(1)中央官
明朝中央官制有四個顯著的特點。具體如下：
第一個特點是廢除了丞相制度。明初沿元制，設中書省和丞相。洪武十三年(公元1380年)，明太祖鑒于元末丞相權力很大，足以廢立皇帝，又因本朝丞相胡惟庸擅權撓政，于是在殺掉胡惟庸後，立即宣布廢除中書省，罷丞相不設。從此，長期存在于中國曆史上的宰相制度被廢除了，明清500多年推行的是無宰相的君主專制體制。廢丞相後，明朝中央機構重新進行調整，形成了以六部為主幹，府部院寺(司)分理政務的行政格局。
六部按其序列是吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部。從隋唐到明初，六部雖屬中央重要部門，但不直接隸屬于皇帝，或隸于尚書省，或隸于中書省，職權有較大的局限性。廢丞相後，六部直屬于皇帝，成為中央主理政務的最高一級權力機關。吏部是管理文官的機構。下設文選、驗封、稽勳、考功四司。戶部是管理土田、戶口及國家财政的機構。下設十三司，司名與明代地方十三省區的名稱相對應。各司又分民、度支、金、倉四科。戶部庫藏稱太倉，是明朝的國庫。禮部是主管禮儀教化的機構，下設儀制、祠祭、主客、精膳四司。兵部是主管軍政的機構，下設武選、職方、車駕、武庫四司。刑部是主管刑政的機構，下設十三司，司名與戶部相同。工部是主管工程建設的機構，下設營繕、虞衡、都水、屯田四司。六部長官是尚書，副貳是左、右侍郎，同稱正官或堂上官。司又稱清吏司，設郎中、員外郎、主事，同為屬官。郎中視為正郎，員外郎視為副郎。又設司務為首領官，負責部内庶務。
府、院、寺、司是與六部相配合的機構。與禮部相關的機構有宗人府、太常寺、光祿寺、鴻胪寺、行人司、國子監、欽天監、太醫院、教坊司、僧錄司、道錄司等。宗人府，主管皇室屬籍及纂修玉牒(皇室宗譜)。 與兵部相關的機構有五軍都督府和太仆寺。明初設大都督府，由元朝樞密院演變而來。廢丞相後，大都督府改為中、左、右、前、後五軍都督府，簡稱五府。五府各設左右都督、都督同知、都督佥事等正官，掌管兵籍及天下都司衛所(詳後)。五府正官俱系武官。衛所有的設在京師，有的設在地方。京師為天子居地，全國都會所在，衛所設定最多，稱京衛。京營是軍事編制，又稱三大營，即五軍營、三千營、神機營。三大營各設提督太監、武臣、掌号頭官統領。各軍分設坐營官、把總、坐司官、監槍内臣、把司、把牌等。景泰時候，京營改為團營。嘉靖時候，恢複三大營，以大将一員統率，稱總督京營戎政，以文臣一員輔佐，稱協理京營戎政。下設副将、參将、遊擊、佐擊、坐營、号頭、中軍、千總、把總等。五府與兵部分權。兵部管軍政，參與調發，但不具體治兵；五軍都督府管兵籍，但不得調動軍隊，戰時由皇帝另派總兵官統帥。太仆寺是掌管馬政的機構，設卿、少卿、寺丞等正官。 與刑部相關的機構有大理寺、都察院，合稱“三法司”。大理寺是負責複審平反刑獄的機構。也就是說，刑部審理的案件，要經過大理寺複審。大理寺的正官有卿、少卿、寺丞。下分左、右二寺，各設寺正、寺副、評事等官。左寺負責兩京五府、六部、京衛等衙門的刑案，右寺負責順天、應天兩府，南北直隸衛所、府州縣并在外布政司、都司衛所的刑案。都察院對司法也有監察之權，重大刑獄往往由三法司會審。都察院的前身是禦史台，也在廢丞相後革除。洪武十五年(公元1382年)始置都察院。都察院是最高監察機構。設左右都禦史、左右副都禦史、左右佥都禦史，以及按行省劃分的十三道監察禦史(簡稱禦史)。都察院稱風憲衙門，以肅政饬法為職。都禦史與六部尚書地位相同，合稱“七卿”。禦史品秩不高，但很有權威，在朝可以監察中央各官署，糾舉百司之官中的弊政；出使地方，有巡按、清軍、提督學校、巡鹽、茶馬、巡漕、監軍、屯田等職務。其中巡按禦史是代天子巡視地方，有考察、彈劾地方各級官長的權力，重要的情況奏請皇帝裁斷，一般的事情可以自行處理。 此外，還有通政使司。這是明朝創設的機構。掌管出納帝命，受理内外章疏，被稱作是天子的“喉舌之司”。設通政使、左右通政、左右參議等正官。七卿加上大理寺卿、通政使，合稱“九卿”。
