没有办法，贼人安排了白家酒肆和泥塑匠帮忙，把一个纸浆糊的假雷安化灰。
真雷安被劫持后，帮忙贼人策划金明池行刺天子案，也就是骷髅案，虎翼营指挥使郭深因儿子被劫，答应贼人一起行刺，但临开炮前反悔，没有酿成大错，郭深还被胁迫把雷炮招入禁军。
贼人没放儿子，郭深的妻子庄夫人知道了，郭深怕庄夫人把秘密泄漏出去，把钥匙给了贼人，庄夫人被杀，一起在家的董嫂也被杀，郭深随后也自杀了。
剧照
这些丢孩子的父亲，大多是禁军将士，还有不少在东南前线跟方腊打仗，贼人利用儿子威胁父亲，还成功将汴京上千口井染黑，双杨仓也被搬空了，但其实是杨树被移走，原位置是一处密道。
梁兴认为最关键的在楚家庄院，他揭出了这里是方腊在汴京的据点，表面以楚氏兄弟为幌子，实际上的主人是管家老何，由于方腊要大闹汴京，楚澜为保命找了蒋净帮忙，却要了蒋净的命，楚大哥则自杀，300多个孩子被囚禁在密室奉教，粮食也全都在密室里。
完成了一桩大事，梁兴感觉很痛快，但还有不少迷点待解，而这显然不是他一个人就能解决的……