晉元帝司馬睿依靠門閥世家王氏坐穩了皇位，這也為大權旁落埋下了隐患。司馬睿為了拉攏王氏家族，對其家族成員不斷封以高官厚祿，而且進行聯姻迎娶王氏女子為後。這使得本來就在江南權勢顯赫的王氏更是如日中天，世人隻知王而不知馬。
司馬睿為了壓制日益龐大的王氏家族，在朝中培養心腹想要消除王氏的勢力。結果使得王氏的王敦舉兵報複，誅殺其心腹，将司馬睿徹底架空，令皇帝诏書不出宮門。司馬睿晚年就像是被囚禁于皇宮的囚徒一樣，朝政大權被王敦一手把持。那麼司馬睿是怎樣被架空朝政的，他又是怎麼死的?
司馬睿晚年如囚徒
司馬睿剛剛登基那會，與王氏一族還有共同的利益，一個為了鞏固皇位，一個為了通過擁立之功擴大自己的勢力。是以司馬睿與王氏的王導關系很是和睦，把他比作“蕭何”，稱王導為“仲父”。王導對司馬睿的禮遇厚待也是投桃報李，對司馬睿出謀劃策，勸谏他勤政克己，要行仁政于南方，收取民心。
晉元帝司馬睿圖像
不過這場君臣之間的謙恭相敬随着王氏家族的權勢擴張達到巅峰而急轉直下。王氏一族憑借着擁立新帝的首功，攫取了大量的利益，王導在東晉朝廷内出任丞相的高位掌控中樞，王敦手握兵權在長江上遊征讨不臣，鎮壓長江中遊一帶。東晉朝堂和地方官員超過一半與王氏有着直接或間接的關系。在南北朝這一時期，王氏光是皇後就有八位，可見其勢力之盛。
朝政大權盡皆掌于王氏之手，這當然會使司馬睿這個東晉王朝真正的最高統治者産生不滿和忌憚，大權旁落對于皇帝來說就和一般人“生死操于他人之手”一樣感到不安恐懼。是以司馬睿意圖在朝堂之上培養心腹大臣對抗王氏專權，他重用劉隗、戴淵等敢于和王氏抗争的大臣。
司馬睿對于王氏家族的壓制引起了王氏的警惕和反彈。公元322年，手握大軍的王敦于武昌舉兵從長江順流而下直擊建康，以“誅殺奸佞”的名義殺了戴淵等司馬睿在朝中的左膀右臂。再加上王導在内裡應外合，王敦很快就控制了局勢，司馬睿慘敗隻能低頭做小。王敦給自己封官進爵，總攬朝政。4月，王敦班師回武昌，于武昌遙控國家政事。司馬睿這個皇帝政令不出皇宮，完全成了“囚徒”皇帝。
晉元帝司馬睿浮雕