東晉從建國開始就是門閥政治，有着“王與馬共天下”的政治格局。西晉從晉武帝司馬炎駕崩之後，智力有問題的晉惠帝司馬衷的繼位。由于晉惠帝掌控不了複雜的晉帝國，有一個虎狼之妻賈南風興風作浪，還有一堆野心勃勃又手握兵權的王爺們虎視眈眈的盯着皇位。最終爆發“八王之亂”，西晉最有實力的八位藩王内讧，為了争權奪利打整整十六年，把個強大的帝國折騰的奄奄一息。這就便宜了周邊遊牧民族，進而引發“五胡亂華”。
北方中原大地戰火紛飛，漢人死傷殆盡，能跑的漢人氏族都全部順江南下，這就是著名的“衣冠南渡”。北方成為胡人的天下，漢家正朔南遷。匈奴人首領劉淵攻入長安俘虜晉懷帝之後，西晉宣告滅亡。琅琊王司馬睿在琅琊世家大族王導、王墩兄弟的協助下在建康登基，建立東晉政權，延續西晉的香火。東晉的建立其實就是皇族和氏族共天下的格局，由于東晉是琅琊王氏支援下建立的。司馬睿作為皇室旁系需要當地門閥支援，不然根本站不穩腳跟。
司馬睿為了感激王導的支援，尊其為尚父，邀請他一起做龍椅，平分天下。王導倒是老成穩住，沒有因為立下擁立之功就得意忘形。相反還非常顧大局，始終把姿态擺的很正不敢逾越。畢竟整個晉朝的天下是氏族的天下，世家大族不止他一家。東晉建立之後有幾大頂級門閥，基本上掌握了朝政。他們分别是琅琊王氏、太原王氏、颍川庾氏、谯國桓氏、陳郡謝氏。他們相繼粉墨登場，輪番唱主角。
孝武帝司馬曜在位期間可以說是整個東晉最精彩的時段，“淝水之戰就是發生在他當政時期，赫赫有名的“北府軍”也是在他那手上建立的。桓溫覆滅還是發生在他執政時期，最關鍵的是他把氏族的權利基本收回，達到了東晉皇權最有威望的高光時刻。按理來說司馬曜就算不能成為雄才大略的君王，起碼也是有作為的中興之主。可事實并非如此，由于後期他荒于政務，整天酒色财氣，還因為一句玩笑話把自己的性命給弄丢了。
司馬曜是晉元帝司馬睿的孫子，父親是簡文帝司馬昱，母親李陵容，東晉第九位皇帝，前期換皇帝換的很勤快。司馬昱生了七個兒子，但奇怪的是前面五個全部夭折，隻有最小的兩個司馬曜和司馬道子兩個活了下來，他倆都是李陵容生的，是一母同胞的親兄弟。本來這皇位也輪不到他，太和六年（371年）十一月，大将軍桓溫帶兵入京發動政變。逼着崇德太後褚蒜子廢掉皇帝司馬奕為東海王，司馬昱就被李為皇帝，司馬曜也水漲船高，從會稽王晉升為皇子。
東晉從建立那天開始就是畸形的王朝，除了司馬睿和明帝司馬紹還算有點權利外，其他幾位皇帝毫無作為，形同傀儡。這種氏族政治在司馬昱時期達到巅峰，桓溫進京逼宮之後，天下大權都是他說了算，皇帝就是個擺設。“政由桓氏，祭則寡人”。連王氏和謝安都俯首稱臣，可想而知桓溫有多嚣張。桓溫野心不僅僅隻是擅權，他還想逼着司馬昱禅位給他。但司馬昱登基才八個月就病重，臨終前把司馬曜立為皇太子。寫下遺诏“大司馬溫依周公居攝故事”，“少子可輔者輔之，如不可，君自取之。”東晉朝廷到了生死存亡的緊急關頭。
以桓溫的權勢完全有可以自立，但江左氏族們不高興了，司馬氏已經在江東傳承了幾代人。世家大族們的利益也基本穩固了，自然看不慣桓溫的改朝換代，誰也不敢保證桓溫會不會損害他們的既得利益。氏族領袖太原王氏的侍中王坦之和琅琊王氏的尚書仆射王彪之首先站出來反對，才讓桓溫稍微知難而退，阻止了桓溫的篡位步伐。
司馬曜得以順利繼位，才十一歲，是為晉孝武帝。司馬曜剛繼位三個月又發生了一件大事，因為發生了道教徒盧悚率衆三百人攻入建康殿庭，掠奪府庫武器。想複辟海西公司馬奕的變亂，這樣一來把矛頭直接指向桓溫。之後桓溫病逝，随着桓溫的死讓谯國桓氏暫時壓制下去了，但氏族政治并沒有停止。太原王氏和陳郡謝氏因為擁立司馬曜立了大功，王坦之和謝安成為新的氏族領袖。
