9.11事件發生後幾天，美國聯邦調查局（FBI）在波士頓的一家旅館裡找到了駕機撞向世貿大夏的穆罕默德·阿塔的行李。行李中裝有航空公司制服和一盤錄有駕機自殺者留言的錄像帶。FBI也很快确定了19名劫機者的身份，阿塔是埃及人，另一些來自沙特和阿曼。
世貿大廈被撞
德國情報當局在恐怖襲擊事件後監聽到的一個電話通話内容提供了本·拉丹同這起事件的聯系。這是在本·拉丹的信奉者之間進行的一次通話，其中提到了“為作戰而出發的30人”。美國聯邦調查局已經公布了19名劫機嫌疑犯的名字和照片，并且認為，其餘11人是在放棄行動計劃之後逃走了。
19名嫌犯照片（百度照片）
在19名劫機嫌疑犯當中，至少有4人在本·拉丹設在阿富汗境内的營地接受過駕駛訓練，他們在幾年前就有組織地策劃過恐怖活動事件。FBI據信還找到了與本·拉丹有聯系的一個銀行賬戶向參與恐怖襲擊的嫌疑犯轉入資金的證據，德國警方說劫機者在德國漢堡從事整個事件的策劃，英國警方聲稱找到了在英國訓練恐怖襲擊事件參與者的飛行教官。這樣在紐約發生的事件就被與本·拉丹及其在阿富汗的恐怖組織聯系起來。
1、 全球搜捕嫌犯
9．11事件後，聯合國安理會通過了一項決議，要求所有成員國追捕恐怖分子及其支援者，以及為恐怖分子提供經濟支援的集團。全球掀起了一場搜捕行動。
北約駐波黑維和部隊的士兵在薩拉熱窩逮捕了4名嫌疑人，查獲了裝有大量現金的保險櫃。
英國當局9月29日逮捕了27歲的卡邁勒·達烏迪，以及一名阿爾及利亞飛行員，名為盧特菲·拉伊西。檢察官認為，他被懷疑與美國發生的恐怖性襲擊有直接聯系的外國人，現年27歲的拉伊西是一名飛行教員，他曾經給一些9.11事件劫機者講過課，正是這些劫機者開着飛機沖向了五角大樓，但他本人堅決否認與這次襲擊事件有任何牽連。
法國向美國提供了潛伏在美國的恐怖分子紮哈裡亞斯·穆薩維的情報。聯邦調查局認定，9.11事件的嫌犯涉在漢堡待過。 穆罕默德·阿塔（33歲）、馬爾萬·謝希（23歲）以及齊亞德·薩米爾·賈拉這3個人可能就是撞向世貿大廈和五角大樓德3架飛機的劫持者，這三人在案發前一直潛伏在美國，等待行動指令。西班牙警方發現2011年夏天穆罕默德·阿塔曾經出現在巴塞羅那以南120公裡處的地方。
二、認定9.11事件的策劃者是本拉登的親家
英國公布了調查結果，認為穆罕默德·阿提夫負責策劃了整個襲擊過程。阿提夫又名阿布·哈夫斯·馬斯裡，據情報人士透露，他原來是埃及的警察，20世紀80年代的時候四處招募阿拉伯人到阿富汗同蘇聯作戰，還幫助本·拉丹建立了“基地”組織。他是本·拉丹最為信任的、級别最高的助手，同時也是“基地”組織的軍事首腦，1998年他曾經協助策劃了美國駐肯亞和坦尚尼亞大使館爆炸事件。阿提夫與拉登的關系極為密切，今年1月，他的女兒還嫁與了本·拉丹的長子。美國把本拉丹列為頭号嫌疑犯，全球範圍内迅速展開了搜捕活動。
哈立德
穆罕默德·謝赫·哈立德也被認為是911事件的策劃者之一。他曾在美國留學。獲得工程學學位。
三、本拉登9.11事件前夕告訴親人将有重大新聞
本拉登通緝令
“911”事件前夕，本·拉丹加緊了宣傳攻勢，積極地為襲擊猶太人和美國的目标制造輿論。美國新聞界未經證明的報道稱，本·拉丹在9月10日的時候曾經打電話給養母哈利法，告訴她将有“重大新聞”，從此之後杳無音信。8月至9月初的時候，本·拉丹在世界各地的親信還接到通知：要求9月10日前趕回阿富汗。一個有趣的情況是：在2021年，塔利班宣稱9.11事件不是本拉登組織的。
世貿大廈區域
四、美國啟動“最長戰争”
美國認定本·拉丹為恐怖事件的真正制造者，決心嚴厲打擊保護他的塔利班，并将其抓獲歸案。中原標準時間2001年10月8日淩晨零時27分，英美正式對阿富汗發起了第一輪攻擊，美國動用了15架B－1，B－2和B－52轟炸機，包括F－117A在内的25架戰鬥機，發射了50枚巡航飛彈，阿富汗的三大城市喀布爾、坎大哈與賈拉拉巴德均遭襲擊，長達20年的戰争打響了。