第二個特點是内閣制的确立。明太祖廢丞相後，直接指揮六部百司，親裁獨斷，事實很難辦到。是以必須搞個“秘書處”，幫助他處理政事。洪武十五年(公元1382年)，明太祖仿宋朝制度，設華蓋殿、武英殿、文華殿、文淵閣、東閣大學士，統稱殿閣大學士。以後，明仁宗又增設謹身殿大學士。世宗時候，改華蓋殿為中極殿，謹身殿為建極殿，共四殿二閣。不過洪武時的殿閣大學士隻備顧問，不參與政事。到明成祖即位後，才正式在皇帝和六部之間成立内閣。閣指文淵閣，在午門之内，文華殿南面，因地處宮内，閣臣又常侍皇帝于殿閣之下，避宰相之名，故稱内閣。最初選翰林官入閣，漸升學士、大學士，一般五至七人。後以尚書、侍郎授殿閣大學士，入文淵閣辦事，地位升高。明中葉以後，主持閣務的大學士稱首輔，其餘稱次輔、群輔。内閣的職責是“獻替可否，奉陳規誨，點檢題奏，票拟批答”(《明史·職官志》)。題奏，指題本和奏本。明朝因公事上呈皇帝的本章叫題本，為他事上呈皇帝的本章叫奏本。票拟，又稱票旨、條旨、調帖，指六部百司題奏上呈後，内閣根據皇帝的訓示草拟批文。因拟稿用墨筆寫在發票上，故稱票拟。有人認為入閣就是做丞相，其實不然。第一，内閣大學士不執政，執政的是六部尚書；第二，内閣大學士各自分權；第三，内閣之職，最重要的是票拟，但票拟要嚴格按照皇帝的意志去做，經皇帝批示後才能下發。是以明代内閣大學士葉向高總結說：“祖宗設立閣臣，不過文學侍從，而其重也止于票拟，其委任權力與前代之宰相絕不相同。”(《明神宗實錄》卷五一一)
與内閣關系密切的有兩類機構。一類是中書科、尚寶司、六科。這三個機構與内閣一樣，都設在皇城之内，稱禁直機構。禁直，是入值宮中的意思。中書科，設中書舍人，承辦書寫事務。與唐代中書省屬下中書舍人的地位不能相比。尚寶司，設卿、少卿、司丞，掌管印玺信物。六科是吏、戶、禮、兵、刑、工六科的簡稱。各科設都給事中、左右給事中、給事中。給事中也是小官，掌侍從、規谏、補阙、拾遺、稽察六部百司之事，對皇帝的敕命、臣下的章奏有封駁權。給事中又與禦史合稱科道官、台省官、言官、台瑣清班，頗能左右朝政，在明朝政治舞台上是一支十分活躍的力量。 另一類機構是翰林院、詹事府。翰林院是朝廷專司筆劄文翰之事的機構，負責制诰、修史、文翰等事。設學士、侍讀學士、侍講學士、侍讀、侍講、《五經》博士、典籍、侍書、待诏等官。又有史官修撰、編修、檢讨及庶吉士。翰林官在明朝品秩不高，但地位不低。内閣成員一般都是翰林出身。庶吉士是在翰林院進修的進士，日後有可能進入内閣，當時被人視為“儲相”。詹事府是輔導皇太子的機構，設詹事、少詹事、府丞等正官，下設左右春坊和司經局。春坊官有大學士、左右庶子、左右谕德、左右中允、左右贊善、左右司直郎、左右清紀郎，分管與太子相關的各種事務。司經局設洗馬、校書、正字等官，負責圖書的整理刊輯。翰林院和詹事府的官員常不全設，往往互兼，均受内閣提調。
