顧憲成時常上疏直言，得罪權貴，又觸怒明神宗，被革職回家，後與弟弟顧允成維修東林書院，在此宣揚其政治主張，廣招有志之士，發展成了著名的“東林黨”。
顧憲成雕像
顧憲成為什麼那麼厲害
顧憲成，一手創辦了反抗獨裁、廉潔清正的東林黨，在曆史上寫下濃濃的一筆。在那樣的時代，我們無法苛求他能創辦如英法等國的議會體制，其反對獨裁的思想已經難能可貴。
顧憲成被趕回家，不僅沒淡出人們視野，相反名聲暴漲，成了反抗皇權的代表，大家紛紛推舉他再次出山。可見萬曆時期，對大臣還是相對客氣的，這一點比起朱元璋來了，真是進步百倍。若是朱重八老頑固再世，十個顧憲成也斬了，一點兒動靜也别想鬧騰出來。
顧憲成回家後，他弟弟顧允成和同鄉高攀龍也辭官回家。官不當了，但胸中的政治抱負卻不能不實作。三個關心國事，有着一大批同道的三個在野士大夫一核計：辦個學院講學吧!以他們的威望，辦個學院實非難事，東林書院很快成立，東林黨也正式形成。在此後的幾十年中，東林黨彙聚了當時最優秀、最有抱負的士大夫，煥發出不可思議的魔力。它宣傳的反對獨裁的政治觀點和甯為玉碎的高風亮節，成為一種信仰，很多士大夫争先攀附，成為其忠實信徒，終于形成一股強大的政治力量，大到可以掌控大明帝國的時局。
因為始終是幕後策劃者，是以得以善終。但他一手創立的東林黨及其信徒大都沒那麼好運，很多人不僅死的極慘，而且被閹黨誅連九族，慘不堪言。這在楊漣、汪言慎等人的記述中會有詳細記述。
顧憲成評價
顧憲成
《明史》：憲成姿性絕人，幼即有志聖學。暨削籍裡居，益覃精研究，力辟王守仁“無善無惡心之體”之說。
樊樹志：顧憲成在一片诽謗聲中與世長辭。
《劍橋中國明代史》：東林運動的主要創始人顧憲成（1550—1612年），作為吏部的進階官員，成功地阻撓了任命一個翰林學士來上司他自己的部，理由是，所有大學士已是翰林成員，由這樣一個排他的内廷集團控制外廷的一些主要職位将有損于健全的政府的利益。
顧憲成創辦東林書院、發起東林大會、推動了實學思潮的高漲，在東林書院寫下了著名的對聯“風聲雨聲讀書聲，聲聲入耳......”吸引着許多有志之士，被反對者稱之為“東林黨”。
顧憲成與東林書院
顧憲成回到了家鄉，決定從事講學活動，同時宣揚他的政治主張。恰好在無錫有一所宋朝學者楊時曾經講過學的東林書院，他就同弟弟顧允成倡議維修。維修書院的事，得到許多地方人士以至常州知府、無錫知縣的資助和支援，在1604年（萬曆三十二年）修複了這所書院。同年十月，顧憲成會同顧允成、高攀龍、安希範、劉元珍、錢一本、薛敷教、葉茂才（時稱東林八君子）等人，發起東林大會，制定了《東林會約》，規定每年舉行大會一、二次，每月小會一次。
院内現存石碑坊、儀門、麗澤堂、碑亭、道南祠等建築，内有顧憲成所撰名聯：“風聲雨聲讀書聲，聲聲入耳；家事國事天下事，事事關心”。
東林書院既講學又議政，吸引着許多有志之士，包括一些因批評朝政而被貶斥的官吏。他們不顧道路遠近，紛來沓至，人數之多，竟使東林書院的學舍都容不下。
顧憲成曾經說：“在朝廷做官，志向并不在皇上，在邊地做官，志向不在民生，居于水邊林下，志向不在世道，君子是不這樣做的。”他在講學之餘，往往議論朝政，品評人物。朝廷之士仰慕他的風範，多和他遙相呼應。由此東林名聲大噪，而忌恨的人也多。進而被他們的反對者稱為“東林黨”。