托馬森自從加盟的ac米蘭以來，有很長的一段時間都沒有得到什麼機會。直到03~04賽季，托馬森的出場時間得到了提升，他也在各項比賽中打進15球，其中意甲的12粒進球大多都是在替補出場時完成的，是以丹麥人也成為那一年意甲最高效的得分手。托馬森優異的表現，讓時任米蘭主帥安切洛蒂稱其為，“球隊的福星，優秀的幫手”。
在ac米蘭的最後一個賽季，托馬森的狀态有所下滑，隻為球隊攻進了9球。在經曆了歐冠決賽被利物浦神奇逆轉後，托馬森離開了紅黑軍團，加盟德甲斯圖加特。從此，托馬森的職業生涯開始漂泊，也開始下滑，在斯圖加特度過了一個半郁郁寡歡的賽季後。托馬森在2006年來到了西甲的比利亞雷爾了，丹麥人也是以成為國際足壇少數幾位在歐洲主流四大聯賽都進過球的球員。除了意甲、德甲和西甲。其實早在21歲那年，托馬森就曾在英超的紐卡踢過一個賽季，不過由于傷病等因素，他的發揮沒有得到當時的主教練達格利什以及球迷的認可，經驗匮乏的托馬森隻為球隊打進4球。
在國家隊的層面，托馬森是一位極其高效的射手，他一共為丹麥國家隊攻入52球，和尼爾森一起并列為丹麥曆史進球最多的球員。此外，他還在02年和04年兩次當選丹麥足球先生。而他和桑德組成的丹麥鋒線，成為了我看球快20年來，最美好的一段回憶。在體驗了多個國家的聯賽後，托馬森在2008年重新回到了費耶諾德，并在那裡繼續踢了三個賽季。2010年的南非世界杯成為了托馬森作為職業足球員的最後回憶，在和日本的小組賽中盡管他取得了進球，但也在比賽中不幸受傷。由于這一次的傷病，托馬森甚至在2010-11賽季沒撈到一次上場的機會。無奈之下，當時35歲的托馬森隻好宣布挂靴。
在召開新聞釋出會的那天，丹麥人動情地說到：“這是無比悲傷的一天。我已經恢複一年多了，但醫生告訴我，至少還需要三個月，而且不保證能恢複完全。成為一名職業球員是無與倫比的一件事，我為自己的生涯感到驕傲。”托馬森曾經透露，自己是一名狂熱的足球份子，他熱愛綠茵場。是以在挂靴後，托馬森沒有遠離足球，他在荷蘭開始了自己的教練生涯。他的教練生涯首戰選擇了鹿特丹的另一支球隊，鹿特丹精英助理。在那裡，他從助教起步，能力在得到了高層的認可後，在2013年轉為主教練。