第三個特點是宦官衙門淩駕于政府機構之上。明朝宦官機構稱二十四衙門，由十二監四司八局組成。十二監是司禮監、内官監、禦用監、司設監、禦馬監、尚膳監、尚寶監、印绶監、直殿監、尚衣監、都知監、神宮監。四司是惜薪司、鐘鼓司、寶鈔司、混堂司。八局是兵仗局、銀作局、巾帽局、針工局、内織染局、酒醋面局、司苑局、浣衣局。最初，各監設太監、少監、典簿、長随、奉禦等；各司設司正、司副；各局設大使、副使。以後，二十四衙門俱設掌印太監。太監一詞，在明朝是指最高一級宦官，以下有少監、監丞、奉禦等。掌印是職務，其他職務名稱有提督、秉筆、随堂、管理、掌司、寫字、佥書、監工等。同為太監，可以是掌印，也可以是提督、秉筆、随堂、管理、佥書。如司禮監，除掌印太監外還有提督太監、秉筆太監、随堂太監。司禮監代替皇帝用紅筆批示内閣的票拟叫“批紅”，代傳皇帝的指令叫“中旨”。司禮監還控制東廠和錦衣衛。東廠是掌管偵伺緝捕的特務機構，始設于永樂十八年(公元1420年)。以後還有西廠和内行廠的設定，但都不如東廠長久。錦衣衛設于洪武十五年(公元1382年)，屬京衛中的親軍衛，下轄17個千戶所，由皇帝親信的勳戚都督統領。錦衣衛下還設北鎮撫司，專典诏獄。诏獄是指皇帝親自處理的重大刑獄，不受三法司節制，明朝人稱之為“人主私刑”。明中葉以後，錦衣衛常常由司禮監私人出任，是以廠衛相結，構成獨立而又完整的司法監察系統。在中國曆史上，明朝宦官機構之龐大，設定之完備，是空前絕後的，并足以與官僚機構相匹敵。在皇帝有所作為的情況下，兩個系統有互相制衡的作用，進而加強皇權。
第四個特點是北京、南京各設一套中央機構。中國曆代王朝多實行兩京或多京制。明朝也實行兩京制，明成祖遷都北京，南京稱留都。與前代不同的是，南京保留下一套完整的中央機構。兩京機構有相同之處，如南京除不設内閣外，也設有五府、六部、都察院、大理寺、通政使司等機構，官員品級也完全一樣。不同的是，南京各機構定員少于北京，正官一般不設左職，如六部不設左侍郎，都察院不設左都禦史。屬官不僅設員少，而且常不全設，責權也小于北京。有的是架構式機構，如南京詹事府、宗人府等，即使非架構式機構，職事也比較清閑。是以明朝官吏視南京官為閑職，由北京調往南京視為左遷。南京官的核心由南京守備、協同守備、守備太監、參贊機務等官組成。明朝第一任南京守備太監就是曾經七下西洋、在世界航海史上做出巨大貢獻的鄭和。
(2)地方官
明朝地方省級組織設都布按三司。布，指承宣布政使司，簡稱布政司。明初，沿元制，地方設行省。洪武九年(公元1376年)廢行省，改置布政司。到宣德三年(公元1428年)，正式定為浙江等十三布政司。布政司主管一省民政、财政，設左右布政使、左右參議、左右參政等正官。按，指提刑按察使司，簡稱按察司。按察司主管一省司法和監察。設按察使、副使、佥事等正官。都，指都指揮使司，簡稱都司。都司掌管衛所。明朝都布按三司分理地方軍政事務，意義在于它們是替中央承宣布政，不是分權給地方，不像元朝行中書省那樣無所不統。三司之間互不統屬，布政司多受命于吏部、戶部，按察司多受命于都察院、刑部，都司統于五府，受命于兵部。但邊區所設都司衛所又與内地不同，不完全是軍事組織，主要是行政機關，官員由少數民族首領擔任，如東北部的奴兒幹都司及其衛所。而西南等地則沿用元制，仍設宣慰使司、宣撫使司、軍民萬戶府等土司機構。在西部地區，即今西藏、昌都地區、青海、雲南、甘肅、四川等地的藏族居民住區，既有都司設定，如朵甘、烏斯藏都指揮使司，又有宣慰使司、招讨司、萬戶府的設定。
省級以下分府、州、縣三級，既是行政區，又是官署名。其中州有散州(亦稱屬州)、直隸州之分。“屬州視縣，直隸州視府，而品秩相同”(《明史·職官志四》)。府、州、縣各設知府、知州、知縣為長官。北京所在地稱順天府，南京所在地稱應天府，長官稱尹。明朝兩京府的官員列入中央系統。府、州、縣又有佐官和負責具體事務的官員。知府的佐官有同知、通判、推官。知州的佐官有同知、判官。知縣的佐官有縣丞、主簿。儒學，府設教授、訓導，州設學正、訓導，縣設教谕、訓導，主管教誨生員(學生)。巡檢司，設于關津要害之處，有巡檢、副巡檢，負責緝捕盜賊，盤诘奸僞。驿，設驿丞，負責郵傳遞送之事。稅課司(局)，設大使、副使，主管稅收。此外，還設有醫學、陰陽學、僧道、倉庫、河泊等各種官吏，分工比前朝更加細密。
