在非洲貧瘠的戈壁灘上，一家猩猩正在艱難求生。因為土地貧瘠，它們隻能與野豬争奪食物，不時有豹子出沒，威脅着每個人的生命。猩猩們在喝水的時候，另一個族群跑去找另一個項目，雙方為了水資源大打出手。然而，基于動嘴不動手的原則，雙方隻是激烈争吵。然而，對方很有潛力，聲音也很大。瞬間對比老黑帶領的猩猩，隻能匆匆逃離。第二天早上，所有的猩猩都醒了，發現旁邊立着一塊黑色的石碑。這是什麼？很明顯，這裡以前沒有石碑，老黑有勇氣上前摸了摸，其他猩猩都圍了上來。然而，在他意識到之前，猩猩的頭張開了。當老黑再次去找食物時，他順手拿起一根骨頭，朝着地面打去，這一瞬間讓他明白了使用工具的重要性。猩猩們迅速用骨頭殺死野豬，并吃掉大塊瘦肉。是以，既然有了工具，老黑也主動挑釁其他族群，那個族群的首領還在用嘴瞎推。老黑二話沒說，用骨頭把他打昏了，其他猩猩也沖了上來，直接用亂棍打死了對方上司，老黑成功搶回了水坑。他把骨頭扔向天空，摔倒時變成了一艘宇宙飛船。原來，相機早在2000年就已經到了，而且是從天而降。可以看出，此時的科技已經相當發達了。随着鏡頭的移動，我們知道弗洛伊德博士正在轉移到月球上的克拉維斯基地。在這個過程中，他遇到了幾個俄羅斯人，每個人都在講述克拉維斯的傳染病。然而，弗洛伊德對此事保持沉默，然後弗洛伊德博士來到了克拉維斯基地。會議期間，我們知道這裡根本沒有傳染病，這都是為了掩蓋。他們發現了什麼，故意撒謊。博士很快坐上飛船，前往發現神秘事物的地方。在這個過程中，他的同僚介紹他，說這個東西有400萬年的壽命，周圍還有一個巨大的磁場。我們到了才知道它也是一塊黑色的石碑，和幾萬年前讓地球猩猩開始了解的石碑一模一樣。博士順手摸了摸，招呼大家拍照。為了搞清楚，人類立即向木星發射了一艘宇宙飛船。船上有六名船員，他們的名字處于休眠狀态。這兩個飛行員是大衛和弗蘭克，但事實上，這五個人并不知道這次旅行的目的。隻有最後一名機組人員，黑爾9000電腦，知道他雖然不是人類，但他有人類的智慧和情感，這是非常厲害的。而且，整個飛船的操作也是如此。過了一段時間，黑爾告訴大衛，他在ae35區域檢測到一個故障，如果他不修複，飛船将在72小時内失去聯系。大衛毫不拖延地立即駕駛操作艙，拆除損壞的零件。然而，經過檢查，他發現零件根本沒有損壞。發生了什麼事？，難道哈兒錯判錯了嗎？對于這一點，哈二自信地說，他絕對不會犯錯，也是你人類的錯，引起了大衛的懷疑。他認為哈爾在撒謊，于是找了個借口，把弗蘭克叫到手術艙。确定哈兒聽不見後，兩人竊竊私語，一緻認為哈兒叛變了。謹慎起見，他們也決定關掉哈二，後來改為手動擋。雖然哈爾聽不到操作倉對面的聲音，但這家夥會讀唇語，是以他很快就知道了他們的意圖。之後，弗蘭克走出倉庫，将零件放回原處。但在他身後，操作倉自己搬了，他還拔掉了弗蘭克的氧氣管。當大衛看到不對勁時，他立即開車去了營運倉庫。他的同伴肯定已經死了，但他仍然必須找回屍體。然而，大衛剛剛離開哈爾。冰櫃的生命維持系統在睡夢中殺死了三名機組人員，但當大衛回來時，哈爾故意沒有打開艙門，這讓他非常生氣，于是他立即扔掉了屍體，用操作倉的機械臂手動打開了緊急屏障門，讓自己彈了進去，而陰險的哈爾則抽出了飛船的氧氣，于是大衛不得不穿上宇航服，憤怒地來到了大腦控制室。因為哈爾靠記憶卡生活。是以，大衛立即開始抽牌。随着棋子被拔出，哈兒徹底害怕了，開始百般求饒，甚至唱歌。然而，大衛根本不理會，哈兒直到最後一段被拉出來才停止歌唱。這時，他旁邊的電腦上突然播放了一段視訊，視訊内容一定和這次任務有關。直到那時，大衛才知道他被派去調查這塊黑石碑。宇宙飛船終于來到了木星附近，這裡也出現了一片黑色。然而，它比地球和月球這兩塊大得多。顯然，他已經環繞木星多年，然後飛船駛進了一個發光的隧道，就像穿越到了一個蟲洞。不時有一張臉出來，很奇怪。在這個過程中，大衛不僅看到了閃閃發光的星系雲，那個奇怪的絮狀空間，甚至還看到了一個類似胎兒的星系，有點像新生兒的出生過程。最後，大衛從一個房間裡醒來，他實際上通過操作倉庫看到了自己，但另一個人年齡更大。當他們面面相觑時，年輕的大衛消失了。老大衛有了想法，他開始閑逛。然而，在一個房間裡，老大衛真的又見到了他，一個年長的正在那裡吃飯。他們面面相觑後，老大衛消失了，大大衛回到座位上，但此時他在他旁邊的床上。但是出現了一個年長的大衛，同樣的眼神，年長的大衛直接消失了。在年長的大衛面前，出現了一塊黑色的石碑。然後大大衛不見了，一個被白色球體包圍的嬰兒突然出現在床上。顯然，大衛又重生了。這個寶寶是星子，是比人類更進階别的物種。然後星子經過了黑石碑。他來幹什麼？，大家可以猜測一下，反正肯定不是派人來入侵地球的，否則這塊黑石碑在幾萬年前，完全可以不教猩猩，學會使用工具，那麼人類很有可能已經滅絕了，至于這塊黑石碑，電影中并沒有給出解釋，但是大部分人都認為這是一種純意識的智慧能量體，或者是更進階别的外星人，但是他們卻出了身，這可能就是造物主！