鄭成功畫像
1645年是鄭成功人生轉折年，這一年，南明福王隆武帝被殺，父親降清被囚，鄭家風雨飄搖，母親逃離不及自殺身亡，曾經滿嘴忠孝仁義的大儒師錢謙益也早已降清。身為儒生，從未掌兵的鄭成功令軍民挂孝北祭隆武帝，擇日慷慨悲歌起師反清，把自己所穿的儒生衣服送到文廟燒毀，四拜天地先師，向天地訴說，“昔為孺子，今作孤臣，向背去留，各有作用，謹謝儒服，唯先師鑒之。”從此不再為儒生，号稱“忠孝伯招讨大将軍罪臣國姓”，率屬下九十餘人，乘坐兩艘大艦前往廣東南澳招兵，年二十三。福王死，鄭成功尊廣東肇慶的永明王，改元永曆。與此同時，跟随鄭芝龍降清的施琅等部被分散到了清軍平廣東的隊伍中，深受壓抑，1648年，施琅（施琅從軍得益于他的族叔曾任鄭芝龍帥府将中軍施福的提拔）帶着弟弟施顯，以及約五百人的隊伍回到了鄭成功身邊，成為其得力的左先鋒。
施琅劇照
從1648到1651年中，施琅作為鄭成功的左臂右膀，為鄭家軍的重新聚集和強大立下了汗馬功勞。然而，在如何反清，如何發展和儲存實力的戰略和戰術等問題上，鄭家軍内部意見不一。鄭家軍将領皆認為，鄭軍繼續擁護南明。但現實是，南明軍隊面對清軍的進攻節節敗退，不僅無力支援鄭軍，還需鄭家軍救援，甚至要求鄭軍舍海就陸，深入廣東、廣西、雲南作戰，這不是鄭軍的特長。另一個現實是，鄭軍也無力單獨面對清軍。于是，衆将皆認為，可以向外借兵，向日本求救兵，然而，鄭成功派張光啟出使日本，收到的回複是不允，但為表示情誼，日本幕府贈送了鹿铳、盔甲，倭刀等物資。現在的問題是，南明桂王永曆要求鄭軍救援廣西，該怎麼辦？鄭成功的主張是，既然我們始終是支援明，就要接受号令，為大局而登陸作戰，這是鄭家軍的使命。另一方面，施琅等部分将領認為，鄭家軍隊優勢在海上，不在陸上，是以不宜舍海就陸，要固守廈門等海島，儲存和發展實力才是根本。在如何儲存和發展實力的政策上，如部隊缺糧要不要劫掠廣東百姓，鄭成功是主張為了大局和部隊穩定需要劫掠，施琅提出發對。
鄭成功好大喜功
面對反對意見，鄭成功皆一一否決，而後來的事實無一不證明了施琅的意見是對的。然而，這種正确的意見并沒有讓鄭成功更重視施琅，反而因戰略戰術的不同意見，逐漸變成了雙方的隔閡。在鄭成功率部登陸作戰時，特意把施琅留在了後方，以副将蘇茂統兵，剝奪了施琅統兵的權力。結果就在鄭成功率部前往廣東南海作戰時，清軍乘着鄭軍後防空虛進攻廈門。鄭軍留守部隊懦弱無法抵抗，幸得施琅臨時組織一部分鄭家軍堅持戰鬥，最終在援兵到來之後守住了廈門，保住了鄭軍的根據地。施琅滿以為這次，鄭成功會讓他官複原職，結果被鄭成功駁回。施琅非常郁悶，甚至說要出家為僧。鄭成功不為所動，但授予他前鋒将軍，不過，部隊需要自己招募。
施琅和鄭成功從互相信任的兄弟到互相猜忌，因1652年“曾德事件”雙方關系徹底破裂，由此兩人的關系和命運發生了巨大的轉變。曾德是施琅手下的标兵（又說是親軍），因為違背軍法（具體已經不知）害怕受到施琅懲處，自認為與鄭家關系不錯，逃到鄭成功處尋求庇護。結果，鄭成功似乎沒有經過具體的詢問，就把曾德當做自己的親軍随從。施琅更加生氣，認為鄭成功是非不分，趁着鄭成功不在，帶領士兵直入帥府抓了曾德，準備重申軍法處斬。鄭成功得到消息後怒不可遏，派人下令施琅刀下留人。施琅不聽，斬殺了曾德。鄭成功以此認為施琅居功自傲，目無軍令，下令拘禁施琅及其家人。施琅的弟弟施顯統兵在外，聽說後立刻趕回希望向鄭成功說情，也被抓。施琅聽說鄭成功準備嚴厲處置他的内部消息後，向囚禁他的士兵謊稱藩王（鄭成功）赦免他，條件是交兩千金，現手頭隻有一千多，還需借貸。于是，士兵帶着他去借貸，結果施琅半途逃脫，躲在一個巨石後連續五天。後實在受不了，施琅就趁機躲進之前心腹部将蘇茂家中。蘇茂為人仗義，不忍出賣老長官，派遣幾個核心手下帶着船把施琅送到海上北渡，前往大陸，其族叔武毅伯施福聞信也潛往大陸。鄭成功由此勃然大怒，下令殺蘇茂、施琅的父親和弟弟，而後也認為這是無意中惹一恩怨，成一禍胎。從此，施琅與鄭成功的情誼再也無法挽回，施琅投降清軍，誓報家仇大恨，最終成為鄭家的掘墓人。