明朝通過督撫加強對地方的控制。撫，指巡撫，其名始于明太祖派懿[yi意]文太子巡撫陝西。永樂間派朝臣出巡地方，于是産生了巡撫制度。宣德時，各省常設巡撫漸成定制。巡撫是“巡行天下，撫治軍民”的意思。督是指總督，或稱總制、總理，分專務和地方兩種。專務總督始于宣德年間，有糧儲總督、河道總督、漕運總督等名目，職在所務，兼及軍事。地方總督始設于正統年間，初設于邊地，其後沿海、内地皆設，以軍務為主，如薊遼總督、陝西三邊總督、山西、宣大總督等等。督撫也有合于一身的，如總督糧儲兼應天巡撫。設督撫也是明朝官制的特點。督撫是中央派員，皆加都察院正官銜。目的是以文臣鉗制武臣，協調各省、各(軍)鎮及省内三司間的關系，統一事權，防止互不相屬，運轉不靈。
明朝地方還設有各種專務機構。都轉運鹽使司、鹽課提舉司，掌管鹽政。都轉運鹽使司，設正官都轉運使、同知、副使、判官等。下轄各鹽場鹽課司、各鹽倉、各批驗所，分設大使、副使。鹽課提舉司，設正官提舉、同提舉、副提舉等。行太仆寺、苑馬寺，是管理馬政的機構，與太仆寺無隸屬關系，并聽命于兵部。設官與太仆寺同。太仆寺、南京太仆寺主要負責兩京畿、南北直隸及河南、山東之區的馬政，以備京營之用。行太仆寺、苑馬寺負責其他地區的馬政，以備各邊鎮征調。市舶提舉司，簡稱市舶司，設于廣東、福建、浙江等省，為掌管海外各國貢使朝貢互市的機構。設正官提舉、副提舉。茶馬司，設于陝西、四川等地，專理茶馬交易。設大使、副使。
(3)品階勳爵
明朝文官品級分為九品正從十級。武官分六品正從十二級。品級很重要。第一，明朝職事官地位高下由品級來決定。如尚書、都禦史是正二品，侍郎、副都禦史是正三品。文官最高為正二品，再往上升是加官、贈官。加官、贈官有三公(太師、太傅、太保)、三孤(少師、少傅、少保)，太子三師(太子太師、太子太傅、太子太保)、三少(太子少師、太子少傅、太子少保)。三公正一品，三孤、太子三師從一品，太子三少正二品。第二，品秩與俸祿有關，品秩高，俸祿也高。第三，散官、勳官等榮譽稱号的授予都與品秩相關。有品秩的官員稱入流，沒有品秩的官員稱未入流。
散官有文散、武散之分。文散從正一品初授特進榮祿大夫，升授特進光祿大夫，到從九品初授将仕佐郎，升授登仕佐郎，共四十二階。正二品至從四品，除初授、升授外，還有加授。官員初仕一般授予初授散階，三年考績合格，升授散階，六年再考合格，加授散階。武散從正一品初授特進榮祿大夫，升授特進光祿大夫，到從六品初授忠顯校尉，升授忠武校尉，共三十階。
勳官有文勳、武勳之分。文勳授予五品以上、六年考績合格的文官，從正一品左、右柱國至從五品協正庶尹，共十等。武勳授予武官，從正一品左、右柱國至從六品武騎尉，共十二等。
宗室封爵有親王、郡王、鎮國将軍、輔國将軍、奉國将軍、鎮國中尉、輔國中尉、奉國中尉八等。親王府設王府官，有長史司(文職)、護衛指揮使司(武職)、儀衛司(侍衛儀仗)、承奉司(宦官)。長史司長官為左右長史，下設審理、典膳、奉祠、典樂、典寶、紀善、良醫、典儀、工正、伴讀、教授等官。尚公主者稱驸馬都尉。公主府設中使司，以宦官充任。
功臣、外戚封爵有公、侯、伯三等。功臣爵位可以世襲，外戚爵位一般不能世襲。功臣封号有四等，開國功臣稱開國輔運推誠，跟随成祖起兵稱奉天靖難推誠，其他稱奉天翊運推誠、奉天翊衛推誠。武臣在封号下加宣力武臣，文臣在封号下加守正文臣。
宗室百官的俸祿以石計算。最初宗室給祿米，以後又間以給鈔。百官俸祿米鈔兼支。官員兼職，俸祿随之增加。但兼官多為進階官吏，中下層官吏往往因俸祿折錢，鈔值日跌，實際收入降低。總的來說，明朝官吏的待遇在曆朝中是最低的。