不過王坦之和謝安沒有桓溫那麼嚣張跋扈，他們的利益既然到位就安心輔佐晉室。謝安又請出崇德太後褚蒜子臨朝聽政，“時天子幼弱，外有強臣，安與坦之盡忠輔衛，卒安晉室。”随着王坦之的病逝，謝安的權利更大，但他有一個弱點就是沒有兵權。槍杆子才是王道，桓溫雖然死了，但桓氏并沒有沒落，桓沖是手握重兵在外，謝安重權在内，雙方互相制衡。
司馬曜大婚，取的是太原王氏王濛的孫女王法慧為皇後，他弟弟司馬道子取的王坦之的從侄女為王妃。這樣一來，謝安的權利就減弱了，對司馬曜來說沒有壞處。司馬曜大婚之後崇德太後歸政與司馬曜，謝安晉升為錄尚書事，名副其實的宰相。但謝安并不是無敵的，鎮守荊州的桓沖就是他要忌憚的人，人家手上有重兵。還有北方迅速崛起的前秦也是謝安不得不妨的。謝安就是權利再大，但他手上無兵，這是硬傷，是以謝安比誰都着急想要一支自己的軍隊。
謝安找到機會趁機推薦自己的侄子謝玄為揚州刺史，兩年後又兼領徐州刺史，坐鎮北府（今鎮江）。謝玄趁機招募劉牢之、何謙、諸葛侃等猛将，組建一支後來赫赫有名的北府軍。陳郡謝氏總算是手上有兵了，得到很大的保障，這支軍隊也成為東晉的柱石部隊。前秦天王苻堅雄才大略，在明相王猛的輔佐下統一北方，起初在王猛的規勸下對東晉還算友好。王猛一死，苻堅沒人規勸，誰的話也不聽，發動“淝水之戰”。謝玄率領的北府兵起到關鍵性作用，和桓沖一起同仇敵忾打的前秦幾十萬軍隊“風聲鶴唳”、“投鞭斷流”、“草木皆兵”，慘敗而回。
司馬曜趁着氏族對抗前秦之際提拔重用自己的弟弟司馬道子分了謝安的權。随着桓沖的去世，謝氏已經感到危機感。淝水之戰大勝之後，樹大招風，其他氏族也針對謝氏。加上謝安和謝玄都是名士，對權利欲望沒有太多留戀，漸漸放權。随着謝安受排擠去世，司馬道子掌握軍政大權，沒過幾年謝玄也去世了。随着兩位陳郡謝氏領頭羊相聚離世，代表着謝氏衰敗，司馬曜的皇權蒸蒸日上。
但司馬曜、道子哥倆沒有勵精圖治，反倒沉迷酒色。氏族雖然被壓制下去，但皇室内部又産生沖突，司馬曜的皇後太原王氏一族和司馬道子的王妃琅琊王氏一族又争權奪利。兩兄弟為了争奪荊州這塊肥肉已經公開化了，最後還是皇帝司馬曜占了上風得到荊州。司馬曜的皇後“嗜酒驕妒”的王法慧去世後，淑媛陳歸女和張貴人都得到寵愛。
太元二十一年（396年）九月的一天，司馬曜和張貴人一起喝酒。喝的興起之時，不知道是有意還是無意的，司馬曜喝醉的時候跟張貴人說，你年近三十多年老色衰，又沒有孩子，别占着貴人的位置，我明天就把你廢了換年輕的。氣的張貴人七竅生煙，而司馬曜毫無察覺，越說越有勁。張貴人一不做二不休，等到司馬曜和身邊人都醉倒之後，派心腹宮女用被子把司馬曜活活捂死了，謊稱是皇帝喝醉了在睡夢中“魇崩”，這明顯是騙鬼。
奇怪的是張貴人幹出弑君這種大逆不道的大罪竟然沒有被追加責任，主要是因為司馬道子和他的兒子司馬元顯掌握朝政大權，本身就跟司馬曜不對付，甚至巴不得司馬曜死。皇太子司馬德宗在群臣的擁護下即位，是為晉安帝。這司馬德宗跟晉惠帝司馬衷一樣，智力有問題。權利都在司馬道子手上，就算想替父皇報仇也做不到。
一個貴人就敢明目張膽的謀殺皇帝，還能全身而退，這很可能是一場陰謀。司馬道子父子和心腹王國寶是主謀，看看司馬德宗的樣子就知道。
司馬曜本來可以成為一位有為之君，在他繼位的時期國家有中興的迹象。打赢了“淝水之戰”，建立北府兵，收回氏族權利。但他是有始無終，稍微有點出息就沉迷酒色，導緻自己死于婦人之手。