施琅降清
施琅降清，初期并不受重用，加之清軍也不重視海軍的建設，施琅可謂郁郁不得志。1656年，施琅因功授同安副将，1659年授同安總兵，直至1662年才授福建水師提督。而與此同時，在與清軍海戰中，鄭家軍皆獲得勝利，清軍不得不再行招撫之策，如1653年，1654年兩度敕封鄭成功“海澄公”，承諾給予泉州、興化、漳州、潮州等府作為其兵馬駐地。鄭成功稱“清朝沒有誠意”，并謂“我一日未受诏，父一日在朝榮耀”，兩次拒絕清朝提出的條件，堅持抗清。1657到1659年， 鄭成功先後帥軍進行了三次北伐，最成功的一次是1659年一度占領南京，然而因為台風，以及戰略和戰術的失誤，如沒有占領崇明島作為海上基地，最終都在清軍強大的陸路攻擊下最終失敗。三次北伐，鄭家軍可謂損失慘重，元氣大傷，加之陸地大的據點相繼失去，兵員軍糧補給都成了問題。與此同時，清順治帝在降将黃梧的建議下，1655年為防止沿海群眾通過海上活動接濟反清抗清勢力，下令沿海省份“無許片帆入海，違者立置重典”的海禁。1661年更強行将江、浙、閩、粵、魯等省沿海居民分别内遷三十至五十裡，設界防守，嚴禁逾越。在此背景下，把台灣建成鄭家反清複明的根據地，逐漸進入了鄭成功視野中。
收複台灣戰略
台灣，自顔思齊、鄭芝龍以來，一直以魍港（今台灣省中部嘉義縣）為海盜兼商業基地，随着鄭家的降明，鄭氏的重心轉移到了福建安平和廈門一帶，台灣不在由鄭家集團直接控制。而此時台灣的現狀是，荷蘭人驅逐了在台灣北部基隆的葡萄牙人，又控制了台灣南部，并建立了赤坎城和台灣城（又名熱蘭遮城，以荷蘭澤蘭省 zeeland命名），控制了整個台灣島。而随着反清事業的不斷發展，鄭成功以保護中國海商的利益為己任，也開始向台灣島征稅，希望增加收入。但由于鄭家在台灣已經沒有實際的控制，這種稅收就很難實作。另一方面，荷蘭殖民者強烈反對，并以武力相威脅。在這種情況下，1654年，鄭成功以中國海商在菲律賓馬尼拉受迫害為由，頒布公告禁止與荷蘭人的貿易。1656年，為報複荷蘭殖民者對鄭家貿易的破壞，下令封鎖荷蘭人的貿易,并派出官員到台灣進行貿易管理。荷蘭人非常憤怒，認為鄭成功觸犯了尊貴的荷蘭公司的權威，台灣是荷蘭人實際管理的地方。鄭成功則認為該島一向是中國的，當中國不需要時，它可以允許荷蘭人暫時借住；現在中國人需要它，來自遠方的荷蘭客人，自然應該把它物歸原主。随着貿易禁令的生效，荷蘭殖民者開始尋求與鄭成功的談判。
何斌劇照，功臣或者間諜
何斌，一個在台灣會荷蘭語的中國貿易商，也是荷蘭在台灣向中國人收稅的最大的稅收承包商，這樣一個略顯複雜的人物随即成為鄭成功與荷蘭殖民者溝通的重要使者。何斌在鄭成功與荷蘭殖民者間往往做出兩面角色：一方面，荷蘭殖民者對何斌是既依靠他，又懷疑他的态度，希望何斌與鄭家溝通，解除貿易禁令；另一方面，鄭成功要求荷蘭向他稱臣納貢，定期輸送稅收銀兩，并派官員到台灣向所有人征稅，包括荷蘭人。最終，何斌帶回鄭家解除貿易禁令的條件是善待在台灣的中國船隻，并要求寫信給馬尼拉政府不要破壞鄭家的在東南亞的貿易船隻。荷蘭人一看條件如此簡單，是以愉快的同意了。然而，何斌卻隐瞞了鄭成功的真正條件：荷蘭向鄭成功納貢通商，進獻國外珍奇寶，“年輸饷五千兩，箭柸十萬枝，硫磺千擔。這些解除貿易禁令的條件，荷蘭人是毫無所知，而這些條件是何斌在做荷蘭稅收承包商中通過各種方法私下來實作。”。這種欺上瞞下的做法，無法持久，到1659年，何斌債台高築，欠荷蘭東印度公司17122.5 裡爾，欠台灣的私人債務五萬裡爾之多，這在當時是一筆巨大的債務。不巧的事，何斌的生意的接連出現了問題，加之在台灣的包稅權又被荷蘭人被剝奪。為此，何斌不得不依靠鄭成功，以國姓爺的名義在台灣悄悄收稅。1659年4月，何斌被告發，荷蘭人逮捕了何斌，荷蘭人評議會取消他所有的職務，并進行300裡爾的罰款，這就是“何斌事件”。随後，何斌偷跑廈門，向鄭成功獻台灣形勢圖，盛贊“台灣沃野千裡，實霸王之區。若得此地可以雄其國，使人耕種，可以足其食”建議鄭成功趁機收複台灣。