衆所周知，“三文魚”不是某種魚類的科學名稱，而是對某類魚的商品俗稱，由于是俗稱，不同人群就會有不同了解。最初是由港澳地區的人們對英文的salmon音譯而來。最國中文的三文魚隻是針對人工養殖的大西洋鲑，而後，國内鳟魚的養殖開始發展，十幾年前有些鳟魚養殖場附近地區的餐廳也以三文魚的名稱來銷售鳟魚，由于三文魚是俗稱，沒有科學定義，是以一直沿用到現在。之是以人們會對三文魚出現争議，其原因在于，一些群體至今仍認為，三文魚隻是大西洋鲑。而另一些人則認為，三文魚是幾種鲑鳟的商品俗稱，分歧由此産生。在此，把鲑魚和鳟魚的關系梳理一下。
在學術界，我們通常用“界、門、綱、目、科、屬、種”對生物進行分類。我們常見的淡水魚類如青魚、草魚、鲢和鳙都是鯉形目；我們今天讨論的鲑、鳟都是鲑形目salmoniformes。鲑形目下面又分25 個科，鲑科 salmonidae 便是其中與我們讨論的魚類（鲑和鳟）最密切相關的科。鲑科salmonidae 又可以分成三個亞科：白鲑亞科、茴魚亞科和鲑亞科 salmoninae，共有約220種。鲑和鳟均在鲑亞科。鲑科的分類如下：
我們通常講的鲑鳟魚類，指的就是鲑亞科 salmoninae，英文的通用名為salmonids。如果從這個意義上講，三文魚包含了 trout 在内的整個大類，其實也是無可非議的。是以把鳟稱為三文魚（淡水/海水）也合乎邏輯。
通常，salmon 主要是指鲑科中的鲑屬salmo 和太平洋鲑屬oncorhynchus（又稱為大麻哈魚）中的一些種類。同樣，trout 則也主要是鲑屬 salmo、太平洋鲑屬(大麻哈魚） oncorhynchus中的另一些種類。鲑salmon 與鳟 trout 所包含的種類其實大部分都是重疊在相同的屬内。從這個意義上講，把鲑salmon和鳟trout作嚴格的區分，其實意義并不大，這也就是國内外都經常把它們合在一起統稱為鲑鳟魚類（salmon and trout）的原因。
通常，鲑 salmon 是指鲑屬和太平洋鲑屬中那些溯河産卵的洄遊性種類，它們在河流中繁殖（産卵）淡水中生長到二齡，然後洄遊到海洋中生長，成熟後再回到出生的河中繁殖，完成生命的周期。
鲑屬、太平洋鲑屬中的鳟魚多數終生生活于淡水中。但問題不是絕對的，虹鳟有兩種生态類型：即海淡水洄遊型和淡水定居型。
三文魚既包含了鲑屬的大西洋鲑，也包含了太平洋鲑屬（即大麻哈魚）的一些種類。幾個相關種類之間的歸屬關系和主要差別：
常見的三文魚：包括鲑屬的大西洋鲑（1種）和太平洋鲑屬幾種（常見有6-7種）。
太平洋鲑：是多種魚類的稱呼，虹鳟是太平洋鲑屬的主要成員，與各種太平洋鲑親緣關系最近。太平洋鲑與大西洋鲑都被稱為三文魚，多數太平洋鲑屬于洄遊性魚類，主要是野生。主産地為俄羅斯勘察加和美國阿拉斯加，所有這些種類就是市場上統稱的野生三文魚。
大西洋鲑：不同于太平洋鲑，僅一個種，以人工養殖為主，主要養殖地為挪威、智利、蘇格蘭、加拿大和法羅群島，屬洄遊性魚類，海水養殖量大，淡水也有養殖。
盡管整個鲑科種類很多，但實際上，真正有經濟價值的種類，或在我國（和國際）市場上的常見種類其實并不多，是以不混淆也容易。
虹鳟、帝王鲑（大鱗大麻哈魚）、秋鲑（大麻哈魚）、銀鲑（銀大麻哈魚）、粉鲑（駝背大麻哈魚）和紅鲑（紅大麻哈魚）。同一行為同一種，左側為雌魚，右側為雄魚。
對于名稱以類别劃分，在國際上也是常見的，例如在美國所說的亞洲鯉魚，多數是白鲢、花鲢和草魚，鯉魚并不多。