木葉村中有三大家族擁有血繼限界，分别是千手一族、宇智波一族與日向一族。千手一族與宇智波一族事實上是木葉村的“執政派”與“在野派”，而日向一族則與前兩者均有血統上的淵源——這一設定，又與曆史上伊賀“三上忍”極為相似。
《火影忍者》中也有“三忍”，指的是三個實力超群的忍者；曆史上的伊賀“三上忍”雖然指的也是三位傑出的忍者，但這一稱号在更大程度上指的其實是三位忍者背後的家庭勢力，是以伊賀“上忍三家”這一稱呼要比伊賀“三上忍”更貼切。伊賀上忍三家指的是百地家、服部家與藤林家，這三家在很長一段時間裡主宰了伊賀流忍者的政治局面，彼此互相競争，一旦有外敵入侵又能同仇敵忾，其關系倒比《火影忍者》中千手一族與宇智波一族要和睦得多。
百地家的代表人物為百地丹波守，本名正西，更響亮的句号為百地三太夫，是伊賀流忍術的重要開創者之一。天正七年，織國信雄統率近萬軍隊大舉進攻伊賀，伊賀忍者奮起反擊，遂成“第一次天正伊賀之亂”。這一戰中，千餘名忍者不斷對德川大軍進行襲擾使後者不戰而潰，伊賀忍者由此聲名大振——而百地丹波守，正是這一戰的主要指揮官之一。不過伊賀忍者的勝利隻是昙花一現，天正九年（1581年）織田信長親征伊賀引發“第二次天正伊賀之亂”，最終攻下了伊賀忍者最後的駐地柏原城，“伊賀惣國一揆”由此成為絕響。一說柏原城冠軍盡數戰死，這其中也包括百地丹波守；另一說百地丹波守順利逃亡，不論哪一種說法，百地丹波守在柏原城之役後便消失于曆史舞台，從此不見蹤迹。
服部家的代表人物更是大名鼎鼎，那便是伊賀流乃至日本曆史上最著名的忍者服部半藏。“半藏”一名是服部家族長的名号，其中以二代目服部正成最為著名，“服部半藏”四字如果沒有其它說明，便特指服部正成。服部半藏号稱“鬼半藏”，位列德川十六神将之一，其名号幾乎成為德川家康忍者軍團的代名詞。
雖為伊賀上忍三家之一，但服部家較早遷離并歸于德川家康旗下，是以躲過了“第二次天正伊賀之亂”的屠戮之禍。服部半藏對後世忍者文化影響極深，廣泛出現于日本文學作品尤其是二次元作品中，《火影忍者》中有“半神”之稱的半藏也即以其為原型。
伊賀上忍三家中最沒有存在感的是藤林家，其首領藤林保豐甚至被很多人認為與百地丹波守為同一個人，之是以化身為二隻是維持伊賀各忍者集團的均衡。不過，藤林家卻出了一位藤林左武次保武——也正是《萬川集海》的作者。如果從立德立功立言三不朽來看，藤林家有此貢獻，也便不枉“上忍三家”的名号了。