關于孤拔之死因，當日中法之間就各執一詞，中方大多稱孤拔是在戰鬥中受傷不治，法方則謂是由于疾病。中方雖然堅稱孤拔為炮火所傷，傷重而死，但是關于具體受傷地點和由何人發炮所緻也是衆說紛纭。從福建到浙江沿海，都宣稱自己在戰鬥中擊傷乃至擊斃了法國艦隊司令。
傳說愈演愈烈，漸成傳奇，比如有一種說法是，浙江的鎮海之戰中，招寶山炮台的費毓卿，在炮台上巡夜，不慎将煙燈扔到了大炮上，随之炮彈擊出，将孤拔擊斃。這一說法的始作俑者，肯定沒有見過招寶山炮台上的克虜伯後膛炮，隻見過有暴露火門的前膛炮，在裝填完畢的情況下，誤點前膛炮火門，會發射出炮彈，但是後膛炮，并不以此點火。
孤拔
另一種說法來自于福建的李世甲，他聽到鄉裡長輩所述，稱孤拔是被“缺嘴将軍”炮所斃。“缺嘴将軍”炮是閩江口要塞禮台上的四尊大炮之一，乃克虜伯二十一生的大炮（生的即厘米，二十一生的即210毫米口徑），因為時常發射，炮口有一缺口，按照清代喜将大炮封為将軍的傳統，故名“缺嘴将軍”。據說戰時因為害怕“缺嘴将軍”發生故障，并沒有讓其參戰，一炮未發，隻是瞄準法艦，到了最後關頭，法國船隻即将逃出射程範圍，炮台守軍忍不住發了一炮，即中法艦，重傷孤拔，然而這一叙述連基本的時間線索都對不上，活活把孤拔之死從1885年提前到了1884年的馬尾海戰。
不過據李世甲回憶，他在1934年擔任馬尾港司令時，那尊“缺嘴将軍”還在炮台上，這一點倒可能不假。據說在抗日戰争中，日軍艦侵襲東南沿海，不少地方還是使用清末留下的火炮還擊，為此還把一些炮台老兵召回以便操作。即以1884年算起，至1934年，整整五十年，天曉得民國的海防建設是怎麼回事。
法國方面的記載則一緻表示，孤拔由于勞累引發舊疾，屬于病死。至于是什麼病，倒也有不少說法，有的說是肝病，有的說是曾得過赤痢，還有的說是“痰症”。根據小水手的描述：
到了五月中旬，他的疾病複發，不再進食。罐頭食品對于一個損傷的胃并不好，他們給他喝牛奶，甚至還到香港找了一頭乳牛，不過肺部已不行，過度勞累了。
由此可見，孤拔的疾病是多方面的，既有胃的問題，又有肺的問題，與“赤痢”、“痰症”倒也相符。另外，法軍在中國東南沿海，尤其是澎湖列島，深受霍亂的困擾，而孤拔還曾到醫院探望病人，并且不做任何防護措施，也有可能感染了霍亂。小水手還在孤拔死後将他的病因歸結為“吃飯吃得太快”，是以導緻胃腸受損。
那麼此前孤拔到底有沒有在戰鬥中受傷，法方的材料來看，沒有一字提及，卻有很多反證可以表明孤拔在臨死前還在指揮艦隊，但是不少中國人卻認為這是“法人諱莫如深，中國反毫無所知”。中法戰争中，清軍對于自己取得的戰果毫不知情的情況确實存在，比如鎮南關大捷中，法軍旅長尼格裡胸部中彈，已經造成了法軍的混亂和潰退，并撤出諒山，但是馮子材等将領全不知曉，還在謀劃由小路暗襲諒山之策。
馮子材
當然，中方不少人認定孤拔受傷的原因還在于法國艦隊從封鎖長江口漕運路線和追擊中國艦隊的行動中撤退。對此，小水手的解釋是水道太淺，法國軍艦上的大炮距離炮台和中國艦隊太遠，根本起不了作用：
他們調查了一下，證明拜雅号（即巴雅号）和凱旋号都不能駛近一千八百多公尺……你看，真的要把水泥工程部份摧毀掉，這就離得太遠了，而且炮在這種距離下也失去了所需的精确度，我們隻能盡我們最大的力量。
你知道要擊破的船隻距離多遠嗎？四千五百公尺……簡直在發瘋！
于是到了1885年的3月23日，巴雅号等艦離開浙江洋面，回到基隆。小水手似乎還很懊惱，不僅戰果“全都在我們手裡溜掉了”，而且他深知和中國人打仗，“隻要一半或四分之一沒有打赢就會遭來最大的痛苦”。不過小水手還是将法國艦隊沒有勉強發起攻擊的原因，歸于“父親”般的孤拔“不會把我們當炮灰”。
關于孤拔死因的争論可能還會繼續下去，但是孤拔确确實實在6月11日這一天，在他本不應該以侵略者的方式來到的中國領地上死去了。小水手傷心欲絕，“哭得像一個淚人”，他第一次也是最後一次參觀了孤拔在艦上的房間，并于13日參加了葬禮。在葬禮上他看見一隻小鳥停在纜繩上，“吱吱地叫得很悲傷”。
孤拔之死