日本曆史上有三位幕府将軍：鐮倉幕府将軍，密室幕府将軍和江戶幕府将軍。有趣的是，鐮倉幕府将軍的統治中心和江戶幕府的統治中心位于日本的關東平原，隻有Theoki幕府的統治中心位于大阪平原的京都。那麼，日本明仁政府為什麼要在京都設立執政中心呢？
在元朝（1333年），鐮倉幕府邸後來被天皇聯盟作為聯盟之主的垮台所摧毀。明仁天皇成為幕府時代國内實權最高的天皇，也是國内唯一一位實權最高的天皇。恭帝落幕後，換元建武（東漢元年）并實施改革，徒勞地描繪了中興和王朝等漢光武帝的形象。
然而，天皇的"建武新政"基本上是曆史的逆轉，尤其嚴重損害了主導日本社會的武士階級的利益。是以，皇帝的"建新政"隻實施了不到一年的問題，皇帝完全失望了，大部分武士逐漸聚集在武功首傅尊的臂膀下，準備再建一把幕府将軍。
建武兩年（1335年），足部尊士向後皇帝升起反旗。4月，富裡尊師抵達京都，迫使天皇退位并被軟禁，立隅石的腳握着明日之光，天皇登上皇位，自己掌握了實權，幕府的密室居然成立。雖然皇帝看不出曆史潮流，但卻是一次屢次失敗的不敗之民。
建武二年（1335年）12月，禦道天皇逃離京都，在京都以南重置吉野山。這樣，北京就有了天皇的宮廷，吉野有了天皇的宮廷，兩位天皇都聲稱自己是合法的。是以人們把京都的朝廷稱為"北朝"，吉野的朝廷稱為"南朝"，日本曆史正式進入南北朝時代。
吉野距離京都不到60公裡，南方的主力部隊将在一兩天内殺死京都，導緻在京都部署了大量武士和部隊。由于幕府将軍府大名鼎鼎的建築群的性質，隻有幕府的将軍才能在京都強行部署武士和軍隊。無奈之下，幕府将軍不得不把幕府統治的中心放在京都。
而在武士的"龍興之地"關東平原上，腳李尊立下了一個名為"公倉黨"的"微縮版将軍"。幕府将軍的将軍由長子富利義及其後代世襲，而鐮倉的公設則有世襲的兒子，兒子的兒子和他的後代。在憲兵的安排下，兩位将軍并肩而立，中央幕府隻能統治日本大部分地區。
洪武二十五年（1392年），三代将軍在幕府的密室裡，南北朝的統一，對南京都的威脅基本解除。然而，由于鐮倉公庵的存在和高層幕府将軍在京都形成了利益網絡，是以議院的統治中心隻能繼續設在京都，統治中心幕府直到最後才離開附近。